蒼穹のファフナー

第1巻

日本の片隅にある離島、竜宮島で平和に暮らしていた真壁一騎は中学3年生になり、将来は島を出る事になるだろうと漠然と考えながらも、同級生達と穏やかな日々を過ごしていた。そんなある日、島に警報が鳴り響く。なにが起きているのかわからず一騎達は困惑するが、島の大人達は手際よく一騎達を避難させ、突如現れた異形の怪物であるフェストゥムと戦い始める。フェストゥムに島が破壊される中、一騎は親友の皆城総士に、ファフナーのうちの一機「マークエルフ」に搭乗するように告げられる。クラスメイトの蔵前果林が目の前で犠牲になるという惨事に遭いながらも、辛うじて機体にたどり着いた一騎はマークエルフに搭乗し、フェストゥムと対峙する。心を蝕むフェストゥムの異質な能力に翻弄される一騎だったが、過去の傷に向き合った一騎は辛うじて正気を取り戻し、フェストゥムに一撃を与えるのだった。

第2巻

フェストゥムに一撃を加えたものの、マークエルフの武装は壊れ、真壁一騎は危機に陥ってしまう。圧倒的な窮地の中、皆城総士の父親、皆城公蔵が命を賭して武器を届けた事でフェストゥムは倒され、一騎は辛くも勝利を手にする。戦いが終わったあと、一騎が総士から聞かされたのは、フェストゥムとの戦いで日本列島は消滅し、世界もすでに滅び去っている事実だった。今は辛うじて生き残った者達がフェストゥムと戦うための力を蓄えている状態だが、敵に発見された事でこれから深刻な戦いが始まると総士は話す。事情を聞かされた一騎は、仲間を守る事を決意し、総士と共に戦う事を誓う。こうして竜宮島の平和な日常は終わり、急速に変わる事を余儀なくされる。一騎のクラスメイト達もファフナーのパイロットとして選抜され、環境の変化に戸惑いつつも、一騎はクラスメイト達と共にフェストゥムと戦うための訓練を行うのだった。

第3巻

フェストゥムと戦う訓練を行う真壁一騎達だったが、急な環境の変化で戸惑う仲間達は足並みが揃わず、それぞれ衝突してしまう。一騎も小楯衛を心配して、つい近藤剣司に辛く当たってしまうが、怖いながらも仲間達と共に戦おうという衛の勇気を知った事で己の非を認め、改めて仲間達と共に戦う決心を固めるのだった。そして一騎は、ファフナーとして戦うパートナーとして選ばれた羽佐間翔子と訓練を重ねていく。訓練で驚異的な成績をたたき出していく翔子に驚く一騎だったが、翔子と交流していく内に病弱な彼女の生い立ちを知る。そして同時に自分の存在が彼女の支えになっている事に気づいた一騎は、一人で戦おうとしていた自分の意志を改め、翔子を守り、仲間達と共に戦い抜く覚悟を固める。少しずつ仲間同士で結束を強めていくファフナーパイロット達だったが、そんな彼等のもとに、島の大人達が竜宮島を動かすという決定を下したという知らせが届くのだった。

第4巻

竜宮島の敵はフェストゥムだけではなかった。同じ人類勢力である新国連も竜宮島の力を欲し、それを狙っていたのだった。戦いに勝つためならば手段を選ばない新国連から逃れるべく、竜宮島は秘密裏にその位置を変えようと動き始める。しかし、そのタイミングでフェストゥムが襲来。目の前で新国連の探索機がフェストゥムに襲われるのを見捨てられない真壁一騎は、命令に背いてフェストゥムと戦闘してしまい、島の位置が新国連にバレてしまう。危惧した通り、新国連は竜宮島に居丈高に振る舞い、彼等の建造したファフナーを要求する。人類と戦う訳にはいかない竜宮島は、この要求を苦渋の判断で受け入れ、彼等にファフナーを渡す決断をするのだった。一方その頃、羽佐間翔子は体調不良から倒れるが、遠見真矢や春日井甲洋、一騎達との交流によって絆を深め、楽しい時間を過ごす。和気藹々とした空気の中、翔子は未来への希望と島を守る決意を抱き、真矢にその思いを伝える。

第5巻

新国連にファフナーを受け渡す当日が来たが、その時、フェストゥムの襲撃を受けてしまう。真壁一騎は新国連の艦を助けるべく出撃するが、その直後、竜宮島もフェストゥムの奇襲を受けてしまうのだった。一騎が竜宮島から離れて防衛力が低下しているのもあり、竜宮島はなす術もなく破壊されていく。破壊される島を見ながら羽佐間翔子は人知れず、島を守る決意を固める。新種のフェストゥム相手に、翔子は満足に武器も使えないファフナーに乗って戦う。圧倒的に不利な状況で危機に陥る翔子だったが、一騎の帰る場所を守るため、己のすべてを懸けて立ち向かう。傷つきながらもフェストゥムの行動を封じた翔子は、己ごとフェストゥムを島から引き離し、自爆装置「フェンリル」によってその命を散らしてしまう。そして目の前で翔子が散った事で心に大きな傷を負う一騎、翔子の死に涙する遠見真矢、翔子を守れなかった一騎に怒りを向ける春日井甲洋と、ファフナーパイロット達のあいだに不協和音が生まれ始める。

第6巻

竜宮島の大人達は竜宮島と同じく「アーカディアン・プロジェクト」で建造された島を新たに発見した。人が死に絶え、廃墟となった島を調査するため、真壁一騎と春日井甲洋はタッグを組み、調査隊の護衛として同行した。パートナーとして任務に臨む一騎と甲洋だったが、羽佐間翔子の死を原因として仲違いをしており、任務中も二人の仲は険悪なままだった。しかし、そこに突如として現れるフェストゥムを前に、二人は否応なく応戦する。島はすでにフェストゥムに乗っ取られており、調査隊を守るため先行した甲洋を守るため、一騎はたった一人で多数の敵と戦うのを余儀なくされる。圧倒的な窮地の中、指揮官である狩谷由紀恵は島の自爆装置「フェンリル」を時限起動する指示を出す。制限時間が迫る中、間一髪、甲洋は調査隊の入ったカプセルを一騎に託す事に成功するが、甲洋はフェストゥムに同化されてしまう。助け出された甲洋を見舞いに行った一騎達は、同化された者の末路を知り、フェストゥムとの戦いの厳しさを改めて実感するのだった。そして一騎と皆城総士の思いは大きくすれ違っていく。

第7巻

羽佐間翔子の死、春日井甲洋の意識喪失によって心が揺れる真壁一騎は、皆城総士にその真意を問いただすが、その答えは「パイロットよりもファフナーが大事」というものだった。総士の思いが理解できない一騎は、総士が変わったのは「島の外」でなにかを見たのだと狩谷由紀恵に諭され、彼女に誘われるままファフナーで竜宮島を抜け出してしまう。そして島の外で一騎が目にしたのは人が存在せず、廃墟と化した町並みだった。自分の中の常識とあまりに違う光景に、心が整理できない一騎だったが、そこに突如としてフェストゥムが襲来、戦闘に突入してしまう。一騎は総士がおらずいつもと勝手の違う戦闘に手こずるものの、未知のファフナーが2機現れ、フェストゥムをあっさり倒すのだった。しかしフェストゥムが倒れた次の瞬間、2機のファフナーは一騎に襲い掛かる。訳もわからない状況に戸惑う一騎はそのまま2機のファフナーに敗れ去り、新国連の兵士達によって囚われの身になってしまうのだった。