無号のシュネルギア

西暦2038年、巨大隕石「マギ」が地球に接近した。衝突直前にマギは二つに割れ、そのうちの一つは月の裏側に落下。もう一方はさらに三つに分裂し、アメリカ西海岸、日本の小笠原諸島、アフリカ大陸へと落下した。その後、隕石の落下地点をはじめ世界各地で、地球外の技術によって作られた「巨大聖櫃(ヘヴィ・アーク)」が発見され、合計で7基が確認される。これらの内部には「巨大遺物(ヘヴィレリック)」と呼ばれる、人類の技術では再現不可能な機械や兵器が封じ込められていた。中でも人型の機甲化AIは「シュネルギア」と名付けられ、国連の管理下に置かれることとなった。また、シュネルギアは誰でも扱えるわけではなく、起動や操縦には「アンロッカー」と呼ばれる適合者が必要とされている。

2038年、隕石の落下と同時に、致死率80%を超える新型ウイルス「レトロウイルス」が世界中に蔓延（まんえん）した。表向きには隕石の落下もウイルスの流行も天災として処理されていたが、実はこのレトロウイルスは地球外生命体由来であり、地球人類の遺伝子を書き換える能力を持っていた。そして、ウイルスのキャリアである両親から生まれた子供は、隕石から発見された遺物に対して高い適性を持つことから「ノックインチルドレン」と呼ばれている。また、建前上は国連が「巨大聖櫃」を管理し、各国もそれを支持しているが、月に落ちた「マギ」は地球に落ちた隕石とは比較にならないほど巨大であることから、各国はさらに強大なオーバーテクノロジーが眠っていると考え、月の遺物「ムーンブロック」を巡って暗躍している。ノックインチルドレンの活用もその一環であり、各国はウイルス感染の防止を名目にキャリアを集めつつ、裏では彼らを利用したさまざまな実験を進めていた。シロが暮らす軽井沢ラボも、こうしたノックインチルドレンを極秘に収容する施設の一つだった。

各国がムーンブロックの独占を狙う中、国連では過激派が集結し、人体実験や遺物の軍事利用を行っていた。テロリスト組織「アンバック」は、ムーンブロックの独占を目論（もくろ）む各国の野望を阻止するため、誰よりも早くムーンブロックに到達し、それを破壊することを目的に動き出す。彼らは国連から2基の巨大聖櫃を盗み出し、日本の軽井沢ラボを占拠。極秘に集められていたノックインチルドレンの中でも特に高い適性を持つシロを、アンロッカーとして利用する。テロリスト鎮圧に乗り出した国連は、シュネルギア「フォルテイス」とそのアンロッカーであるブランカを派遣。シロは否応なくシュネルギア同士の戦いに巻き込まれるが、そこでブランカと精神を共有し、お互いの理解を深めていく。シロは彼女に不思議な縁を感じ、離れていてもたびたび心を通わせるようになる。そして時に共闘し時に対決する、少年と少女の交流が始まる。