ぼくらはみんな シロとクロの動物お悩み相談係

中学2年生の天野マシロと天野クロエは双子の姉妹。動物が大好きなマシロは父が園長を勤める丘の上の方舟動物園の動物たちの名前を呼び、あいさつしてから登校する。全動物にそんなことをしてたら遅刻するよとマシロに注意するクロエ。獣医師である母は彼女たちが6歳の時に家を出ていき、世界中の動物たちを助けている。マシロはそんな母が自慢だったが、クロエは自分たちを置いていった母を快く思っていない。ある日、フクロモモンガがマシロの頭のお団子に飛び付いてきた。ペットとして飼われていたと知ったマシロは必死にモモンガの飼い主を探した。一週間たってもマシロは飼い主を見つけられなかったが、ある時、モモンガが自転車に乗った女の子の頭のお団子に飛びついたことで、彼女が飼い主だったと判明する。世話しきれずに動物園に捨てたという彼女にクロエは「捨てられたらどんなに寂しく悲しいかあんたにはわからないのか」と飼い主を責め立てた。マシロは飼い主から「ももた」という名前を聞き出し、ももたを新しい家族として受け入れるのだった。ももたを連れて帰ろうとした時、ライオンの檻の向こうに母にそっくりな人を見つけたマシロは、手すりから身を乗り出して手をすべらせる。マシロを助けようとしたクロエもいっしょにライオンの檻の中へ落ちてしまう。気を失った二人は「早く起きろ」というももたの声で目が覚める。近づいてきたライオンに食べられるかと思いきや、ライオンのシンちゃんもしゃべり始めるのだった。その話を父にするとお母さんも動物の声が聞こえていたのだという。マシロはクロエを巻き込んで、困っている動物の悩みを聞いて助ける「動物お悩み相談係」を始めると宣言するのだった。