魔女の守人

亡命編

強大な敵、魔によって存亡の危機に立たされていた人類は、魔法を扱う魔女の力によってかろうじて命脈を保っていた。バーン市国を見渡せる魔女塔に住み、強大な魔法で襲来する魔を撃破し続けていた魔女のマナスファ・ルースタシア、そして彼女を守る市国最強の騎士、ファフナ・レオレンジは、憎まれ口を叩き合いながらも、心の内では互いを信頼し合う平穏な日々を送っていた。そんなある日、司祭から呼び出されたファフナは、魔女が人為的に魔を注入された対魔用の究極兵器であり、すべての魔女はいずれ魔へと変貌を遂げるという衝撃の真実を知らされる。そして、騎士の隠された掟に従い、ファフナは魔に浸食されつつあるマスナファを殺害するように司祭から命令されるのだった。一度は司祭の命令に従ったファフナだったが、いざマスナファを前にしたファフナは決心が鈍り、彼女を手にかけることを躊躇してしまう。そんなファフナの姿を見た司祭は、暗殺部隊を投入して強引にマナスファを殺害しようとするも、マナスファを守ることを決意したファフナはこれらを撃破。魔女の守人となったファフナは、マナスファを人へと戻す手段を探すため、マナスファと彼女の付き人であるナータ・インテリナを引き連れ、バーン市国から亡命する。

魔女狩り編

ファフナ・レオレンジ一行は魔女を人間に戻す手がかりを求め、引退した魔女が存在するというノワール国へ向かう。その道中立ち寄った村の宿屋に泊まったファフナは、司祭が派遣した追っ手の魔女狩り、ゲン・オードブルと、魔女のルゥリ・リララの襲撃を受けてしまう。ルゥリの魔力を最大限に活かしつつ戦う、ゲンの「対魔女・騎士戦闘」の前に大苦戦を強いられるファフナだったが、魔封じの首輪を自ら破壊し、力を解放したマナスファ・ルースタシアの決死の覚悟に応え、ゲンを打ち倒すことに成功する。しかし、勝利の代償として魔力を大幅に消耗し、憔悴（しょうすい）してしまったマナスファを連れて村を出たファフナは、魔の襲撃を受けて窮地に陥るものの、謎の発明家、ドレイク・マルドゥックによって命を救われる。元騎士で、かつて愛する魔女のアイを手にかけた過去を持つドレイクは、亡命したファフナたちへの処遇を決めかねていた。しかし、魔女を守るというファフナの揺るがない決意を見たドレイクは、3日以内にファフナが自分を超えるまで強くなるように命令する。3日間の厳しい戦闘訓練で「対魔女・騎士戦闘」の基本を体得したファフナは、マスナファとのタッグでドレイクとの戦いに勝利を納めるのだった。

ヴァリ国編

ファフナ・レオレンジ一行は魔を避けてノワール国に向かうため、危険を承知でヴァリ国へと潜入するも、そこでルールを守り続ける厳格な騎士のクロード・グラウスに正体を看破されてしまう。魔女のスピカ・クラーヌの魔力を得て、重力を自在にあやつるクロードに大苦戦を強いられたファフナは、ほうほうの体で現場から逃げ出す。街の住民からの慕われぶりと、戦闘中の様子から、クロードとスピカが決して悪い人間ではないことを見抜いたファフナたちは、魔女を人間にするという目的を果たすために彼らを仲間にする方法を模索。夜半にスピカが住む魔女塔へと忍び込み、スピカを説得しようとするが、クロードによって阻まれてしまう。再びクロードとスピカのコンビが生み出す強力な攻撃を受けるファフナだったが、そんな戦いの最中にヴァリ国の司祭のユーゴー・ヴヴ・シシマルが現れ、魔力を使いすぎて魔に侵されようとしているスピカを殺すように、クロードに命令する。葛藤の中で自身の本当の気持ちに気づいたクロードはユーゴーに逆らい、スピカを守ろうとする。そんなクロードの姿を見たファフナは、ユーゴーを打ち倒し、二人の心をルールという呪いから解放する。

魔女の守人編

海沿いの街道で魔に襲われたファフナ・レオレンジ一行は、アクア・レベリンと名乗る新米の魔女に助けられる。アクアの村に立ち寄ったファフナは、彼女が村出身の初めての魔女として、村人の期待を一心に背負っていることを知る。その様子から、アクアが魔女の真実を知らされていないと判断したファフナは、一刻も早く魔女が不要な世界を作ろうと決意を新たにする。しかし、ゴビ国の修道士がアクアを迎えに来た当日、寂しそうな目をしていたアクアを見たマナスファ・ルースタシアは、彼女が魔女の真実を知っていることに気づいてしまう。機転を利かせたマナスファは、アクアの父親であるポセイ・レベリンとアクアを引き合わせ、アクアには父親という味方が最後までいることを再認識させたうえで、将来の再会を約束する。そして5年後、魔女の不要な世界を築き上げることに成功したファフナ一行はバーン市国への帰国を果たし、マナスファはそこで魔女の引退を宣言するのだった。