先生！ 僕たちが世界を滅ぼします。

ソロは裏社会の世直しギルド「クロノス」に所属する暗殺者で、悪人の抹殺を使命としている。学歴はなく、魔法も独学で身につけたため、魔法学校オリオンに教師として潜入することに不安を抱えていた。さらに、落ちこぼれが集まる２年D組の担任を任され、当初は教師を演じることさえ苦痛に感じていた。しかし、依頼の詳細を知り、生徒たちと接するうちに、次第に「本物の教師」として彼らを導くようになる。

魔法局で未来予知を担当する魔導士によると、２年D組に所属する生徒たちは全員、将来国家を滅亡に導く悪しき魔導士になる運命にあるという。本来であれば、彼らが成長する前に「卵割り」と呼ばれる暗殺処置が実行されるはずだった。しかし、無実の子供たちを殺すことに納得できなかったソロは、生徒の一人であるミーコ・セシリアを教育し、未来を変える道を選んだ。これを受けて魔法局は、依頼内容を「２年D組の生徒たちを導き、未来を変えること」へと変更した。ただし、任務の失敗や逃亡は許されず、その場合は所属ギルドの解散という厳しい条件が突きつけられている。

最初は授業をまじめに受けるつもりのなかった生徒たちも、ソロの熱意あふれる指導によって次第に変わり、やがて彼を信頼して授業に取り組むようになる。素直に心を開く彼らの姿を見て、ソロはなぜ２年D組の生徒たちが将来悪い魔導士になってしまうのか、強い疑問を抱き始める。そして、クラスや学園の教師の中に、彼らを破滅へと導く者が潜んでいるのではないかと考え、密かに学園内の調査を開始するのだった。