概要
かつて世界を救った「波導の勇者」の伝説が語り継がれているロータの町。そこで開催されたポケモンバトルで優勝したサトシは、かつて勇者アーロンが使ったとされるアーロンの杖を入手する。
すると突然、アーロンの杖に封印されていたポケモンのルカリオが数百年ぶりに復活する。同時に幻のポケモンであるミュウが出現、ピカチュウとニャースを連れ去ってしまう。
サトシたち一行とルカリオは、ピカチュウたちを連れ戻すため、ミュウが生息する「世界のはじまりの樹」に向かう。その冒険の途中、ルカリオの隠された過去と「波導伝説」の真の意味をサトシたちは知ることになる。
登場人物・キャラクター
サトシ
世界一のポケモンマスターになるのを夢見る、マサラタウン出身の10歳の少年。単純で熱くなりやすく、また調子に乗りやすい。考えるより実際に行動するほうが多く、それで失敗することもあるが、成功することも多い。 基本的に純粋で優しい性格をしており、仲間のことを一番に考えているので、特にポケモンにはよく懐かれている。対人関係においても同様で、最初は対立していても、ポケモンバトルなどを通じて心を通わせると過去を一切気にせず、すぐに友達になれる。 かなりの正義感の持ち主で、悪いやつらを徹底的にこらしめようとする。突然現れたミュウに連れ去られてしまったピカチュウと再会するため、仲間たちと共に、そして数百年ぶりに復活したルカリオと共に、ミュウがいる世界のはじまりの樹に向かう。 口癖は、ポケモンやアイテムを入手したときに発する「~、ゲットだぜ!」。
ピカチュウ
サトシがマサラタウンを旅立つ時、オーキド博士から譲られた最初のポケモン。当初は気難しくサトシに慣れなかったが、すぐにサトシと仲良しになり、サトシの最高のパートナーとして各地の旅に同行する。 モンスターボールに入るのを嫌い、移動時でも常にサトシの側で行動している。ミュウによってニャースと共に世界のはじまりの樹に連れ去られ、サトシと離れてしまう。
タケシ
世界一のポケモンブリーダーを目指す15歳の少年。優しく穏やかで真面目な性格が特徴で、また年齢が高いせいか仲間の面倒をよく見ている。サトシの旅に長く同行しており、現在はサトシの親友であり兄貴分でもある。 いわポケモンを好んで使うが、後に他のタイプのポケモンを積極的に使うようになる。ロータの町でミュウに連れ去られたピカチュウたちを連れ戻すため、サトシやルカリオたちと共にミュウが住む世界のはじまりの樹を目指す。
ハルカ
トウカシティ出身の10歳の少女。性格は明るく快活で天真爛漫かつ無邪気。女の子らしい優しさも持つが、意外に勝気な面があり、相手に見下された時などは感情をむき出しにして怒るという一面もある。 当初はポケモンへの苦手意識を克服しながらポケモントレーナーを目指すが、後にポケモンコーディネーターの道に進む。ロータの町でミュウに連れ去られたピカチュウたちを連れ戻すため、サトシやルカリオたちと共にミュウが住む世界のはじまりの樹を目指す。
マサト
トウカシティ出身の7歳の少年でハルカの弟。無邪気で心優しいポケモン大好き少年。年齢的にポケモントレーナーになることはできないが、ポケモンの勉強のためサトシに同行する。ポケモンの知識はサトシ以上に持っているものの、それらは本やテレビで得た知識であり、実際のポケモンに触れ、世話をし、そして時には技を食らいながらポケモンの本質を勉強していく。 ロータの町でミュウに連れ去られたピカチュウたちを連れ戻すため、サトシやルカリオたちと共にミュウが住む世界のはじまりの樹を目指す。
キッド・サマーズ (きっどさまーず)
世界的に名の知れた女性冒険家でありポケモントレーナー。お嬢様育ちとは思えないほどの行動力と大胆不敵な性格を持ち、身の回りの世話をする執事のバンクスと共に世界各地を冒険している。 ミュウをゲットするためサトシたちと共闘、世界のはじまりの樹に向かう。
アイリーン
ロータの町がある国の女王であり、オルドラン城の城主。数百年前に国を治めていた女王リーンの子孫であり、その姿はリーンと瓜二つである。オルドラン城で開催されたポケモンバトルに優勝したサトシにアーロンの杖を手渡す。
アーロン
数百年前、世界を二分するような争いを止めるため、ルカリオと共に活躍したと伝えられている、古の女王リーンに仕えていた伝説の「波導使い」。現在では「波導の勇者」として昔話のように語り継がれている。 当時、弟子であったルカリオを犠牲にしないため、アーロンの杖の石飾りの中にルカリオを封印した後、自身の命を犠牲にして世界を滅ぼす戦争を止める。
リーン
数百年前のオルドラン城の城主であり、アーロンが仕えていた女王でアイリーンの先祖。心から平和を愛しており、かつてオルドラン城が戦争に巻き込まれそうになった時、アーロンに命じて戦争を止めさせた。
ルカリオ
かつてのアーロンの弟子であり、アーロンと共に波導の修行していたポケモン。サトシがポケモンバトルの優勝賞品として受け取ったアーロンの杖の石飾りに封印されていたが、アーロンと同じだったサトシの波導を感じたことで数百年ぶりに復活。 その後は衝突しながらもサトシと一緒に行動し、親友関係となる。波導の力の使い手であり、様々な特殊能力を使いこなす。
ミュウ
目撃件数、捕獲件数が非常に少ない幻のポケモン。世界のはじまりの樹に生息しており、ポケモンバトルを見て気に入っていたピカチュウ、そしてニャースを世界のはじまりの樹に連れていってしまう。 イタズラが大好きで変身能力を持ち、様々なポケモンに変身して周囲の人間を惑わしている。
レジロック
ミュウの命令に従い、世界のはじまりの樹を守護している伝説のポケモンの1匹。身体全体が岩石で構成されており、絶大なパワーを武器に、世界のはじまりの樹に侵入したサトシたちの前に立ち塞がる。
レジアイス
ミュウの命令に従い、世界のはじまりの樹を守護している伝説のポケモンの1匹。身体全体が氷で構成されており、滑るような敏捷さと冷気を武器に、世界のはじまりの樹に侵入したサトシたちの前に立ち塞がる。
レジスチル
ミュウの命令に従い、世界のはじまりの樹を守護している伝説のポケモンの1匹。身体全体が未知の金属で構成されており、頑強なボディと電撃を武器に、世界のはじまりの樹に侵入したサトシたちの前に立ち塞がる。
ムサシ
ロケット団に所属する25歳の女性団員。非常にプライドと気が強く、またワガママな女性。元々はエリートだったが、失敗を重ねてエリートコースから外れてしまう。オバサン呼ばわりを最も嫌っている。 どくタイプのポケモンを使う傾向があるものの、ポケモンの知識自体はそれほどないため、いまだ修行中の身である。ニャースを連れ戻すために世界のはじまりの樹に侵入するが、ミュウによって世界のはじまりの樹に取り込まれてしまう。
コジロウ
ロケット団に所属する25歳の男性団員で、ムサシとニャースのパートナー。世界有数の大財閥の御曹司ながら家出して現在に至る。やたらとキザでナルシストな面があるものの、基本的に優しく常識人で、ゲットしたポケモンにも愛情を込めて接している。 くさタイプのポケモンを好んで使用している。ムサシと共にニャースを連れ戻すため、世界のはじまりの樹に侵入するが、ミュウによって世界のはじまりの樹に取り込まれてしまう。
ニャース
個人のポケモンになることを拒み、あくまでパートナーとしてムサシとコジロウと行動を共にするポケモン。ちなみに性別はオス。人間の言葉を理解している珍しいポケモンだが、その代わり進化ができなくなった。 基本的に明るく快活な性格でムードメーカー的な役割を持つ。またピカチュウに嫌われている。ミュウによってピカチュウと共に世界のはじまりの樹に連れ去られ、ムサシたちと離れてしまう。