MAJOR 2nd

第1巻

プロ野球選手として活躍する茂野吾郎を父親に持った少年、茂野大吾は、父親に憧れて野球を始めた。しかし、彼には野球の才能がまったくなかった。必死の練習で守備こそうまくなったものの、打撃ではヒットすら打てず、さらに野球選手としては致命的なほどに肩が弱かった。周囲の大きすぎる期待に応えられない、というコンプレックスで大吾は野球を止め、大きな挫折感を胸に抱えながら日々を漫然と送っていた。そんな中、大吾は同じ小学校に転校して来た佐藤光と出会う。光は大吾と同じく、偉大なプロ野球選手を父親に持つ少年であった。成り行きから、かつての所属チームであった「三船ドルフィンズ」で光と共に試合へと出た大吾は、そこで光の類稀なる野球センスを目の当たりにする。

第2巻

佐藤光に誘われて再び野球を始めた茂野大吾は、改めて野球チーム「三船ドルフィンズ」の練習に参加する。だがそこで大吾と光は、チームの中心選手にしてバッテリーを組んでいる卜部隼人、鈴木アンディと衝突。隼人達は、大会まで1か月という大事な時期にいきなり入部してきた大吾と光のせいで、チームの和が乱れる事を警戒していたのである。それでも光は投手のポジションを希望し、監督である田代に、大会前に一度投手としての実力をテストしてほしいと申し出る。さらに光は、自分の練習に付き合ってくれた大吾に対し、捕手を目指したらどうかと提案。その個人コーチを光の父親であり、元プロ野球選手の佐藤寿也が引き受ける事になった。寿也の指導を受けながら、大吾は捕手の特訓を開始する。そんな中、突然光は群馬へと引っ越す事が決まり、「三船ドルフィンズ」をやめてしまう。

第3巻

佐藤光が野球チーム「三船ドルフィンズ」をやめる事を知り、茂野大吾は捕手への情熱を失くしてしまう。そんな中、大吾は茂野家を訪れた佐藤寿也から、光に託されたという手紙を受け取る。手紙に書いてあった「いつか必ず二人でバッテリーを組もう」という言葉に、捕手への情熱を取り戻した大吾は、再び寿也との特訓の日々に明け暮れるのだった。

そして迎えた大会当日。特訓の甲斐あって大吾はレギュラーの座を獲得する。しかしそれが実力ではなく、親の威光でレギュラーを獲得したと誤解した卜部隼人は、彼をチームメイトとして認めていなかった。試合でミスをした大吾に対して、隼人は辛辣な言葉を浴びせ、大吾は酷く落ち込むが、チームメンバーである佐倉睦子の励ましで再び気合を取り戻す。そんな中、チームのエラーによって、「三船ドルフィンズ」は1アウト満塁のピンチへと陥ってしまう。

第4巻

1アウト満塁で、犠牲フライに十分な打球が茂野大吾が守る右翼へと上がった。肩が弱い大吾では相手のタッチアップを防げないと、卜部隼人、鈴木アンディは諦めるが、佐藤寿也による特訓を受けた大吾は、肩が弱いながらもうまく返球する技術を磨いており、見事に捕殺を記録する。その後、一進一退の攻防が続く中、大吾のエラーによってチームは同点に追いつかれてしまう。その責任を感じ、自らの打順を迎えたところで大吾は選手交代を申し出るが、監督の田代は「ここで変えれば大吾はまた野球を止めてしまうかも知れない」と考え、大吾をそのまま打席へと送り出す。意気消沈したまま打席に向かう大吾だったが、そこへ応援に駆け付けた光が現れる。彼の激励を受けた大吾は二塁打を放ち、見事勝ち越しに成功する。だがその後「三船ドルフィンズ」は、隼人とアンディが立て続けに崩れてピンチを迎える。ここで田代は、今も選手登録が抹消されていなかった光をマウンドに上げようと決意。そして、光の球を唯一受けられる大吾が、キャッチャーマスクをかぶるのだった。

第5巻

「三船ドルフィンズ」は、茂野大吾と佐藤光のバッテリーの活躍によりどうにか勝利をおさめ、2回戦進出を決めた。一方、肉離れで全治10日間の診断を受けた鈴木アンディは2回戦への出場は困難で、引き続き大吾が捕手として試合に出る事になった。急造捕手である大吾に不安を感じた卜部隼人は、大吾と共に特訓を行う。その途中、隼人は大吾の練習に付き合っていた佐倉睦子の類稀なる野球センスに気づき、監督、田代への直談判のうえで、彼女をチームへと迎えるのだった。2回戦の相手は「虹ヶ丘ビートルズ」。エース、玉城を中心とした守りのチームで、監督、小森による緻密な戦略に「三船ドルフィンズ」は苦戦し、1回で2点を先制されてしまう。

第6巻

「虹ヶ丘ビートルズ」の玉城を打ち崩せないままに試合は進み、「三船ドルフィンズ」は、体力に難のある卜部隼人に疲れが見え始め、ピンチを迎えてしまう。このピンチに監督の田代は、不慣れで捕球捌きが疎かになっていた捕手の茂野大吾を左翼に回し、ケガで万全ではない鈴木アンディを捕手として送り出すのだった。正捕手の巧みなリードに隼人は息を吹き返し、どうにかピンチを防ぎ持ちこたえるのだった。その後、エラーにより失点の原因を作った佐倉睦子の三塁打、大吾の意表を突いたプッシュバントやダブルスチールで攻め立て、「三船ドルフィンズ」は相手の動揺を誘っていく。ピンチを迎えた玉城は、腰のケガの影響で封印していた本気のストレートで臨むが、打席の佐藤光はその球をジャストミートしてスタンドへと運ぶのだった。こうして2回戦に勝利をおさめた「三船ドルフィンズ」は、3回戦も勝ち進み、ついにベスト8に進出する。準々決勝の相手は、強豪「東斗ボーイズ」で、打倒「東斗ボーイズ」を目標としていた隼人にとって念願の相手であった。しかし、隼人は田代から先発投手は光でいくと告げられてしまう。

第7巻

茂野大吾は佐倉睦子と行ったバッティングセンターで、次の対戦チームである「東斗ボーイズ」でバッテリーを組む、眉村道塁と眉村渉に出会う。そこで大吾は道塁の球を打たせてもらうが、30球ほど投げてもらって一度も前に飛ばせなかった。道塁の球を打てないと悟った大吾は、対策としてバントの練習を始める。一方、次の大事な試合で先発として登板できないと分かった卜部隼人は、チームを退団しようと決意していた。そんな中、鈴木アンディの説得を受けた隼人は、大吾のバント練習に付き合い、そこで茂野泉に投球を褒められる。これをきっかけにやる気を取り戻した隼人は、退団を思いとどまる。

そして迎えた「東斗ボーイズ」との試合の日。大吾達の予想に反し、「東斗ボーイズ」は「三船ドルフィンズ」を甘く見たのか、先発投手にエースの道塁ではなく小松を起用する。しかも、試合の最中に「三船ドルフィンズ」の先発投手、佐藤光の眼鏡が壊れてしまい、チームはいきなりピンチを招いてしまう。

第8巻

補欠の永井から眼鏡を借りた佐藤光は、どうにか調子を取り戻したものの、3回の裏、「東斗ボーイズ」の眉村道塁を打席に迎えたところで、ついに光は捉えられてしまう。そこで光は、この日のために練習していたスローボールを次打者の眉村渉に投じるが、光の投げる球は渉はスローボールではなく、少年野球では禁じられている変化球のチェンジアップであると抗議。その抗議が認められ、スローボールを投げられなくなった光は、なすすべなく渉にホームランを打たれてしまう。これにより気持ちが切れてしまった光は、次打者にも打たれ、そのあともミスを連発。5対1と大差を付けられてしまう。ベンチに戻った光は自分のミスを理由に交代を申し出るが、チームメイトの永井はそんな弱気の姿勢に厳しい言葉を浴びせるのだった。これにより再び闘志を取り戻した光は、相手投手、小松の球をスタンド外まで運び、5対3までその差を縮める。そして次の回、「三船ドルフィンズ」は卜部隼人と鈴木アンディのバッテリーを送り出し、勢いそのままに相手を三者凡退に切って取る。

第9巻

チャンスを迎えた「三船ドルフィンズ」は、茂野大吾へと打順が回ってくる。守備でバントシフトを敷かれるが、茂野泉のアドバイスを受けた大吾は、見事にスリーバントを決め切り、1アウト1、3塁へとチャンスを広げる。さらにスクイズと鈴木アンディのタイムリー安打で、「三船ドルフィンズ」は同点に追いつく事に成功。ついに眉村道塁をマウンドへと引きずり出すが、その後は劣勢にまわり、相手に3点の追加点を許してしまう。そして迎えた最終回、「三船ドルフィンズ」は大吾と卜部隼人、アンディが出塁し、1アウト満塁のチャンスを迎え、光に打順が回ってくる。この場面で「東斗ボーイズ」の監督は敬遠のサインを出すが、道塁はエースの意地からこれを拒否。真っ向勝負の末に光に長打を浴び、さらに続く代打、永井は振り逃げで出塁。その後、眉村渉のエラーも重なり、「三船ドルフィンズ」は再び同点に追いつく。

第10巻

鈴木アンディのケガの再発、さらにピッチャー返しを受けて卜部隼人が負傷したので、佐藤光と茂野大吾は再びバッテリーを組む事となった。光は最初にも勝る球威で打者を圧倒するが、2アウト満塁のピンチの中、フライを捕球しようとしたところで大吾と衝突してしまう。これがサヨナラエラーとなり、「三船ドルフィンズ」は敗北。しかも、激突した光は意識不明の重体となり、救急車で運ばれる。光の症状は重く、ぶつけた際に首を痛めたため、首から下を動かせない状態になってしまう。

2か月後、大吾は光のケガを自分の責任として抱え込み、ずっと立ち直れないでいた。そんな中、大吾の父親、茂野吾郎が野球のシーズンを終え、台湾から帰国する。吾郎は大吾のために佐藤寿也と連絡を取り、治療中の光と引き合わせる。2か月間の治療により、光は野球のボールを投げられるまでに快復していた。そんな光と会って元気を取り戻した大吾は、再び野球と向き合おうと決める。

それから2年後、大吾は私立風林学園中等部へと進学して、野球に打ち込んでいた。3年生が去り、新2年生となった大吾の所属する風林中野球部には、仁科明をはじめとした5人の新入生が見学に訪れた。しかし、新入生達は大吾ら先輩を見下し、好き勝手に振舞おうとする。そんな彼らに対し、大吾は5対5の変則試合を申し込む。

第11巻

風林中野球部の、上級生と新入生の対決が始まった。新入生側の投手、仁科明は、初回から自分の自信のあるボールをヒットされ、上級生達の実力を目の当たりにする。結果的に、実力主義を掲げていた新入生達は、上級生に実力の差を見せつけられ、横暴な振舞いを改める。そんな中、風林中野球部の監督となる予定だった人物が直前になって就任を拒否。これにより、明以外の新入生4人は入部を取りやめてしまう。しかし、風林中野球部はその後、かつて強豪チームでプレイしていた経験のある新入生、藤井千里、椛島アニータを迎え入れる事に成功し、どうにかチームの体勢を整える。それからしばらく経ち、2週間後に迫った大会を前に、新入生であるアニータは、どこか頼りないキャプテンの大吾に対して不満を持ち始める。一方で大吾はそんなアニータの態度を容認しつつ、キャプテンとしてチーム作りを進めるのだった。