BEGIN

本作の舞台となっているのは、現代日本の沖縄。米軍普天間基地の移転問題や中国船による尖閣諸島周辺海域への領海侵入、沖縄の独立運動といった時事問題を背景に物語が展開される。原作者の史村翔によれば、本作の制作意図は、「メディアや文化人が一つの方向に偏っており、反対するだけで結論を出さないことにフラストレーションがたまり、自分なりの答え出したかったこと」だという。また、沖縄を描こうと考えたのは「沖縄も日本も本当に独立しているのか」という疑問を持っており、「沖縄を考えることは日本全体を考えることにつながる」という理由からである。本作は、現実に起きている諸問題に対する、作者・史村なりの一つの方法を描いたフィクションである。

新海は、傷害致死罪で服役中に組が解散した極道である。自らを「憂国の極道」とうそぶく新海は、沖縄独立運動の裏のスポンサーで日本に帰化した中国人医師を暗殺。さらに、沖縄の組織の総首領、的場に会い、沖縄極道を再生し中国を裏からひっくり返そうと目論む。一方、神津は、警察庁から沖縄県警に出向している公安の官僚で、特命班「BEGIN」のリーダーである。「JAPAN・REBORN（日本再生）」をスローガンに、官邸の指示を無視して沖縄を戦場にし、アメリカからの独立を目指している。立場は違うが共に日本を憂う極道と官僚は、手を組んで米中に戦いを挑んでいく。

作中では、中国共産党の組織が暗躍しており、「観光客を装う」「日本人と結婚して帰化する」といった手段で、多くの中国人が沖縄に駐在している。沖縄独立運動のカリスマ、白州正光の孫娘の玲央は、中国のスポンサーをバックに運動を進めており、中国は玲央を利用して沖縄を手に入れようとしていた。しかし、玲央は沖縄を救うために、沖縄をアメリカの一州にすることを米軍高官に提案する。そんな中、オスプレイが小学校の運動場に墜落し、基地反対運動が激化。中国は、独立運動ではなく反対運動を利用しようと考えるようになる。反基地運動、独立運動、米軍、公安、極道という、様々な勢力が沖縄に集結し、それぞれの思惑を巡って混沌とした状況に陥っていく。