銀河鉄道999ANOTHER STORYアルティメットジャーニー

本編に当たる『銀河鉄道999』は、第23回「小学館漫画賞」を受賞し、テレビアニメ、アニメ映画（劇場）他様々なメディアに展開された松本零士の代表作の一つである。内容的には、少年画報社「少年キング」にて1977年から1981年まで連載された「アンドロメダ編」と、小学館「ビッグゴールド」で 1996年に連載を始め、未完となった「エターナル編」に大別される。本作は、「エターナル編」とアニメ映画（劇場）第3作『銀河鉄道999 エターナルファンタジー』の完結編（未制作）のプロットをベースにしたリブート作品であり、ストーリーとしてはアニメ映画（劇場）第2作『さよなら銀河鉄道999 アンドロメダ終着駅』の続編となっている。

機械の体をただでくれるという惑星メーテルへの旅をへて、惑星大アンドロメダでの機械化惑星帝国との最終決戦に勝利した鉄郎は、メーテルと別れ地球に帰還する。地球では、機械化母星の崩壊に伴い弱体化した機械化人の排斥運動が起き、機械化人と人間の対立が激化していた。鉄郎は貧しくてメンテナンスができない機械化人のために、機械化人の診療所で働き、地球を住みよい星に復旧しようと努めていた。そんなある日、メーテルの双子の姉であるエメラルダスが鉄郎を訪れる。エメラルダスによれば、メーテルの存在が宇宙から消えたという。異次元空間をさまよっている可能性もあるため、鉄郎に宇宙に出てメーテルを呼び寄せてほしいと頼んだ。こうして鉄郎はメーテルを捜して、三たび「銀河鉄道999」に乗り込み999の始発駅「運命（ディスティニー）」へ向かった。

機械化惑星帝国との最終決戦の後、鉄郎と分かれたメーテルは、機械化母星最後の女王として惑星「エスメラルダ」へと向かった。しかし、そこでエスメラルダの統治代行をしていたファルカン侯爵とパーセル男爵に裏切られ、神に匹敵すると言われるワルハラ族の半神であるローゲにその身を差し出される。ローゲの妻になることを拒んだメーテルは、コスモクリスタルで固められるが、自身のエネルギーを解放して大爆発を起こし脱出する。その時メーテルが消えた際に放たれた衝撃波によって、宇宙の壁に穴が開き暗黒の宇宙と繋がってしまう。暗黒宇宙からやってきたメタノイドたちは、光の宇宙の侵略を開始。太陽系超新星化計画により太陽系を消滅させてしまう。太陽系消滅を「運命（ディスティニー）」の銀河鉄道管理局総司令のレイラから知らされた鉄郎は、太陽系再生の可能性を求めて、ワルハラの神々の一人でエターナル星の女王フォトンを訪ねる旅に出る。なお、鉄郎たちの敵になるのはメタノイドだけではない。プロメシューム2世の側近中の側近だったダークナスが、メーテルがいなくなった後、エスメラルダの統治者となり、新たな機械化帝国を興し鉄郎たちに立ちはだかる。