あくまでクジャクの話です。

恋人の浮気を確信した久慈弥九朗は、昔から男らしくないことに悩んでいたが、失恋を機にますますコンプレックスを拗らせていた。悶々とした日々を過ごしていた弥九朗に、生物学的見地から男らしさの重要性を語り始めたのは、生物学部の部長を務める阿加埜九音。それ以来、生物学部に出入りすることが増えた弥九朗と九音の奇妙な年の差恋愛が描かれる。また、生徒たちの恋愛や性愛を中心とするさまざまな問題を解決するため、九音は生物学を基にクジャクやペンギンといった動物の習性に例えて解説する。

弥九朗は、別のクラスで一度も会話したこともなかった九音に突然話しかけられ、それ以来、九音の破天荒な行動や思いがけない言葉に振り回されていた。しかし、九音の協力で生徒たちのさまざまな問題を解決してからは校長の信頼も得て、日々生徒や教師たちのお悩み相談に臨んでいる。一方の九音は成績優秀な美少女で、インフルエンサーやモデルとしても活躍しているが、生物学をこよなく愛する理系女だった。そんな九音は昔から弥九朗に思いを寄せており、生物学部の活動をとおして彼に接近するため、会うたびに顧問になってほしいとせまるようになる。

当初は恋愛に関する問題が中心だったが、中盤からは問題児や不良グループが登場し、恋愛以外の問題も発生する。いずれのエピソードも、九音が生物学的見地から問題を解決に導いていく。また、弥九朗は稀に見る常識人であり、それを自由奔放な九音が引っ搔き回すというのが、本作のお約束のパターンとなっている。彼女の生物学の知識を基にした解説はわかりやすいが、時には厳しい現実を突きつけたり、身も蓋もない残酷な結論に行きついたりすることもある。そんな謎に包まれていた九音の過去や家族関係が、ストーリーの進行とともに明らかになる。