女神寮の寮母くん。

孝士、寮母になる

中学1年生で12歳の南雲孝士は、誕生日に家を火事で失い、父親も失踪してしまう。頼れる人もなく、12歳にして住所不定となった孝士は、一人で生きていくことを決意するも、開始早々行き倒れ、そこにたまたま通りかかった和知みねるに拾われることとなる。みねるに連れられ星間女子大学の女子寮「女神寮」にやって来た孝士は、その境遇に同情したみねるに寮母をやってみないかと提案される。しかし、寮に暮らす早乙女あてなは大の男性恐怖症で、孝士の代わりに出て行ってしまう。家を失った悲しさを知る孝士は、あてなにその思いを味合わせないため、あてなを探し出し自分が出ていくことを伝える。そんな孝士の真摯な思いに、あてなは心動かされ、孝士を寮母として迎え入れる。こうして寮母となった孝士であったが、実は女神寮は個性的な人間ばかり集まる訳アリ物件で、孝士は忙しくも騒々しい寮母生活を始めることとなる。

幼馴染、寮にくる

南雲孝士が寮母としての生活に慣れ始めた頃、和知みねるは孝士が寮から学校に通えるように手続きを完了させる。みねるの気づかいに感謝しつつ、孝士は学校に復帰するも、そこで幼なじみの香炉野すてあに今まで何をしていたか詰問されてしまう。孝士は寮母をしていることをうっかり漏らしてしまい、孝士を心配したすてあは強引に女神寮を視察に訪れる。そして、すてあも女神寮の個性的な面々に振り回され、孝士を守るためにたびたび女神寮を訪れるようになる。

星間女子大、学園祭

南雲孝士は早乙女あてなに誘われ、星間女子大学で行われる学園祭、通称「星間祭」に行くこととなる。孝士は香炉野すてあを連れて星間祭を訪れるも、入り口ではさっそく、和知みねるが無許可で怪しい薬を売りさばく現場に遭遇。取り締まりによる騒動によって、孝士はみねるの怪しい薬による騒動に巻き込まれてしまう。学祭見物もままならぬ状況となるが、八月朔日せれねが現れ、謎のパワーで騒動を鎮める。その後、孝士は学祭見物を再開するが、荷物に紛れ込んでいたみねるの薬をお茶と間違えて飲んだことで、またしても薬による騒動に巻き込まれてしまう。こうして星間祭は、騒がしく過ぎ去っていくのだった。

女神寮の大晦日

ドタバタと慌ただしい日々も過ぎ去り、気づけば南雲孝士たち女神寮の面々は年の瀬を迎えていた。女神寮の住人の一人である戦咲きりやは、周囲からかっこいい女子として評判だったが、内心ではかわいいものにあこがれており、もやもやした気持ちを抱えていた。そんなきりやは実家が道場で、毎年、年末は門下生のためのクリスマス会などで大忙しだったが、今年に限って家族がみんな用事が立て込み、たった一人でクリスマス会を切り盛りすることとなる。忙しいきりやを見かねて孝士と早乙女あてなは協力を申し出るも、あてなは体調不良で当日にドタキャン。八月朔日せれねがあてなの代理で手伝い、クリスマス会は大騒ぎとなったものの無事に成功する。きりやは孝士との交流で自分のイメチェンを前向きに考え始めるも、大晦日（おおみそか）、知り合いに巫女（みこ）のバイトのピンチヒッターを頼まれ、神社で巫女をすることとなる。しかし、そこで巫女じゃなくサムライのようだと言われたのが、またしてもきりやの心を揺さぶってしまう。かわいい自分にはなれないと暗い気持ちを抱えるきりやであったが、孝士の励ましによって明るい気持ちとなり、新たに迎える1年を前向きに受け入れるのだった。

3月、それぞれの変化

新しく迎えた1年も、相変わらず賑（にぎ）やかに過ごしていた女神寮の住人たちであったが、そんな中でも少しずつ変化の波が訪れていた。現在、和知みねるは大学4回生で、もうすぐ卒業がせまっていた。それを知った南雲孝士たちはさびしく思いつつも、温かく送り出すことを決意。寮のみんなはトラブルメイカーであるものの、意外としっかり者なみねるに、今まで助けられたことに改めて感謝しつつ、送り出す準備を始める。しかし実はみねるは4月から「大学院生」になるだけで、寮を出ていくつもりはなかった。フレイはそのことを知りつつも、黙っていたため、からわれていたことに気づいた孝士はフレイに詰め寄る。しかしみねるはそんな彼らを見て、自分でも気づかないうちに女神寮に強い愛着を持っていたと、笑みを浮かべるのだった。

新たな二人、現る

春を迎え、南雲孝士たちは新たな学年となるが、寮母と学生の二足のわらじは多忙を極めていた。騒々しい寮では満足に勉強もできないため、孝士は空いた時間を使って図書館で勉強していた。そんなある日、孝士は図書館で女子大生の凪野たきり、神楽うずめと出会う。見た目は強気系ギャルながら意外と面倒見のよいたきりと、見た目は清楚（せいそ）系ながらどこか妖しい雰囲気を漂わせるうずめという、見た目と中身が正反対の二人に孝士は翻弄されつつも、彼女たちと交友を重ねる。そんな中、うずめとたきりは、女神寮の住人と孝士の関係にも変化のきっかけをもたらすのだった。

波乱を呼ぶ電話

南雲孝士が女神寮に来て1年が経ち、孝士は寮母としての生活も板についてきた。女神寮の住人たちとの日々にも充実感を感じていたある日、孝士のもとに香炉野すてあから1本の電話が掛かってくる。すてあから行方不明だった孝士の父が孝士を探していると連絡を受け、孝士は女神寮を離れるか迷うこととなる。女神寮の面々もそれを知り、孝士がいなくなることにショックを受ける。孝士も住人たちもお互いに遠慮し、父親のもとに帰るのが最善だと考えるが、今まで積み重ねた思いに素直になり、孝士は女神寮に寮母として留まることを決意する。その思いを孝士は父親に伝えようとするが、その直前に父親は再び失踪。結局、電話1本から始まった波乱はあっさり収まり、孝士は寮母生活を続けていくこととなる。

テレビアニメ

2021年7月から9月にかけて、本作『女神寮の寮母くん。』のテレビアニメ版『女神寮の寮母くん。』がTOKYO MX、BS11、AT-Xほかで放送された。制作はアスリードが担当した。キャストは、南雲孝士を山田美鈴、メインヒロインの早乙女あてなを七瀬彩夏、戦咲きりやを村井理沙子が演じている。TVアニメ版は放送局や配信サイトによって3バージョンあり、作中のセクシーなシーンを規制した「風紀まもるくん修正バージョン」、規制を一部解除した「風紀まもるくんシースルーバージョン」、規制をほぼ解除した「風紀まもるくん無修正バージョン」が存在する。なお「風紀まもるくん」は作中であてなが作ったキャラクターで、風紀を守るために女性の下着や裸体が映るシーンで、それを隠すために現れる。漫画版ではあてなが風紀まもるくんのステッカーを作成し、手動で隠す形で出現した。