ミラクルボール

宮本不滅の入部(第1巻)

打っても投げても天才的な野球センスを発揮する宮本不滅は、プロ野球選手になるという夢を叶えるため、名門野球部に入部しようと、武蔵丸第三中に転校した。しかし、名門野球部と名高かったのは武蔵丸第一中であり、不滅が転校した武蔵丸第三中にあるのは、不良がたむろし、部員数が足りないために廃部を迫られている弱小野球部だった。自分の間違いに気づいた不滅は入部をやめようとするが、運動センスがゼロであるにもかかわらず、同じ夢を持つ佐々木球次郎の熱い説得を受けて入部を決意。これにより、武蔵丸第三中野球部の廃部は一旦免れた。だが、野球部を毛嫌いする校長の川上克也から、野球部存続の条件として新たに地区大会優勝を提示されてしまう。

校内野球大会1回戦(第1巻)

地区大会へ出場するためには、クラスごとに組んだ野球チームと野球部が対戦する武蔵丸第三中の校内野球大会で、優勝しなければならない。野球部は1回戦で2年A組と対戦するが、プレイボール直後、マウンドに立つ宮本不滅のもとに、育ての親である祖父、宮本茂雄が入院先の病院で倒れたという情報が入る。不滅は試合を抜け出し、病院へ向かうが、そこで見たのは、すでに息を引き取っていた祖父の姿だった。不滅は悲しみのあまり、試合はもとより野球をも捨ててしまおうとする。しかし、祖父を看取った看護師から、「今日の試合、絶対に勝て」という祖父の遺言を聞かされた不滅は試合に戻り、号泣したままバッターボックスに立つ。涙で前が見えない不滅はバッティングに苦戦するが、祖父との練習用に使っていたにっこりボールが彼を救う。

校内野球大会2回戦(第1巻～第3巻)

校内野球大会の2回戦で、武蔵丸第三中野球部は、スポーツ万能で、成績優秀、そして家が大金持ちという江夏塁が率いる2年D組と対戦する。塁の切れ味鋭い変化球には宮本不滅すらも苦戦し、さらに野球部の広岡栗男が、実は稲尾幽介が操作するロボットであるとばれてしまう。その直後、塁は不滅に絶望感を与えるため、わざと栗男にデッドボールを当てて故障させる。野球部は壊れた栗男をレフトに置き、不利な状況に苦しみながら戦う。その打開策として、キャッチャーの北別府猛は、不滅に誰も捕球できない本気の豪速球を要求。ミットではなく、体で不滅の投球を受け続ける。猛の体を犠牲にしたプレイにより野球部は勢いを取り戻し、さらに故障した栗男が自立ロボットとして奇跡的に復活するのだった。

校内野球大会決勝戦(第3巻～第5巻)

校内野球大会の2回戦終了後、武蔵丸第三中野球部の前に現れた天使によって、実は幽霊であった稲尾幽介が天に召される。だが、武蔵丸第三中野球部の情熱に心を動かされていた天使は天の掟に逆らい、稲尾とロボットの広岡栗男を合体させ、稲尾栗男という一人の人間を誕生させるのだった。この行為により天界を追放された天使は、星野天馬を名乗り、野球部員として人間界で修行するようになる。そんな新メンバーを加えた武蔵丸第三中野球部が迎える決勝戦の相手は、3年B組に沢村飛鳥率いるエリート集団、勝者の会の6人が加わった強敵チーム。宮本不滅や荒木竜太はさまざまな苦難に見舞われながらも、仲間達と共に奮闘する。一方、「天才」と謳われた飛鳥も、父親がプロ野球選手であるがゆえに、幼少時から苦しみを抱えていた。

東京ゼブラスターズ特別入団テスト1次テスト(第5巻～第6巻)

暑い夏にもかかわらずに猛練習をする宮本不滅と佐々木球次郎は、アイスキャンディの棒に応募要項が書かれていた東京ゼブラスターズ特別入団テストを受験する。しかし実際に受験してみると、不合格となった者は同社の工場で一生強制労働させられる、という悪質な入団テストだと判明する。1次テストの内容は、3メートル離れた場所からぬいぐるみにボールを投げ当てるというもの。シンプルではあるが、あまりのプレッシャーにより、失格者が続出。そんな中、不滅達が試験前に偶然出会っていた自称「野球人」の中畑佐助や、野球を金儲けの手段と断言する落合乱など、優れた選手は楽々と合格。不滅も無事に合格を果たす中、残る受験者は運動音痴の球次郎のみとなる。

東京ゼブラスターズ特別入団テスト2次テスト(第6巻)

1次テスト合格者18名で行う2次テストは、二人一組となり、深く広い谷のように割れた床を挟み、500球のキャッチボールを行うというもの。宮本不滅と落合乱のコンビは、不慮の事態に陥りながらも、乱の超人的な運動神経と病気の母親の治療費を稼ぐための執念により、窮地を凌いで合格を果たす。また、こっそり受験していた星野天馬と佐々木球次郎のコンビも、苦しみながらも合格する。

東京ゼブラスターズ特別入団テスト3次テスト(第6巻～第7巻)

2次テストの合格者12人で行う3次テストは、バッターとピッチャーが対戦する、ホームランを打つか打たれるかの勝負。ホームランも三振もなかった場合は、両者不合格となる。男子に変装して受験していた武蔵丸第三中の女子野球部員、新浦ひろみは、持ち前の運動神経を発揮し、見事に合格を果たす。謎の男から金を受け取り、わざと暴投ばかりする元木と対戦した宮本不滅も、その逆境に見事打ち勝ち、合格を果たす。そんな中、第三中で残るのは星野天馬、そして類い稀な野球センスを持つ落合乱と対戦する佐々木球次郎のみとなる。

東京ゼブラスターズ特別入団テスト最終テスト(第7巻～第8巻)

3次テストの合格者6人で行う最終テストは、東京ゼブラスターズの代表としてテストを取り仕切りながらも、超一流ピッチャーのような投球をする権藤株造と勝負する事。しかしお面をかぶり、鈴木という偽名で密かに受験をしていた江夏塁の手により、株造が実は東京ゼブラスターズのエースピッチャー、梅坂大輔であると判明する。そして梅坂の口から、毎年最下位に甘んじるチームを強化するために、独断でテストを開催していたと告白されると、チームを所有する江夏コンツェルンの御曹司である塁は、テストの中止を宣言する。不合格で工場送りとなっていた受験生達が喜ぶ中、宮本不滅は勝負の続行を希望。突如その場に現れた江夏コンツェルン会長の江夏連三郎はそれを受け入れ、不滅と落合乱は、合格すれば実際にプロ契約と契約金が約束される梅坂との勝負に挑む。

地区大会1回戦(第8巻)

武蔵丸第三中野球部存続をかけた地区大会の1回戦は、入院している妹の病状が急変したために、北別府猛が病院へ向かったため、メンバー不足により失格の危機に見舞われる。だが、そこに東京ゼブラスターズ特別入団テストの鈴木と同じお面をかぶった少年が登場し、猛の代理で出場する。試合は宮本不滅が好投するが、仲間のエラーが重なり、部員60人を擁する朝潮中相手に苦戦。しかし9回に不滅が二塁打を放ち、打順はお面をかぶった少年に回ってくる。そこにお面をかぶった少年の正体だと思われていた江夏塁が、武蔵丸第三中野球部のベンチに、応援のため姿を現す。

地区大会2回戦(第8巻～第10巻)

武蔵丸第三中野球部の2回戦の対戦校は、メンバー全員が勝者の会に入れ替わった柏戸学園。そのメンバーの中には、福本右京の弟である福本左京も含まれていた。試合では、兄とは違ってスポーツも勉強も優秀な左京が、柏戸学園の先発ピッチャーを務め、武蔵丸第三中野球部を翻弄。さらにはその存続がかかった勝者の会も、佐々木球次郎の配球メモを盗み見るなど、卑怯な手段をためらわず使い、第三中を攻め立てる。一方、宮本不滅は一回り成長した沢村飛鳥を相手に、絶対誰にも打てない不滅ボールを披露する。しかし、1日に1回しか投げられない不滅ボールを再び投げたために、天国に召されてしまう。しかし、天国の祖父、宮本茂雄と、地球で修行中の星野天馬の願いが神様に聞き入られ、不滅は、神様からホームランを打てば人間界に生還できる、という勝負に挑戦。無事挑戦に成功した不滅の生還後は、6回に佐々木球次郎の点差が1点に迫る満塁ホームランによって、左京は降板、飛鳥がマウンドに立つ。だが、飛鳥の腕は実は故障しており、このまま続投し続ければ、一生ボールを投げられなくなるような状態にあった。

地区大会準決勝(第11巻)

武蔵丸第三中野球部の準決勝の対戦校は、アメリカ人の血を引く名ピッチャーのデービス・翔を擁する旭国中。翔の豪速球は日本人にとっては規格外の球速で、翔がわざと宮本不滅の打ち慣れたにっこりボールで投球しても、不滅が見逃しの三振をしてしまうほどである。それに対し、武蔵丸第三中野球部は、際どい内角攻めをする翔のボールを逃げずに、デッドボールを狙う「サムライ魂」を軸に対抗していく。ピッチングが思うようにならないため苛立つ翔は、ただ日本人であるという理由だけでチームメイトを愚弄。そこに翔の父親でプロ野球選手のリチャード・デービスが姿を現し、翔を叱責する。翔は、幼少時に日本人の母親が自分を見捨てて帰国したと考え、日本人を憎んでいた。しかし、それはリチャードが幼い翔を思って言った噓で、実際は母親は病気で亡くなっていたのだった。真実を知った翔は亡き母親のために、そして今まで無礼を働きながらも、責めずに自分を応援してくれたチームメイトのために奮闘する。

地区大会決勝戦(第12巻)

武蔵丸第三中野球部の決勝戦の対戦校は、準決勝で中畑佐助擁する高見山中に圧勝した全国一の強豪校、武蔵丸第一中。苦戦を覚悟していた武蔵丸第三中野球部だが、蓋を開けてみれば、6回表の時点で7対1とリードする意外な展開となった。さらに満塁のチャンスで宮本不滅に打順が回り、勝利を確実にするかと思われた。だが、そこでエースで4番の尾崎永遠をはじめとした第一中メンバーは、錘入りの野球具を脱ぎ捨て、通常の野球具を装備し直す。彼らは今まで錘入りの野球具で地区大会を練習代わりにしていたのだ。以降、永遠の投球は想像を絶する豪速球で、彼が打席に立てば、不滅ボールでさえも場外ホームランにしてしまう。第一中に逆転され、敗色が濃厚になる第三中だが、野球部で最も運動センスがなかった佐々木球次郎が放つ起死回生のヒットから逆襲劇が始まる。そしてついに9回ツーアウト、1点差の場面で不滅に打順が回る。過去の苦い経験が原因で野球部を憎む校長の川上克也の妨害にも負けず、不滅は、亡き祖父や、共に戦う仲間への思いを込め、永遠が投げたボールを外野席に向けて打ち返すのだった。