ハニートラップ・シェアハウス

国際的な諜報戦で遅れをとっていたヤシマ国は、スパイ天国として各国のスパイの暗躍を許していた。この現状を打破するため、ヤシマ国は国内に潜入する敵国スパイを一網打尽にする作戦を決行する。その計画とは、最重要機密が入っているとされる偽のUSBの存在を意図的にリークし、それを奪いに来たスパイを捕らえるというものだった。USBは腕利きのスパイであるハヤトが所持し、スパイ迎撃の拠点となるシェアハウス「ファミリア」で待ち構える。ハヤトはUSBを奪いに来たスパイたちを次々と撃退していくが、やがてハニートラップを得意とする凄腕（すごうで）の女性スパイたちまで集結し、奇妙な共同生活が始まる。情報を引き出そうとさまざまな色仕掛けを仕掛ける女性たちと、彼女たちの誘惑を警戒しつつ相手を出し抜こうとするハヤトとのスリリングな攻防が描かれる。

ハヤトの前に最初の刺客として現れたのは、幼い頃に結婚を誓い合いながらも生き別れとなった柊セラフィだった。15年ぶりの再会を果たした二人は、それぞれ異なる国のスパイとして活動していた。しかし、互いに相手を救いたいという本心を抱えたまま、シェアハウス「ファミリア」での同居生活を始める。セラフィは戦闘能力に優れている一方で、ハニートラップは未経験で、不慣れな色仕掛けを試みてはハヤトに突っ込まれる日々が続く。そこへ新たな刺客として、二人の施設時代の幼なじみであるマリア・ロックウェルが現れる。マリアは当初、強引にUSBを奪おうとするが、かつての仲間を死なせたくない思いから方針を転換し、色仕掛けによってハヤトを自陣営に寝返らせようとする。これに対抗するセラフィも巻き込み、二人の色仕掛けは次第に過激さを増していく。このように、「ファミリア」では、異なる国家に所属するスパイたちが、敵対関係と幼なじみとしての複雑な感情を抱えながら共同生活を送っている。

ハヤトと女性スパイたちは、冷徹な任務の遂行を求められる一方で、幼なじみとしての情を抱き、互いに殺し合うことなく助け合う方法を模索している。その手段がハニートラップであり、相手を自分に惚（ほ）れさせて自陣営に寝返らせることで、任務の達成と相手の生存を両立させようとしているのだ。ハヤトは女性スパイたちからの色仕掛けをかわすだけでなく、時には自ら逆にハニートラップを仕掛けて対抗している。こうした複雑な思惑の中で揺れ動く、敵対者同士の歪（いびつ）で切ない恋愛模様が本作の大きな特徴となっている。また、女性スパイたちは祖国からの粛清を恐れて命令に従う者や、任務終了後に金を稼いで逃亡を考えている者など、それぞれ異なる事情を抱えている。さらに、ファミリアの住人以外にもUSBを狙う勢力が存在し、状況に応じて女性スパイたちと協力して敵と戦ったり、敵に脅されてハヤトと敵対した住人を助けたりと、各陣営の関係が刻一刻と変化しながら物語が展開される。