つれないほど青くて あざといくらいに赤い

異常に好奇心の強い知山アラタは、転校生の気持ちを知りたくて、新たな高校に転校する。新たな環境で次々と好奇心を満たしていくアラタだったが、学校内を探索中に美しい女性の着替える姿を覗（のぞ）いてしまう。あの女性にもう一度会いたいと願うアラタの前に、男子の制服を着た先輩、速水ミハヤが現れる。女性だと思っていたミハヤが男性だと知ったアラタは、大いに混乱する。しかしアラタは、クラスメイトからミハヤの性別は不詳で、謎に包まれたミステリアスな人物だと教えられる。アラタは好奇心を刺激され、ミハヤのことを知りたくなり接近する。そんなアラタはミハヤにいっしょにトイレの個室に入らないかと誘うが、アラタはミハヤに対して好奇心だけでなく恋心を抱いていることに気づく。そんなアラタに対してミハヤは、「卒業までにアラタがケダモノにならなければ、望むまますべてをさらけ出す」と告げる。(第一問「赤か青か」)

未来の自分と会話ができる術を試して以来、アラタはミハヤに殺害されるのではないかという疑念を抱いていた。そんなある日、アラタは屋上から少女が飛び降りる場面を目撃してしまう。アラタはすぐに落ちた少女のもとに駆け寄るが、そこには足を軽く負傷しただけの中園ナツメがいた。ナツメのケガの具合に違和感を覚えながらも、アラタは彼女にうながされるまま病院に連れていくことになる。その最中にナツメは、アラタと自分は異常に好奇心の強い者同士なのだと語り出す。(第八問「境界は何処か」、第九問「異香は何処か」、第十問「深海は何処か」)