天使禁猟区－東京クロノス－

本作において東京は、霊的に閉鎖された状態となっている。しかし、一般人にはその様子が見えておらず、叶久遠などごく一部の人間だけには、東京の空を覆う呪文のような黒い文字列が見えている。また、その一部の人間は過去に天界から降り注いだ有翼亜種(アイオーン)の遺伝子を継いだ者とされており、有翼亜種を食らう悪魔なども人間の姿で東京を闊歩している。

久遠は母子家庭で、ネグレクトを受けて成長した。一方で風護カリスは両親から引き離され、過干渉な養父のもとで成長する。養父を嫌うカリスと、親の手作り料理に飢えた久遠が、月に一度だけ昼食を交換することから物語は始まる。なんでもない日常を送っていた久遠とカリスが、互いに東京を覆う文字を認識し、背中にある小さな天使の翼が見えることが判明してから、事態は一変する。

叶久遠には生まれた頃から、不思議なものが憑いている。二対の翼が生えた小さな生き物で、久遠はそれを「クリオネ」と呼んでいるが、自分の脳内にいる空想上の友人のようなものだと考えていた。しかしある時、久遠の上に落ちてきた弁当箱から守るように、大きな翼が広がったのを目にした久遠は、クリオネが空想上の生き物ではないことを知る。久遠に力を貸すこのクリオネの正体がなんなのかが、本作における大きな謎になっている。