『機動戦士ガンダム』を始めとした「宇宙世紀」を舞台とする作品で、『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』から3年後の宇宙世紀0096年となっている。物語は工業コロニー「インダストリアル7」にて始まる。財団法人「ビスト財団」の当主カーディアス・ビストが、ネオ・ジオン残党軍「袖付き」へ「ラプラスの箱」と呼ばれる重要機密を譲渡するという。ビスト財団は、開かれる時には連邦政府が滅びるとまで恐れられているその内容を盾に、巨大企業アナハイム・エレクトロニクス社の後ろ盾として、長年に渡って地球連邦政府から便宜を引き出してきたという。
その頃、かつてカーディアスの私生児として生まれながらもその記憶を消去され、普通の学生としての日常に違和感を抱きながらもインダストリアル7内にあるアナハイム工専へ通っていた少年バナージ・リンクスは、謎めいた少女オードリー・バーンとの運命的な出会いを果たし、彼女に強く惹かれる。この2人の出会いからラプラスの箱を巡っての物語が展開されていく。