デッドデッドデーモンズデデデデデストラクション

約3年前の8月31日、東京湾上空に超巨大な円盤（母艦）が現れ、ゆっくりと北西に移動し始めた。その後、母艦から発艦した小型船による、建物の倒壊や火災が広範囲で発生。政府から非常事態宣言が発令されるに至った。翌9月1日正午、米軍による新型爆弾「A」の投下で、母艦は渋谷区上空で停止。東京全域でごく微量の「A線」が観測されるが、人体への影響はないとされた。死者・行方不明者を大量に出した、侵略者による未曾有の大災害は、後に「8.31」と呼ばれる。本作の舞台は「8.31」の3年後。東京上空に巨大な母艦が浮かぶ中、女子高生の小山門出と中川凰蘭（おんたん）たちの青春を描く日常系漫画。しかし、作中で半年後に人類が終了することが予告され、物語中盤以降は本格的なSFやサスペンスの要素も加わっていく。

「8.31」から3年2か月後、小型船は都下の各地に姿を見せていたが、武器を搭載しておらず、一方的に自衛隊に撃墜されていた。そんな中、日本は対侵略者兵器として新たなレーザー兵器「歩仁」シリーズを開発。やがて兵器産業バブルを招き、国防力を高めていく。また、侵略者たちと自衛隊の戦闘が、日々報じられていたが、じつは自衛隊の一方的な虐殺であった。侵略者は武器を持たず、何より小人のように小さかったのだ。ただし、侵略者が減りすぎると「歩仁」シリーズの使い道がなくなるため、政府の命令により、適度に侵略者を間引いているというのが実態であった。そんな中、大学に進学した門出とおんたんは、人間と融合した侵略者と出会う。3年間、一般市民に紛れていたという侵略者の出現で、さまざまな真実が明らかになり、物語が大きく展開していく。

単行本の冒頭と巻末には作中に登場する国民的漫画『イソべやん』が掲載されている。未来の「内緒道具」をカバンから出す磯辺焼き好きのイソべやんは、『ドラえもん』のパロディである。宝島社「このマンガがすごい! WEB」で、作者・浅野いにおは、本作を「昭和の古典的なマンガのパロディ的な構造」と明かしている。その言葉どおり、侵略者の実態が明らかになるにつれ、本作が『ドラえもん』『オバケのQ太郎』など、いわゆる「居候モノ」の一面を持つことがわかる。また『イソべやん』は作中に登場する漫画というだけではなく、じつは本作の内容に大きな関わりを持つことも判明する。