概要
世界一のポケモンマスターとなるべく、相棒のピカチュウや仲間たちと共に全国各地を旅している主人公のサトシは、水の都と呼ばれる美しい街、アルトマーレに到着する。そこでアルトマーレの秘宝「こころのしずく」を守るカノンと、伝説のポケモンであるラティアスとラティオスと出会って仲良くなる。
登場人物・キャラクター
サトシ
世界一のポケモンマスターになるのを夢見る、マサラタウン出身の10歳の少年。単純で熱くなりやすく、また調子に乗りやすい。考えるより実際に行動するほうが多く、それで失敗することもあるが、成功することも多い。 基本的に純粋で優しい性格をしており、仲間のことを一番に考えているので、特にポケモンにはよく懐かれている。対人関係においても同様で、最初は対立していても、ポケモンバトルなどを通じて心を通わせると過去を一切気にせず、すぐに友達になれる。 かなりの正義感の持ち主で、悪いやつらを徹底的にこらしめようとする。水の都アルトマーレで出会った少女カノン、そして伝説のポケモンであるラティアスとラティオスと共にアルトマーレの秘宝「こころのしずく」を守るため、ザンナーとリオンの「怪盗姉妹」の悪事に立ち向かう。 口癖は、ポケモンやアイテムを入手したときに発する「~、ゲットだぜ! 」。
ピカチュウ
サトシがマサラタウンを旅立つ時、オーキド博士から譲られた最初のポケモン。当初は気難しくサトシに慣れなかったが、すぐにサトシと仲良しになり、サトシの最高のパートナーとして各地の旅に同行する。 モンスターボールに入るのを嫌い、移動時でも常にサトシの側で行動している。サトシたちと共に怪盗姉妹の悪事から水の都アルトマーレを守るために奮闘する。
カスミ
ハナダジムの4姉妹の末っ子。明るく快活な10歳の少女だが我が強く、かなりのお転婆娘。短気で負けず嫌いであり、サトシとは旅の途中でよくケンカもしている。ポケモンバトルでは、みずタイプのポケモンを好んで使い、みずポケモンマスターになるという夢を持っている。 また、むしポケモンを苦手としている。サトシたちと共に怪盗姉妹の悪事から水の都アルトマーレを守るために奮闘する。 また、アルトマーレで行われた水上レースに手持ちのポケモンと共に参加、サトシや他のライバルを蹴散らして優勝を果たす。
タケシ
世界一のポケモンブリーダーを目指す15歳の少年。優しく穏やかで真面目な性格が特徴で、また年齢が高いせいか仲間の面倒をよく見ている。サトシの旅に長く同行しており、現在はサトシの親友であり兄貴分でもある。 いわポケモンを好んで使うが、後に他のタイプのポケモンを積極的に使うようになる。サトシたちと共に怪盗姉妹の悪事から水の都アルトマーレを守るために奮闘する。
カノン
アルトマーレで祖父のボンゴレと共に暮らしている少女で、アルトマーレの秘宝「こころのしずく」を守っている。確固たる意思と信念を持つ強い少女だが心根は優しく、普段は絵を描くことが大好きで穏やかな性格をしている。 秘密の庭に住むラティアスとラティオスとは大の仲良し。ちなみにラティアスがカノンに変身して度々サトシたちを惑わせるが、本物のカノンは常に帽子を被っており、ラティアスが変身したカノンは帽子を被っていない。
ボンゴレ
アルトマーレでゴンドラ職人を営む小柄な老人でカノンの祖父。孫のカノンと共に、秘密の庭と秘宝「こころのしずく」を先祖代々守っている。丸い身体にハゲた頭、白い口ヒゲと顎ヒゲが特徴。
ザンナー
全国的に名前が知られている、おしゃれな「怪盗姉妹」の姉。高圧的かつ高飛車な性格で、横に大きく張り出した巻き毛の金髪が特徴。宝石や装飾品などの金品が大好きで、それらを中心に盗んでいる。 また自身の容姿には絶対の自信を持ち、おしゃれとメイクを欠かすことはない。アルトマーレの秘宝「こころのしずく」を手に入れるため、ラティアスやラティオスを襲撃する。
リオン
全国的に名前が知られている、おしゃれな「怪盗姉妹」の妹。姉とは違って冷静だが冷酷な性格でショートカットの銀髪が特徴。宝石や装飾品などには興味がないものの、世界征服という大きな野望を持つ。 アルトマーレの秘宝「こころのしずく」を手に入れるため、姉とともにラティアスやラティオスを襲撃する。
ラティアス
水の都アルトマーレにある秘密の庭で暮らしている、「水の都の護神」とも呼ばれているドラゴンタイプの伝説のポケモンでラティオスの妹。代々秘密の庭と秘宝「こころのしずく」を守っている。 赤と白を基調とした体色が特徴で高い知能を持ち、人間の言葉や心の機微を理解する能力を持っている。またガラスのような羽毛を使い、光を屈折させて姿を消したり変えたりできる特殊能力を持ち、普段は透明な姿で人目につかないように暮らしている。 優しく好奇心旺盛な性格で、カノンに変身して街の中を散策するなど、無邪気でお転婆な一面も持つ。
ラティオス
水の都アルトマーレにある秘密の庭で暮らしている、「水の都の護神」とも呼ばれているドラゴンタイプの伝説のポケモンでラティアスの兄。代々秘密の庭と秘宝「こころのしずく」をラティアスと共に守っている。 ラティアスとは異なり青と白を基調とした体色が特徴だが、その他の能力はラティアスと同じ。妹想いの非常に優しい性格をしているが、不審者やラティアスに危害を加える対象が出現した場合、自身の身体が傷つくのも厭わず果敢に応戦するなど、勇気ある一面も持っている。
ムサシ
ロケット団に所属する25歳の女性団員。非常にプライドと気が強く、またワガママな女性。元々はエリートだったが、失敗を重ねてエリートコースから外れてしまう。オバサン呼ばわりを最も嫌っている。 どくタイプのポケモンを使う傾向があるものの、ポケモンの知識自体はそれほどないため、いまだ修行中の身である。サトシたちを追ってアルトマーレに到着するが、アルトマーレで発生した騒動に巻き込まれてサトシたちの邪魔ができなくなってしまう。
コジロウ
ロケット団に所属する25歳の男性団員で、ムサシとニャースのパートナー。世界有数の大財閥の御曹司ながら家出して現在に至る。やたらとキザでナルシストな面があるものの、基本的に優しく常識人で、ゲットしたポケモンにも愛情を込めて接している。 くさタイプのポケモンを好んで使用している。サトシたちを追ってアルトマーレに到着するが、アルトマーレで発生した騒動に巻き込まれてサトシたちの邪魔ができなくなってしまう。
ニャース
個人のポケモンになることを拒み、あくまでパートナーとしてムサシとコジロウと行動を共にするポケモン。ちなみに性別はオス。人間の言葉を理解している珍しいポケモンだが、その代わり進化ができなくなった。 基本的に明るく快活な性格でムードメーカー的な役割を持つ。またピカチュウに嫌われている。サトシたちを追ってアルトマーレに到着するが、アルトマーレで発生した騒動に巻き込まれてサトシたちの邪魔ができなくなってしまう。