前作から7年ぶりに製作された劇場版『機動警察パトレイバー』の第3作で、ゆうきまさみのコミック版エピソード『廃棄物13号』を原作にしているが、特車二課の面々は脇に回り、映画オリジナルの刑事コンビを主人公にし、リアル志向でミステリー・タッチな怪獣映画となっている。これまでの劇場版を手掛けた押井守は本編にタッチせず、高山文彦が総監督を務めた。昭和75年、東京湾沿岸部ではレイバーの連続破壊事件が頻発し、乗員の犠牲者も出ていた。事件を追う城南警察署の刑事久住と秦は、やがて人間を捕食する謎の巨大怪物を巡る陰謀にたどり着く。