あの花が咲く丘で、君とまた出会えたら。

学校や大人たちに苛立ちを募らせる中学2年生の加納百合は、学校の授業にも身が入らず、家庭でも唯一の家族である母親との折り合いが悪い。そのため、どこにも自分の居場所を見出せず、鬱屈した日々を過ごしていた。そんなある日、百合は母親と大ゲンカとなり、勢い余って家を飛び出してしまう。頼る当てもなくさまよう中、雨宿りのために防空壕跡で一夜を過ごすが、目が覚めると1945年6月、戦時下の日本にタイムスリップしていた。偶然その場に通りかかった佐久間彰に助けられた百合は、彰が懇意にしているツルさんの鶴屋食堂で働けることになり、太平洋戦争末期の日本の生活を体験することになる。

戦時下の日本にタイムスリップした加納百合は、暑さと疲労で倒れたところを佐久間彰に助けられる。彰は百合がかつて暮らしていた現代の大人たちには感じることのなかった優しさや誠実さに救われ、交流を重ねるうちに百合は彰に惹かれていく。一方の彰も、当初は百合と妹のように接していたが、彼女の相手を思いやる姿勢や自分の気持ちに正直なところに勇気をもらい、やがて唯一無二の特別な存在となる。こうして、百合は異郷の地で初恋を経験するが、彰は特攻隊員に志願しており、間もなく戦地で命を散らすことが決まっていた。

加納百合が戦時中の日本で出会った人々は、劣悪な環境で貧しい生活を強いられていながらも、身を寄せ合って逞(たくま)しく暮らしていた。また佐久間彰をはじめとした特攻隊員たちも、死を前提とした無謀な作戦を控えながらも、絶望することなく明るく振る舞い、周囲の人々に勇気を与えていた。そんな明日をも知れない環境下で、百合は人々が精一杯生きていることを実感し、かつて嫌悪していた現代での生活が、戦争で苦しむ人々の尽力によって成り立っていることを認識する。彼らとの出会いと別離は、やがて百合自身の生き方や戦争の不条理さを考え直すきっかけになる。