他の魔法少女アニメと本作が一線を画す一番大きな要素とも言えるのが、その斬新なストーリー設定です。「魔法の天使クリィミーマミ」や「プリキュア」シリーズなど、魔法少女というくらいなのでほとんどの作品はその魔法によって主人公たちが起こる事件や問題を解決していく様子が描かれますが、まどマギは違います。主人公のまどかが魔法少女に変身するのは物語最終盤、ストーリーのほとんどは、まどかやその友人たちがいかにして魔法少女になるのか、その点に比重が置かれて展開されます。
作中では少女たちは魔法少女になることで願いをひとつ叶えることができますが、その代償として自らの命をグリーフシードというアイテムに預けなくてはなりません。魔法少女であると同時にただの中学生である彼女たちは、その間で悩まされることになります。
何かを得るためには、何かを失わなくてはいけない。非常に重いテーマとして作中に横たわります。