主人公ゴン=フリークスがプロのハンターを目指して、試験を受ける過程で大事な親友、仲間に出会い、冒険をしていくファンタジー作品。
ゴンの父親ジン=フリークスは、ゴンが生まれてすぐに旅に出た。
ゴンは、父親は死んでいると思っていて、顔を見たこともなかった。しかし幼少期に巨獣に命を襲われた際、救ってくれたハンターのカイトに『ジンは生きている』ということを聞く。ジンは、世界でも優秀なプロハンターであることを知った。そのときからゴンはプロのハンターを目指すこととなる。
描写がとってもリアルで、表現も繊細であり、グロテスクな内容もあったり……。個々のキャラクターも魅力的で、どんどんハマってしまうストーリーになっている。『幽☆遊☆白書』も手がけた冨樫義博の大人気作。
2度のアニメ化がされ、コミックは33巻まで発売中。
連載の再開は未定となっている。
森で獣に襲われたゴン=フリークスは、プロのハンターである「カイト」に命を救われる。カイトに、死んだと聞かされていた父親が実は生きていて、プロのハンターとして活躍していることを知ったゴンは、ハンターへの道を進むことを決意する。里親の「ミト」の出した条件をクリアし、ハンター試験会場へと向かう。道中の船の中「クラピカ」と「レオリオ」と出会い、共に試験会場へと向かう。試験開始直後、同い年くらいの少年「キルア」と出会い意気投合する。この4人で試験をクリアしていくが、受験者である殺人狂の「ヒソカ」に目を付けられることとなる。どうにかハンターとして合格したゴンであったが、今後、ヒソカとの因縁が続くこととなった。
ハンター試験中、キルアの兄「イルミ」は、キルアに「友達はいらない」と諭され家へと連れ戻される。ゴン、クラピカ、レオリオは、キルアを取り戻すため、試しの門をクリアし、幾つかの試練を越え、無事にキルアと再会する。
ヨークシンシティでの再会を約束し、レオリオ、クラピカと別れたゴンは、強くなるための修行と小遣い稼ぎの場として、キルアと天空闘技場に出場。戦闘センスの高いキルアと、これまでに難解な試練をクリアしてきたゴンは、楽々上層階へと上り詰めていく。そこで同い年の「ズシ」と出会い、キルアと対戦することになった。キルアの勝利に終わったが、ズシの異常な体力から何か秘訣があるのではと、ズシに話を聞きに行くと、師匠の「ウイング」から念の存在を知る。200階クラスには念能力者を持つものが待ち構えるため、ウイングはゴンたちに念を教えることになった。天空闘技場に現れたヒソカと闘う為、念の修行に励むゴンたち。ヒソカや他の念能力者によって、念の奥深さを知ったゴンたちは天空闘技場を後にした。
グリードアイランドを入手するには、破格の資金が必要になった。そのため、様々な手段での資金巡りが始まる。一方クラピカは、一族を皆殺しにした「幻影旅団」の復讐と一族特有の「緋の目」を回収するため、マフィアである「ノストラードファミリー」の用心棒となった。時を同じくして、幻影旅団団長「クロロ」はメンバーを全員集めて、オークション襲撃し、商品を全て奪う計画をする。だが、ノストラードファミリーの頭領の娘「ネオン」による占いによって、旅団は罠に嵌る。マフィアや念能力者集団が次々に倒される中、念による制約と誓約により、幻影旅団の中でも力自慢だった「ウヴォーギン」を倒すことに成功する。クロロは仲間と共に再度計画を実行、マフィアを陰で操る「十老頭」によりキルアの父「シルバ」、祖父の「ゼノ」を雇いクロロと対決、死闘を繰り広げるが、イルミによって十老頭が暗殺される。依頼主が消えたことにより戦いは中断された。旅団はコピー能力を有するメンバーによって、死体を偽装し、誰にも気づかれることなく商品を回収することができた。レオリオ、キルア、ゴンの3人は、旅団の懸賞金を手に入れるため、尾行していたがゴンとキルアが捕まってしまう。どうにか逃亡することができたゴンたちは、クラピカと合流。クラピカの同僚「センリツ」をメンバーに入れ、再び旅団を尾行するが、クラピカを庇ったゴンとキルアによってまたもや旅団に捕まってしまう。クラピカによる奇襲によってクロロを捕獲。交渉の末、ゴンとキルアを解放することができたが、団長は行方不明、団員は2人殺されたことにより、クラピカは幻影旅団から深い恨みを買った。
資金巡りに失敗したゴンたちは、グリードアイランドを落札した人物に雇ってもらうことにした。ゴンとキルアは2人ともプレイヤー選考会で合格、念による闘いだけではなく、呪文(スペル)カードによる新たな駆け引きが始まる。モンスターを倒すべく、奮闘するゴンたちだったが、念に対してあまりにも未熟だったため、見かねた少女「ビスケ」に指導される。無理矢理弟子にされた2人だったが、ビスケの過酷な修行により、驚異的なスピードで力を身に着けていった。キルアは一時ゲームを中断し、ハンター試験を受けに行く。余裕綽々で試験を終え、晴れてキルアもハンターライセンスを取得する。一方、幻影旅団もグリードアイランドへ潜入、クロロに掛けられた念を解くため、除念師を探していた。キルアはゲーム内でクロロの名前を見つけ、スペルカードによってクロロの元にワープすると、そこにいたのはヒソカだった。ゲームクリアの協力者を求めていたゴンたちは、ヒソカを仲間に入れ、「レイザー」とドッチボール対決を行った。辛くも勝利を収め、幻のカードを手に入れたゴンたちの前に、プレイヤー狩りの「爆弾魔(ボマー)」が立ちはだかる。対策に対策を重ねて、各上のボマーに見事勝利したゴンたちは、見事ゲームクリアを果たす。ビスケと別れ、ゴンたちはゲーム報酬のカードを使ってジンに会いに行った。
スペルカードを使ったゴンたちだったが、ジンの策略によってカイトの元へと飛ばされていた。カイトの仕事を手伝う中、「キメラ=アント」の存在を知る。閉鎖国家「NGL」に流れ着いたキメラ=アントは、人間を捕食し、勢力を拡大していった。王の護衛軍の1人、ネフェルピトーの襲撃によって、カイトの片腕がなくなってしまった。錯乱したゴンをキルアは殴って気絶させ、その場から逃げ去る。カイトはその後倒されてしまい、後に操り人形となった姿でゴンたちと出会う。事態を重く見たハンター協会は、会長の「ネテロ」とハンターの「ノヴ」、「モラウ」と共にキメラ=アント狩りを始める。ゴンたちは強くなるべく、再びビスケの元で修業をする。ネテロと共に戦う条件は刺客の「ナックル」と「シュート」に勝つこと。だが、圧倒的実力差によりゴンたちは敗北してしまう。ネテロたちの奮闘空しく、キメラ=アントの王が誕生した。手始めに独裁国家東ゴルトー共和国を手中に収めた王は、暇つぶしのため様々な分野のボードゲームに手を伸ばしていた。そんな中出会ったのが盤上競技「軍儀」の達人「コムギ」である。盲目で稀に見るアホであるにも関わらず、何度打っても勝つことができず、食料としてみていた人間とは違う感情を覚えていく。決戦の日、ネテロに雇われたシルバの念能力「ドラゴンダイブ」によって、コムギが瀕死の重傷を負ってしまった。カイトを殺害したにも関わらず、コムギを治療する姿に苛立ちを隠せないゴンは、最低限の治療が終えた後、操り人形と化したカイトを治療することを約束し、治療を待つことになった。治療後、ネフェルピトーが人気のない場所へゴンを連れて行ったが、既にカイトは死亡していることを告げ、ゴンは激昂する。最大の効力を発揮する誓約(自身の存在を犠牲にする)により、ネフェルピトーを倒せるレベルにまで成長。片腕を失いながらも、ネフェルピトーに勝利する。その頃ネテロと王は場所を変え、タイマンできる場所へと移った。どんな攻撃を与えようとびくともしない王にネテロは苦戦、防御不可の最大の攻撃「百式観音0式」に対しても、多少傷がつく程度だった。最後の技を通じなかったネテロは、自身の体にしかけた爆弾「薔薇」によって王ごと心中した。王は瀕死状態であったが、駆けつけた護衛軍「シャウアプフ」、「モントゥトゥユピー」により蘇生、息を吹き返す。だが、薔薇の毒によりシャウアプフ、モントゥトゥユピーが倒れていき、自身の寿命を悟った王は、最後にコムギに会いたいと切願する。王を倒すため、時間を稼ぐ目的だったが断りきれず、王とコムギ、二人は軍儀を打ちながら命を落とした。
王を倒すことには成功したが、ネテロは死に、ゴンは瀕死の状態に陥った。ハンター協会会長であるネテロは、次期会長を選挙で決めるように遺言を残した。会長直属のハンター「12支ん」が集まり、次期会長を決める駆け引きが行われる。一方キルアは、ゴンの体を元に戻すため、妹(弟)である「アルカ」によって復活させようとする。だが、アルカへの「お願い」の仕方を間違えれば、ゾルディック家全滅の事態になりかねないことを危惧し、イルミとイルミに雇われたヒソカはキルアと対峙する。イルミの追跡を振り切ることに成功するキルアは、アルカに「命令」をして、ゴンの体を復活させた。会長選挙では、瀕死のゴンを見舞いに行かない父親のジンに対し、念で殴ったレオリオが祭り上げられていた。予想だにしていなかった副会長の「パリストン」だが、ゴンを復活させるのが目的であったため、アルカによる復活で会長候補を辞退、結果パリストンが会長候補となる。だが、ネテロ会長が大好きだったパリストンは、これは会長との「遊び」とし、会長を辞退。次期会長を「チードル」に任命した後、12支んを脱退した。
カキン帝国の「ホイコーロ」国王が暗黒大陸への渡航を進言した。その先遣隊の中にはネテロの息子「ビヨンド・ネテロ」の姿があった。
細かいところは省いてしまっているので、これを機にもう一度マンガを最初から読み返してみるのはどうだろうか。
暗黒大陸には大勢のハンターが渡航する。その中には、ハンター試験編やグリードアイランド編に登場した懐かしいキャラクターも登場するだろう。
連載がはやく再開されるよう、心から祈っている。