概要
全国を旅しているサトシと仲間たちはアラモスタウンに向かう。そこにある「時空の塔」で開催されるポケモンコンテストにヒカリが挑戦するためである。その町でアリスという少女と出会い、一緒に行動するようになるが、そこに幻のポケモンであるダークライが出現する。
一方、アラモスタウンの異変を研究していたトニオは空間の異変を発見、「時空の塔」の上空に出現した時空の狭間から、伝説のポケモンであるディアルガとパルキアまでもが出現する。
ダークライ、ディアルガ、パルキアという3匹のポケモンが遭遇し、アラモスタウンとサトシたちはその激しい戦いに巻き込まれていく。
登場人物・キャラクター
サトシ
世界一のポケモンマスターになるのを夢見る、マサラタウン出身の10歳の少年。単純で熱くなりやすく、また調子に乗りやすい。考えるより実際に行動するほうが多く、それで失敗することもあるが、成功することも多い。 基本的に純粋で優しい性格をしており、仲間のことを一番に考えているので、特にポケモンにはよく懐かれている。対人関係においても同様で、最初は対立していても、ポケモンバトルなどを通じて心を通わせると過去を一切気にせず、すぐに友達になれる。 かなりの正義感の持ち主で、悪いやつらを徹底的にこらしめようとする。旅の途中で立ち寄ったアラモスタウンでダークライ、ディアルガ、パルキアの争いに巻き込まれる。 口癖は、ポケモンやアイテムを入手したときに発する「~、ゲットだぜ!」。
ピカチュウ
サトシがマサラタウンを旅立つ時、オーキド博士から譲られた最初のポケモン。当初は気難しくサトシに慣れなかったが、すぐにサトシと仲良しになり、サトシの最高のパートナーとして各地の旅に同行する。 モンスターボールに入るのを嫌い、移動時でも常にサトシの側で行動している。旅の途中で立ち寄ったアラモスタウンでダークライ、ディアルガ、パルキアの争いに巻き込まれる。
タケシ
世界一のポケモンブリーダーを目指す15歳の少年。優しく穏やかで真面目な性格が特徴で、また年齢が高いせいか仲間の面倒をよく見ている。サトシの旅に長く同行しており、現在はサトシの親友であり兄貴分でもある。 いわポケモンを好んで使うが、後に他のタイプのポケモンを積極的に使うようになる。旅の途中で立ち寄ったアラモスタウンでダークライ、ディアルガ、パルキアの争いに巻き込まれる。
ヒカリ
優秀なポケモンコーディネーターだった母と同じ道を選んだ10歳の少女。何事に対してもハッキリ言葉にするなど好き嫌いがハッキリしており、強気で明るく単純な面もある。サトシと似たような性格なので、衝突はあるものの基本的には仲良く旅を続けている。 おしゃれが大好きで衣装の数はダントツに多い。口癖は「大丈夫!」。アラモスタウンで開催されるポケモンコンテストに出場。その後、ダークライ、ディアルガ、パルキアの争いに巻き込まれる。
アリス
アラモスタウンで暮らしている女性。普段は音楽学校に通い、音楽家になるための勉強をしている。また、ガイドとして観光客のため、断崖の多い町であるアラモスタウンを気球を使って案内する仕事もしている。 アルベルト男爵から口説かれ、求婚されているものの本人にその気はなく、幼馴染であるトニオにほのかな想いを寄せている。サトシたちと知り合い行動を共にする一方、アラモスタウンで発生した騒動に巻き込まれる。
トニオ
アリスの幼馴染である若き科学者。曽祖父であるゴーディの日記に記された予言に興味を持ち、アラモスタウンで発生する奇妙な異変を、予言の言葉をヒントとして原因を究明しようとしている。
アルベルト男爵 (あるべるとだんしゃく)
アラモスタウンの有力者の家に生まれた若者。なかなかの二枚目ながら、貴族の家に生まれ育ったせいか高慢な性格でキザな一面もある。アリスに求婚しているものの断られ続けている。そのせいもあってか、アリスの幼馴染であるトニオには敵愾心を抱いている。 アラモスタウンで発生した奇妙な異変をダークライのせいだとして、捕獲するために行動する。また、ロケット団の面々とのつながりもある。
ダークライ
アラモスタウンに生息している幻のポケモン。黒い衣を着たような姿をしている。また人間やポケモンに悪夢を見せてしまう「ナイトメア」という特性を持っているため、その姿と合わせて住人には嫌われている。 しかし、ダークライ本人に悪意はなく、普段は静かに暮らしている。
ディアルガ
「時を司る神」と呼ばれる伝説のポケモン。時間の流れを自在に操る能力を持つといわれている。藍色の体色をした4本足のドラゴンのような姿をしている。時空の狭間でパルキアと激しく戦い、傷付いたパルキアを追ってアラモスタウンに出現する。
パルキア
「空間を司る神」と呼ばれる伝説のポケモン。空間を自在に操る能力を持つといわれている。薄い紫色の体色をした2本足のドラゴンのような姿をしている。時空の狭間でディアルガと激しく戦って傷付き、ディアルガから逃げるためにアラモスタウンに出現する。
ムサシ
ロケット団に所属する25歳の女性団員。非常にプライドと気が強く、またワガママな女性。元々はエリートだったが、失敗を重ねてエリートコースから外れてしまう。オバサン呼ばわりを最も嫌っている。 どくタイプのポケモンを使う傾向があるものの、ポケモンの知識自体はそれほどないため、いまだ修行中の身である。サトシたちを追ってアラモスタウンに侵入、アルベルト男爵に接触して暗躍を開始する。
コジロウ
ロケット団に所属する25歳の男性団員で、ムサシとニャースのパートナー。世界有数の大財閥の御曹司ながら家出して現在に至る。やたらとキザでナルシストな面があるものの、基本的に優しく常識人で、ゲットしたポケモンにも愛情を込めて接している。 くさタイプのポケモンを好んで使用している。サトシたちを追ってアラモスタウンに侵入、アルベルト男爵に接触して暗躍を開始する。
ニャース
個人のポケモンになることを拒み、あくまでパートナーとしてムサシとコジロウと行動を共にするポケモン。ちなみに性別はオス。人間の言葉を理解している珍しいポケモンだが、その代わり進化ができなくなった。 基本的に明るく快活な性格でムードメーカー的な役割を持つ。またピカチュウに嫌われている。サトシたちを追ってアラモスタウンに侵入、アルベルト男爵に接触して暗躍を開始する。