寄生列島

女子高校生の千尋は、両親の離婚を契機に東京を離れ、父親と共に花山島に移住した。父親の瑞樹は医療所を開業するも、島民から「ヤブ医者」と呼ばれ、千尋も周囲から疎外される日々を送ることとなる。さらに、千尋は模範的な教師から襲われ、同級生の放火事件に巻き込まれるなど、異常な状況が続いていた。そんな中、町内会長の息子である鴻島真の助けを借りて、千尋たちは彼の管理する蔵に住むことになるが、島の風習に関するおぞましい実態を目の当たりにし、戦慄する。さらに、海を渡ってきた研究者の蜷川理一郎と出会い、島で発生している異常事態の原因が寄生虫によるものであり、政府によって島が隔離されていることを知る。この絶望的な危機に直面し、千尋たちはさらなる困難に立ち向かうこととなる。

花山島では新種の寄生虫が蔓延（まんえん）しており、その形状は「ロイコクロリディウム」という種に類似していた。この寄生虫は人間の脳に寄生し、感染した人間は知性を持ちながらも倫理感を失い、放火や強姦、殺人などの凶悪な行為を容易に行うようになる。感染した島民たちは、島の風習を利用して悪行を重ね、さらなる感染を引き起こし、島はまさに地獄のような状況に陥ってしまう。そんな中、千尋と瑞樹は、感染を免れた島民や研究者の理一郎と協力し、この危機的な状況を打開しようと奔走する。一方で、感染の源である中島莉子は、寄生虫の特性を利用して千尋そっくりの姿に変異し、彼女が寄生虫の発生源であると誤認させるための妨害活動を開始する。

花山島で発生した寄生虫による感染症は、日本政府に認知され、海上自衛隊が周囲の海域を封鎖する事態に至る。そんな中、厚生労働省の蟹江は島民の検査を行おうとするが、実際には島民を助けるつもりはなく、彼らの存在を抹消する計画を実行しようとしていた。一方で町内会長の鴻島は、寄生虫の特性を利用して島を支配しようと企んでおり、寄生虫の媒介者になった莉子は、島民全員に寄生虫を感染させ、さらに島外にも広げようと計画していた。千尋と瑞樹は、理一郎が開発中のワクチンに希望を託し、追手から逃れるために奔走するが、莉子と鴻島は彼らを第一の邪魔者と見なし、狡猾な手段で追い詰めようとする。