概要
世界一のポケモンマスターとなるべく、相棒のピカチュウや仲間たちと共に全国各地を旅している主人公のサトシは、高原の街であるグリーンシティに到着する。しかし、そこに美しい自然はなく、水晶に覆われた世界があるだけだった。
そして偶然居合わせたサトシの母親であるハナコが、伝説のポケモンと呼ばれているエンテイに連れ去られてしまう。困惑するサトシたちだったが母親を救うため、そして様変わりしたグリーンシティの謎を解くため、エンテイが待つ結晶塔に侵入することになる。
登場人物・キャラクター
サトシ
世界一のポケモンマスターになるのを夢見る、マサラタウン出身の10歳の少年。単純で熱くなりやすく、また調子に乗りやすい。考えるより実際に行動するほうが多く、それで失敗することもあるが、成功することも多い。 基本的に純粋で優しい性格をしており、仲間のことを一番に考えているので、特にポケモンにはよく懐かれている。対人関係においても同様で、最初は対立していても、ポケモンバトルなどを通じて心を通わせると過去を一切気にせず、すぐに友達になれる。 かなりの正義感の持ち主で、悪いやつらを徹底的にこらしめるクセがある。グリーンシティでエンテイに連れ去られた母親であるハナコを救うため、相棒のピカチュウや仲間たちと共にエンテイが待つ結晶塔に向かう。 口癖は、ポケモンやアイテムを入手したときに発する「~、ゲットだぜ!」。
ピカチュウ
サトシがマサラタウンを旅立つ時、オーキド博士から譲られた最初のポケモン。当初は気難しくサトシに慣れなかったが、すぐにサトシと仲良しになり、サトシの最高のパートナーとして各地の旅に同行する。 モンスターボールに入るのを嫌い、移動時でも常にサトシの側で行動している。エンテイに連れ去られたサトシの母親であるハナコを救うため、サトシたちと共にエンテイが待つ結晶塔に向かう。
カスミ
ハナダジムの4姉妹の末っ子。明るく快活な10歳の少女だが我が強く、かなりのお転婆娘。短気で負けず嫌いであり、サトシとは旅の途中でよくケンカもしている。ポケモンバトルでは、みずタイプのポケモンを好んで使い、みずポケモンマスターになるという夢を持っている。 また、むしポケモンを苦手としている。エンテイに連れ去られたサトシの母親であるハナコを救うため、サトシたちと共にエンテイが待つ結晶塔に向かう。
タケシ
世界一のポケモンブリーダーを目指す15歳の少年。優しく穏やかで真面目な性格が特徴で、また年齢が高いせいか仲間の面倒をよく見ている。サトシの旅に長く同行しており、現在はサトシの親友であり兄貴分でもある。 いわポケモンを好んで使うが、後に他のタイプのポケモンを積極的に使うようになる。エンテイに連れ去られたサトシの母親であるハナコを救うため、サトシたちと共にエンテイが待つ結晶塔に向かう。
ミー・スノードン (みーすのーどん)
グリーンフィールドにある大きな屋敷で暮らす5歳の少女。父親であるシュリー博士(シュリー・スノードン)が大好きだったが、シュリー博士は調査中に行方不明となる。その悲しさが原因となり、謎のポケモンであるアンノーンを呼び出してしまい、ミー・スノードンの空想とアンノーンの力が組み合わさって伝説と呼ばれたポケモンのエンテイを生み出すなど、騒動の原因となった。 アンノーンの力により10歳、18歳と、ポケモンバトルの相手の年齢に合わせた姿に変身することができる。 また、自身の空想が作り出したエンテイのことを、エンテイの姿になって帰ってきた父親と思い込んでいる。 なお、サトシとは親やオーキド博士を通じて面識がある。
シュリー・スノードン (しゅりーすのーどん)
オーキド博士の元教え子である優秀な科学者であると同時に、サトシの母親であるハナコとも旧知の間柄。ある遺跡の調査中、アンノーンの力によって発生した異空間に巻き込まれて行方不明になってしまう。
リン
旅の途中、サトシとポケモンバトルをした女性ポケモントレーナー。バトル後はサトシと一緒にグリーンシティに向かう。そこで異変を目の当たりにしたことで、サトシの手助けをすることになる。
ジョン
シュリー博士の助手を努め、シュリー博士が行方不明となった調査に同行していた。シュリー博士の行方不明後、調査で発見した石版をミー・スノードンの家に持っていったことが原因でアンノーンが出現、そしてミー・スノードンの空想が現実となるなど、騒動の直接のきっかけを作ってしまう。
エンテイ
伝説と呼ばれている炎のポケモン。全身を茶色の体毛で覆った獅子のような姿、そして背中の大きなたてがみが特徴。さらに身体のあちこちに機械的な器官を持つなど、かなり独特な風貌をしている。ただし、グリーンフィールドに出現したエンテイはミー・スノードンの空想とアンノーンの力が作り出したものであり、実際のエンテイではない。 グリーンフィールドに出現したエンテイはミー・スノードンの父親だと思い込み、ミー・スノードンの願いを叶えることを第一に考えて行動する。 サトシの母親であるハナコを連れ去ったのも、ミー・スノードンの「母親が欲しい」という願いを叶えるためのものであった。
アンノーン
大きな1つの目玉と棒状の身体、未だ解明されていない不思議な力を持つなど、多くが謎に包まれているポケモン。大きな目玉は共通だが姿には個体差があり、文字状の姿を持つ複数の固体が確認されている。ミー・スノードンの空想を実体化させてしまうなど、グリーンフィールドでの騒動の原因となった。
ムサシ
ロケット団に所属する25歳の女性団員。非常にプライドと気が強く、またワガママな女性。元々はエリートだったが、失敗を重ねてエリートコースから外れてしまう。オバサン呼ばわりを最も嫌っている。 どくタイプのポケモンを使う傾向があるものの、ポケモンの知識自体は詳しくないため、いまだ修行中の身である。ピカチュウを執拗に追っており、その延長でサトシを追って結晶塔に潜入するが、サトシたちを救うことになる。
コジロウ
ロケット団に所属する25歳の男性団員で、ムサシとニャースのパートナー。世界有数の大財閥の御曹司ながら家出して現在に至る。やたらとキザでナルシストな面があるものの、基本的に優しく常識人で、ゲットしたポケモンにも愛情を込めて接している。 くさタイプのポケモンを好んで使用している。ピカチュウを執拗に追っており、その延長でサトシを追って結晶塔に潜入するが、サトシたちを救うことになる。
ニャース
個人のポケモンになることを拒み、あくまでパートナーとしてムサシとコジロウと行動を共にするポケモン。ちなみに性別はオス。人間の言葉を理解している珍しいポケモンだが、その代わり進化ができなくなった。 基本的に明るく快活な性格でムードメーカー的な役割を持つ。またピカチュウに嫌われている。ピカチュウを執拗に追っており、その延長でサトシを追って結晶塔に潜入するが、サトシたちを救うことになる。