AUTOMATON

第1巻

急激に技術が発展した近未来の日本。両親を事故で失った由河明は進学費を稼ぐため、コンビニでアルバイトをしながら学校に通う日々を送っていた。そんなある日、明は世界最大級の企業のCEO、トマ・ロックに誘拐同然に連れ去られてしまう。奇妙な部屋で目覚めた明は、たった一人の一般人か五人の犯罪者、どちらの命を救うかという選択を突きつけられる。訳のわからない状況で、明はそれでもすべての命を救う事を選ぶ。実はすべてはトマが行ったテストで、明が新兵器、オートマトンのパイロットに相応しいかチェックしていたのだ。事情を聞いた明は、亡き父もこの件にかかわっていた事を知り、パイロットになろうと決意。こうして高校生とオートマトンのパイロットという、二重生活をスタートさせるのだった。しかし操作に慣れず、明の初陣は散々な評価となってしまう。明はそれでもめげずに戦う事を選ぶが、その後、災害救助で訪れた海上の石油掘削施設で未知の敵と遭遇し、ピンチに陥ってしまう。

第2巻

圧倒的な敵の攻撃に手も足も出ず拘束される由河明だったが、トマ・ロックの機転で脱出。さらに応援に駆けつけたサンダーの援護によって、敵を撃退する事に成功する。危機を脱した明は、オートマトンで負ったダメージが実の身体にもフィードバックされていた。ケガを治療され、あらためて命の懸かった危険な仕事だと明は実感する。一方、トマは明に敵に関する説明をすべく、彼をロック社の本社ビル地下へと招く。敵は「シヴァ」と呼ばれる、未知のテクロノジーをあやつる組織で、彼らは世界中で殺人事件を巻き起こし、明の父親の死にもかかわっている、とトマは語るのだった。しかし、そこに新たな敵の襲来を知らせるアラームが鳴り響く。明は新たに開発された「オートマトン MARK-Ⅱ」で襲撃者と戦うが、変幻自在のサムに翻弄され、目の前で多くのロック社社員を殺されてしまう。サムにも逃げられ、無力感に苛まれる明は強くなる事を誓うのだった。

第3巻

シヴァに仲間達を殺された由河明は、オートマトン MARK-Ⅱの操縦を特訓する事を決意する。しかし、明の操縦に不満たらたらのメーティスは、効率よくオートマトンの操縦に馴染ませるため、夏休みのあいだ、明を世界一治安の悪いスラムに送り込む事を考えるのだった。たやすく人の命が奪われる環境で、セキュリティサービスとして働く事となった明は、上司となるバーグと行動を共にする。人間型と呼ばれる特別なオートマトンを使い、明は命の危険が身近なスラムで働く。そして、その活躍がバーグに認められた明は、彼からスラムに蔓延する麻薬「ヘラクレス」の調査と撲滅に協力してほしいと要請される。麻薬カルテルの総元締めであるガンプのもとから原料を盗み出す事を計画したバーグと明は、危機に陥りながらも無事に原料を持ち出す事に成功する。祝杯を交わし、お互いの過去を語り合ったバーグと明は親交を深めていく。しかし翌日、バーグはガンプに囚われ、凄惨な拷問を受けてしまう。彼を助けるため、明は今まで以上にオートマトンの性能を引き出す。一方、ロック社本社ビルにはトマ・ロックそっくりの襲撃者が現れ、社の乗っ取りを開始していた。