新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd

第1巻

碇シンジと惣流･アスカ･ラングレーは、第三新東京市の中学校に通う中学生。幼なじみという事で、朝はお互いの家に起こしにいくなどの屈託のない関係が続いていたが、転校生･綾波レイの登場で、関係は少しずつ変化し始める。シンジと親しくなろうとアプローチを繰り返すレイの存在が面白くないアスカは、ついついシンジに対して素直になれず、そっけない態度を取ってしまう。そんな中、アスカは若干だが親しくなったレイ本人から、シンジに対する恋心を打ち明けられてしまう。 

第2巻

惣流･アスカ･ラングレーは友人の洞木ヒカリがクラスメイトの鈴原トウジに告白し、晴れてカップルとなった事で、心中穏やかでない。しかしそんなある日、街に正体不明の光の巨人が出現する事件が起こる。碇シンジ、アスカ、綾波レイほかクラスメイト数名はその謎に迫るべく、芦ノ湖畔の廃坑道の探検に向かうが、その廃坑道の先は特務機関NERVの施設につながっていた。そして、一行がエレベーターで地下に向かう途中、地上に謎の巨大な怪物が出現するという突発的事件が発生。シンジとレイの二人は、そのまま特務機関NERVの施設の中で、「エヴァンゲリオン」と呼ばれる人型の兵器に搭乗する事となる。怪物を倒す事には成功したが、その戦いの中でレイは頭にケガを負ってしまう。

第3巻

綾波レイのケガは大した事はなく、一同は胸をなでおろす。そんな中、クラスメイトと河原に集まってはしゃいでいた惣流･アスカ･ラングレーが、誤って川に転落して風邪を引いてしまう。碇シンジは学校を休み、渚カヲルと約束していた弦楽の演奏会も休んで、アスカの看病をする。一方その頃、正体不明のカヲルの謎を追っていた葛城ミサトと加持リョウジは、カヲルと同姓同名の存在が20年も前、シンジの父親と母親のいた中学校に在籍していたという記録を突き止める。そしてその夜、アスカの看病をしていたシンジを強引に呼び出した綾波レイは、シンジに告白をするのだった。その翌日には相田ケンスケがアスカに告白。アスカはその出来事をシンジに告げるが、シンジは煮え切らない様子を見せ、そんな彼の態度にアスカは激昂する。

第4巻

新たな謎の巨大怪物が登場した。「使徒」と呼ばれるようになったそれと戦うために、碇シンジらは再び特務機関NERVに召集される。そんな中、非常事態に伴い、鈴原トウジにお守りを渡しにやって来た洞木ヒカリと、それを受けたトウジの態度を見て、シンジは自分にとって一番の相手は誰なのだろうかと自問する。一方、加持リョウジはシンジの両親に「20年前の渚カヲル」について尋ねるが、二人とも「記憶にない、思い出せない」と返す。エヴァンゲリオンに搭乗したシンジは、カヲルが見せる幻に襲われるが、「自分はこの街を守りたい」と言い放ち、カヲルの幻覚を打ち破った。その後、シンジや惣流･アスカ･ラングレー達は海外の機関に送られて離れ離れになる事になったが、その別れ際、シンジはアスカに自分の恋心を打ち明けるのだった。

 第5巻

時は遡り20年前。のちに碇シンジの両親となる碇ゲンドウこと旧姓「六分儀ゲンドウ」と碇ユイが中学2年生の時、クラスに「渚カヲル」と名乗る転校生がやって来た。親がいない家庭に育ったために生活は荒れ、喧嘩を繰り返していた問題生徒のゲンドウだったが、ユイはそんなゲンドウに恋心を抱いていた。それを察したカヲルは、時に優しく時に厳しく、不可思議な言動を繰り返しながらも二人の恋を導いていく。だがある日、世界を拒絶する事を選ぼうとしたゲンドウに対し、カヲルは「アダム」と自らが呼ぶ光の巨人を見せる。カヲルは、ゲンドウが望めば世界を消し去る事もできると誘うが、そこにユイが割って入る。

第6巻

碇シンジ達が離れ離れになってから数年。徐々に子供ではなくなっていった彼らはエヴァンゲリオンの搭乗員としての適性を失い、その役割を少しずつ変えていった。エヴァンゲリオンに乗れなくなった自分に苦悩する綾波レイとの会話の中で、赤木リツコは自分自身の碇ゲンドウに対する思いに胸を馳せる。一方、鈴原トウジはエヴァンゲリオン搭乗者としての役割を完全に終え、日本に戻って洞木ヒカリの前に姿を現した。一方、惣流･アスカ･ラングレーは一時帰国してシンジと再会。二人は久しぶりに喧嘩をして、そして改めて仲直りをするのだった。