ワンダーランド

本作には「ワンダー」と呼ばれる特殊な能力を持つ人間が登場し、彼らが多種多様な力を行使する。具体的には、他者の記憶を操作したり、知能が未成熟な生物をあやつったり、念動力によって物体を自在に動かす能力などがある。特にアリスの能力は、物質の質量を自在に変えることができ、質量保存の法則を無視した現象を引き起こすことも可能であり、その気になれば生物や物質を痕跡すら残さずに消滅させられる。このため、アリスの力は「神の力」として恐れられ、日本政府は彼女を秘密裏に管理し、国際的な影響力を強化しようと目論んでいる。 しかし、ワンダーの使用にはリスクが伴い、使用者が許容範囲を超えた力を行使すると、しばらくのあいだ眠りにつく必要がある。そしてこの間は、身体が通常の人間の数倍から数十倍の速度で成長または老化するという副作用が存在する。

平穏な日常を送っていた由希子は、ある朝目覚めると自分の身体が小さくなっていた。さらに、父親の幸男と母親のも同様に小さくなっており、飼い猫のミーに襲われて命を落としてしまう。ショックのまま外に飛び出した由希子は、小型化した人間たちが動物に襲われている光景を目の当たりにして、恐怖に駆られる。 その後、由希子は飼い犬のポコと共に動物たちから逃げる中で、窮地に陥っていた際にアリスと名乗る少女に助けられる。さらに逃亡中に出会った滝研太郎や源田千春と協力し、この異常な状況から脱出すべく奔走する。

由希子は、逃亡の末に元の大きさに戻ることに成功した。そして由希子は、人間が小型化した原因がアリスの持つ「質量を自在にあやつる力」の暴走によるものであることを知る。由希子は、親友のアリスが両親の死に間接的に関与していることを察し、彼女に対して辛く当たってしまう。そんな中、由希子は自衛隊によってアリスと一時的に引き離される。自衛隊の陸幕である乾は、アメリカやロシアに対抗するためにアリスの能力を軍事利用しようと企んでおり、腹心のワンダーである麻宮やアリスの旧友であるヨシフを利用して計画を進めていた。乾の行動はさらにエスカレートし、最終的には由希子を人質に取り、アリスに無理な要求を強いる状態に発展する。