概要
世界一のポケモンマスターとなるべく、相棒のピカチュウや仲間たちと共に全国各地を旅している主人公のサトシはある日、最強のポケモントレーナーを名乗る謎の人物から招待状を受け取る。
招待された先はニューアイランド島にあるポケモン城。サトシは即断即決、仲間と共にポケモン城に向かう。しかし、それは人工的に生み出された最強のポケモン、ミュウツーが人間に逆襲する計画の第一歩であった。
登場人物・キャラクター
サトシ
世界一のポケモンマスターになるのを夢見る、マサラタウン出身の10歳の少年。単純で熱くなりやすく、また調子に乗りやすい。考えるより実際に行動するほうが多く、それで失敗することもあるが、成功することも多い。 基本的に純粋で優しい性格をしており、仲間のことを一番に考えているので、特にポケモンにはよく懐かれている。対人関係においても同様で、最初は対立していても、ポケモンバトルなどを通じて心を通わせると過去を一切気にせず、すぐに友達になれる。 かなりの正義感の持ち主で、悪いやつらを徹底的にこらしめるクセがある。謎の人物からの招待状をカイリューから受け取り、謎のポケモン城にピカチュウほか仲間たちと共に向かう。 口癖は、ポケモンやアイテムを入手したときに発する「~、ゲットだぜ!」。
ピカチュウ
サトシがマサラタウンを旅立つ時、オーキド博士から譲られた最初のポケモン。当初は気難しくサトシに慣れなかったが、すぐにサトシと仲良しになり、サトシの最高のパートナーとして各地の旅に同行する。 モンスターボールに入るのを嫌い、移動時でも常にサトシの側で行動している。ミュウツーのモンスターボールに捕らわれて絶体絶命のピンチを迎える。また、絶体絶命のサトシのピンチを救う大活躍もする。
カスミ
ハナダジムの4姉妹の末っ子。明るく快活な10歳の少女だが我が強く、かなりのお転婆娘。短気で負けず嫌いであり、サトシとは旅の途中でよくケンカもしている。ポケモンバトルでは、みずタイプのポケモンを好んで使い、みずポケモンマスターになるという夢を持っている。 また、むしポケモンを苦手としている。サトシやピカチュウたちと共に謎のポケモン城に向かう。
タケシ
世界一のポケモンブリーダーを目指す15歳の少年。優しく穏やかで真面目な性格が特徴で、また年齢が高いせいか仲間の面倒をよく見ている。サトシの旅に長く同行しており、現在はサトシの親友であり兄貴分でもある。 いわポケモンを好んで使うが、後に他のタイプのポケモンを積極的に使うようになる。サトシやピカチュウたちと共に謎のポケモン城に向かう。
ミュウツー
幻のポケモンといわれるミュウの遺伝子を元に、人工的に生み出されたポケモン。強力な超能力と高度な知能を併せ持ち、ポケモンの中では最強との声も高い。戦闘では天候さえも自在に操る絶大な超能力をメインに使う。 また、自らが作り出したモンスターボール「ミュウツーボール」でモンスターボールごとポケモンを捕獲し、そのポケモンを使ってバトルも行える。可愛らしい外見のミュウに比べて手足も長く、精悍な外見が特徴。 何のために自分が生まれたのか、何のために自分が存在するのか、答えのない自問を繰り返した結果、人間への逆襲に走ってしまう。
ミュウ
幻と言われるほど非常に珍しいポケモンで、その目撃件数、捕獲件数は非常に少ない。自身の遺伝子から生み出されたミュウツーと互角に渡り合える戦闘力を持つものの、通常は気まぐれな性格でおとなしく、滅多に人間の前に姿を現さない。 遺伝子が近いせいか、ミュウツーの気配を本能的に感じ、ミュウツーのいるポケモン城に単身で潜入する。
ウミオ
サトシと同じく招待状を受けてポケモン城を訪れたポケモントレーナーの少年。熱血漢だが単純な性格。みずタイプのポケモンや、体色が青いポケモンを好んで使うものの、手持ちのポケモンをミュウツーに奪われてしまう。
ソラオ
サトシと同じく招待状を受けてポケモン城を訪れたポケモントレーナーの少年。ウミオとは対象的に冷静な性格。ひこうタイプはもちろん、くさタイプやじめん・いわタイプなど自然系のポケモンを好んで使うものの、手持ちのポケモンをミュウツーに奪われてしまう。
スイート
サトシと同じく招待状を受けてポケモン城を訪れたポケモントレーナーの少女。女の子らしい優しい性格の持ち主。ポケモンのタイプに関係なくカメックスやプクリンなど、外見が可愛らしいポケモンを好んで使うものの、手持ちのポケモンをミュウツーに奪われてしまう。
ムサシ
ロケット団に所属する25歳の女性団員。非常にプライドと気が強く、またワガママな女性。元々はエリートだったが、失敗を重ねてエリートコースから外れてしまう。オバサン呼ばわりを最も嫌っている。 どくタイプのポケモンを使う傾向があるものの、ポケモンの知識自体は詳しくないため、いまだ修行中の身である。ピカチュウを執拗に追っており、その延長でサトシを追ってポケモン城に向かう。
コジロウ
ロケット団に所属する25歳の男性団員で、ムサシとニャースのパートナー。世界有数の大財閥の御曹司ながら家出して現在に至る。やたらとキザでナルシストな面があるものの、基本的に優しく常識人で、ゲットしたポケモンにも愛情を込めて接している。 くさタイプのポケモンを好んで使用している。ピカチュウを執拗に追っており、その延長でサトシを追ってポケモン城に向かう。
ニャース
個人のポケモンになることを拒み、あくまでパートナーとしてムサシとコジロウと行動を共にするポケモン。ちなみに性別はオス。人間の言葉を理解している珍しいポケモンだが、その代わり進化ができなくなった。 基本的に明るく快活な性格でムードメーカー的な役割を持つ。またピカチュウに嫌われている。ピカチュウを執拗に追っており、その延長でサトシを追ってポケモン城に向かう。