とある魔術の禁書目録外伝 とある科学の超電磁砲

第1巻

超能力など頭脳の開発に力を入れ、さまざまな能力を持った多くの学生達が暮らす街、学園都市では、名門の私立常盤台中学校に通い、学園都市に七人しかいないレベル5の御坂美琴が、街の治安を守る「風紀委員」の白井黒子と共に、自身の能力「電撃使い(エレクトロマスター)」を用いてコインを超高速で打ち出すレールガンで悪漢を成敗していた。ある日、風紀委員と勘違いされた美琴は、子供の探し物に付き合う事になる。その中で因縁のある男子高校生の上条当麻と偶然出会う。上条は以前ナンパに遭っていた美琴を助けた事があるが、その時の諍（いさか）いによってレベル0であるはずの上条が、レベル5の美琴の能力を無効化したため、それ以降怒った美琴に因縁を付けられていたのだ。再戦を望む美琴に嫌々ながらも付き合う上条だったが、わざと負けた事を見抜かれ、さらに美琴の怒りを買ってケンカは激しさを増す。しかし美琴自身は、このケンカ友達のような関係を悪くないものだと感じていた。そんな中、学園都市では爆弾魔が街を脅かしていた。美琴は知り合った佐天涙子、初春飾利から、能力レベルを簡単に上げられる「幻想御手」の存在を聞く。その後、美琴は買い物中に爆弾事件に巻き込まれるが、偶然居合わせた上条に救われ、犯人である爆弾魔を捕まえる。後日、幻想御手に興味を持った美琴は出所を調べるべく、幻想御手を使用していると思われる不良達に声を掛けるが、そこへ美琴がナンパされていると勘違いした上条がまたも現れ、作戦は失敗。怒った美琴はいつものように上条とのじゃれ合いを始める。その頃、取り調べを受けていた爆弾魔は突如として意識を失っていた。

第2巻

御坂美琴は、大脳生理学の研究者である木山春生から、爆弾魔の意識が戻らず、原因もまったくの不明である事を聞く。その頃、幻想御手の情報を追っていた白井黒子と初春飾利は、幻想御手がインターネット上の裏サイトからダウンロードできる音楽ファイルである事を突き止め、木山に協力を求める。その一方で、偶然幻想御手を手に入れたレベル0である佐天涙子の前に、幻想御手でレベルアップした不良が現れて暴れ出す。駆けつけた黒子は、ビルを破壊するという大技で不良を撃破するが、圧倒的な力を持つ黒子の能力を目の当たりにした佐天は、高レベル能力者へのあこがれを強くし、幻想御手を使用してしまう。レベルが上がり喜ぶ佐天だったが、幻想御手の使用者が意識不明になってしまう事を知り、初春に助けを求める。佐天ら意識不明者を必ず助けると誓った初春は、改めて木山に助力を求めるが、木山のパソコンを見た事で幻想御手の開発者および配布者が木山である事を知り、拉致されてしまう。すべてを知った美琴と黒子は、黒幕であった木山を追う。だが幻想御手を応用し、意識不明となった者達の能力を使用できる「多重能力者(デュアルスキル)」となった木山に苦戦を強いられる。

第3巻

かつて自分を慕っていた子供達を、知らずにモルモットにしていた木山春生は、子供達を救うための実験として幻想御手事件を起こした。御坂美琴は木山のスキをついて戦闘不能に追い込むが、木山のデュアルスキルが暴走し独立、多重能力を持った胎児のような化け物が生まれてしまう。化け物を通して低レベル能力者の苦しみを知った美琴は、彼らを救うため、木山や風紀委員と協力し、レールガンで撃破する。その後、木山は逮捕されるが、今回の実験のアイディアは美琴から得たもので、美琴は自身と同じように限りない絶望的な運命の中にいると、不吉な言葉を残すのだった。事件後、目を覚ました幻想御手の被害者達は、それぞれ新たな目的を見つけ、前を向いて歩き出していた。事件にかかわったせいで罰則を受ける事になった美琴と白井黒子は、美琴にあこがれる湾内絹保、泡浮万彬と共に学校のプール掃除をする事になる。後日、初春飾利らと買い物に出た黒子は、初春との出会いを思い出していた。小学生にして風紀委員に入った黒子は、自分が一人前である事を証明するため躍起になっていた。その中で、銀行強盗に巻き込まれた初春を助けるために体を張る事で、自分の信念を再確認して初春の救出に成功し、銀行強盗を捕まえる。この事件を経て黒子は、初春という親友を得たのだった。

第4巻

ある日、御坂美琴は筋ジストロフィー症の人達を救うため、幼い頃に自身のDNAマップを提供した事を夢で思い出す。その頃、街中ではマネーカードがさまざまな場所にばら撒かれるという怪事件が起きていた。そして美琴は、事件を追う中でマネーカードをばら撒いていた布束砥信と出会い、美琴のクローンが存在するという話を聞く。布束の所属していた研究所に忍び込んだ美琴は、以前提供したDNAマップが悪用され、クローンによるレベル5量産実験計画「妹達」が行われていた事を突き止め愕然とする。だが、レベル2のクローンしか作れない欠陥を持った実験はすでに中止されている、という資料を見つけた美琴は安心しその場を去る。しかし、美琴が去った直後、そこに美琴と瓜二つの少女が現れる。研究所ではある実験の一環として、多くの妹達が惨殺されていた。後日、美琴は偶然妹達の一人と出会う。美琴は、自分と同じ容姿ながらも生まれたばかりで幼く、きまぐれな性格の妹達に振り回され戸惑いながらも、交流を通して本当の姉妹のような関係を築いていくのだった。その後、美琴は初春飾利の協力を得て、現在も妹達の量産が続けられている事、妹達を利用して前代未聞の「絶対能力(レベル6)」を作る実験が行われている事を知る。急いで妹達を探す美琴は、街はずれで男が妹達を殺害する瞬間を目撃する。

第5巻

妹達を殺した男は、あらゆるベクトルをあやつる学園都市最強のレベル5の一方通行であった。自身のレベルアップのために妹達を殺し続けている一方通行に攻撃を加える御坂美琴だったが、同じレベル5にも拘らず、いっさいのダメージを与えられずに完敗する。美琴は一方通行に見逃されるが、現れた布束砥信から、現在もレベル6への進化実験のために2万人もの妹達が殺されようとしている事、布束も実験グループに一人だったが、妹達を実験動物として見られなくなり、実験グループを抜けた事が語られる。実験を阻止するため、実験グループの施設を襲撃し始める美琴。襲撃者の存在を察知した実験グループは襲撃者を始末するため、学園都市の暗部組織に所属するレベル5の麦野沈利が率いる実行部隊「アイテム」を投入する。爆発物を巧みにあやつるフレンダ=セイヴェルンを退けつつも、自身と同じレベル5である麦野相手に苦戦する美琴だったが、熱くなりやすい麦野の性格や、放置されていたフレンダの仕掛けた罠を利用し撃退し、実験に関係すると思われるすべての施設の破壊に成功する。妹達を救えた事を喜ぶ美琴は、彼女にとって日常の象徴ともいえる少年の上条当麻を目にする。

第6巻

妹達も救い、上条当麻とのいつものじゃれ合いを楽しむ御坂美琴の前に、妹達の一人が現れた。実験計画が未だ進行している事を知った美琴は、実験の中核を担っている演算装置「樹形図の設計者(ツリーダイアグラム)」をハッキングし、実験内容の書き換えを試みる。しかしツリーダイアグラムは、正体不明の光熱原体によって既に破壊されており、そのため実験を止める術を失ってしまう。最後の手段として妹達の大元である美琴が、一方通行にあっけなく殺される事で、妹達の能力や実験の信憑性を疑わせ実験を止めようとする美琴の前に、すべての状況を知った上条が現れる。妹達だけでなく、美琴の事も救いたいという上条の言葉に錯乱し、攻撃を仕掛ける美琴だったが、上条は美琴との争いを拒んで能力を無効化せずに、あえて攻撃を受ける。レベル0の自分がレベル5の一方通行を倒す事で実験の根幹を揺るがし、妹達を必ず救うという上条の言葉を信じ、美琴は彼にすべてを託す事を決意。急ぎ実験場に駆けつけた上条は、瀕死の妹達(御坂妹)を見つけ、なおも痛めつけようとする一方通行に戦いを挑む。無敵とも思える一方通行の能力に翻弄される上条であったが、触れるだけで相手を殺害できる一方通行の身体能力が極めて低い事を看破する。命がけで肉弾戦に持ち込んだ上条は一方通行を圧倒し始めるが、不意を突いた一方通行の一撃で重傷を負ってしまう。上条を助けるために、美琴は倒れている御坂妹に助けを求める。

第7巻

御坂美琴と御坂妹に襲い掛かろうとする一方通行の前に、満身創痍の上条当麻が立ちふさがり、一方通行をついに撃破する。その後、美琴は戦いによりケガを負って入院している上条のもとを訪れる。実験の中止を伝える美琴に上条は、実験は間違いだらけであったが、妹達が生まれた事だけは誇るべきだと声を掛ける。御坂妹に贖罪しようとする美琴であったが、猫のように気まぐれな彼女の性格に脱力し、「姉妹」としてこれからも付き合っていく事を誓う。後日、お礼を伝えるため手作りのお菓子を持って改めて上条のもとに赴いた美琴は、自分を「ビリビリ」としか呼ばなかった上条が、初めて自分を名字で呼んだ事に対し、これまでにない感情を覚えるのだった。日常に戻った美琴は、転校生である婚后光子らと交友を深める一方、犬猿の仲であり、同じレベル5で洗脳能力「心理掌握(メンタルアウト)」をあやつる食蜂操祈からは、からかいのような挑発を受けていた。後日、学園都市では能力者達による大規模な運動会「大覇星祭」が開催され、学園都市の各所で能力を使用した競技が行われるようになる。競技には美琴も参加し、婚后と共に二人三脚に出場する。

第8巻

自分と間違われて競技に参加する妹達に困らされたり、上条当麻、食蜂操祈と諍いを起こしながらも大覇星祭を楽しむ御坂美琴であったが、妹達が姿を消した事で胸騒ぎを覚える。妹達が救急車で運ばれた事を知った美琴は、救急隊員に居場所を聞くが、なぜか彼らの記憶が曖昧になっている事で食蜂の洗脳能力を疑う。食蜂派閥の生徒に見張られながらも、白井黒子や初春飾利らに相談しようとする美琴だったが、彼女達も食蜂の能力によって美琴との思い出を失った状態であった。事情を知った婚后光子は、自身もすでに洗脳されている可能性を示唆しながらも美琴に協力を申し出る。美琴に代わって妹達の捜索する婚后の前に、同じく妹達を追う暗部組織の少年、馬場が現れる。情報を聞き出そうとする馬場と戦うが、ナノデバイスを使う馬場に敗北し、いたぶられる婚后。そこに湾内絹保、泡浮万彬が現れ婚后を助けるために戦いを始める。そんな中、逃げだした馬場は凝りもせずに湾内達に復讐しようと、巨大カマキリ型メカ「タイプ:マンティス」を起動していた。そこへ、婚后の負傷を知って怒りのままに監視を振り切ってきた美琴が現れる。美琴を妹達と勘違いし、捕獲しようとタイプ:マンティスで襲い掛かる馬場を、美琴はレールガンで一蹴するのだった。

第9巻

改竄された自身の記憶に疑いを持った佐天涙子の協力を得て、妹達を探す御坂美琴の前に、母親の御坂美鈴と初春飾利を人質にした警策看取が現れる。妹達の居場所を聞き出そうとする警策だったが、そこに白井黒子が現れたために撤退する。情報を手に入れ食蜂操祈を見つけた美琴は、妹達が新たな実験のために狙われており、黒幕が「絶対能力進化計画(レベル6シフト)」計画の発案者でもある木原幻生である事を告げる。食蜂が安全のために妹達を匿っている事を知り、二人は協力して木原を倒す事を決める。一方その頃、借り物競争に苦戦する上条当麻を助けていた佐天は、手掛かりを求めて足を運んだ工場で警策達に見つかってしまう。しかし、今回の指令に違和感を感じたショチトルが警策に反旗を翻し、佐天を救う。木原を追う食蜂は、「ドリー」と呼ばれる少女との出会いを思い出していた。生まれつきの病を持っているドリーと研究所の中で出会った食蜂は、純粋な彼女と友情を育んでいたが、ドリーの死によってドリーがクローン人間である事、自身の洗脳能力を誰でも使えるようにする装置「外装代脳」を完成させるために自分達が利用されていた事を知ったのだった。今回の事件も外装代脳を完成させるためのものだと考えた食蜂は、クローン人間である妹達を守るために行動していた。だが、木原の本当の狙いは美琴を利用する事であり、美琴の前に現れた木原に、美琴は洗脳されてしまう。その頃、借り物競争の件で佐天とのかかわりを持った上条は、今回の事件を佐天から聞き、美琴を救うため彼女のもとへと急いでいた。

第10巻

異形の姿となり、警策看取にあやつられて学園都市の中心を破壊しようとする御坂美琴の前に、上条当麻が現れる。レベル6にも届こうかという美琴の力に苦戦する上条だったが、そこへレベル5の削板軍覇が現れ、美琴を救うために助力を申し出る。その頃、美琴を完全にあやつるために必要な外装代脳のリミッター解除コードを持つ食蜂操祈は、コードを狙う木原幻生と対峙、白井黒子も警策との戦いを始めていた。罠にはめて木原を倒したかに思えた食蜂だったが、木原が使う多重能力によってコードが奪われてしまう。しかし奪われたコードは自滅を誘発する自壊コードであり、すべては自分自身にすら洗脳能力を使用した食蜂の作戦であった。遠隔操作で「液化人影(リキッドシャドウ)」をあやつる警策に苦戦を強いられていた黒子だったが、初春飾利と佐天涙子の協力によって警策の居場所を見つけて撃破に成功する。自壊コードによって暴走する美琴も、上条と軍覇の命がけの戦いによって無事救出される。ドリーの最初の友人であり、彼女を実験体として扱った学園都市への復讐を考えていた警策だったが、食蜂からドリーの記憶が移植された妹の存在を知らされ、彼女を救うため食蜂と行動を共にする事になる。記憶を保持したドリーと再会した食蜂達は、三人いっしょに遊びに行く事を約束する。その頃、大覇星祭の後夜祭では佐天の計らいによって、上条とフォークダンスを踊る美琴の姿があった。

第11巻

御坂美琴と佐天涙子は、学園都市で流行しているという、装着して寝るだけで、あらかじめ入力された任意の夢が見られるカード「インディアンポーカー」の噂を聞き、試す事になる。一方その頃、風紀委員である白井黒子、初春飾利は携帯電話の宝探しアプリを利用して事故の予知が行われている事、その予知が必ず起こる事を知る。そんな二人の前に予知能力を持つ小学生の美山写影が現れ、風紀委員の活動に協力を申し出る。協力の理由は黒子であり、予知は絶対のもので、予知を変えようとしても必ず同じような結果に辿りついてしまうが、11次元に干渉できる黒子のテレポート能力を利用すれば、未来を変えて予知を回避できるためであった。順調に予知を回避する黒子達だったが、能力を使用し続けると美山の体調が崩れてしまう事を知り、控えるように言う黒子だったが、頑なな美山は予知を続ける。彼が最初に見た予知は、親友の野良犬のペロが火事にあうシーンであり、それを回避するために黒子に協力を求めたのだった。ペロを救出した黒子は、火事の原因が、インディアンポーカーによって肥料化学技術を得た素人学生によるものだった事を知る。インディアンポーカーに傾倒する美琴は、偶然出会った絹旗最愛と共に、巨乳になる方法が入力されたインディアンポーカー「巨乳御手(バストアッパー)」を試す。しかし、睡眠中にカラスにカードを奪われ上手くいかず、代わりに夢には謎の少女が現れ、おかしな啓示を残していくのだった。

第12巻

佐天涙子とフレンダ=セイヴェルンは、ひょんな事から交友を深め、友人となった。後日、佐天は、とある研究所からの流出技術が入力されたインディアンポーカーを手にした事により、暗部組織「スクール」のメンバーの弓箭猟虎に命を狙われるが、偶然居合わせたフレンダに助けられる。佐天を守るため戦うフレンダだったが、狩猟能力に優れ、姿を見せない弓箭の攻撃に徐々に追い込まれていく。佐天の提案でターゲットの佐天自身を囮にした作戦を実行し、フレンダは身を隠していた弓箭を見つけて撃破する。スクールのメンバーの誉望万化の尽力で一命をとりとめた弓箭は、全力で戦ったフレンダに対して歪んだ友情を感じ、彼女との再戦を渇望するのであった。その頃、御坂美琴はインディアンポーカーの製作者が以前夢に出てきた少女の操歯涼子であり、彼女が「魂の生成」を研究するため体の一部をサイボーグ化し、残った肉体でもう一人の自分、ドッペルゲンガーをつくった事を食蜂操祈から聞く。研究対象が妹達に及ぶ事を恐れた美琴は、操歯の研究所に忍び込むが、自身が本物の操歯ではなく、作られた存在であると気づいたドッペルゲンガーは研究所を脱走していた。美琴と食蜂は操歯に会いに行き、ドッペルゲンガーに宿っている魂を安全に破壊する方法を思いつく人間が生まれる事を期待して、インディアンポーカーをばら撒いていた事を聞く。美琴達と別れた操歯のもとに、彼女の命を狙ったドッペルゲンガーが現れて彼女を襲う。しかし、そこにドッペルゲンガーの回収を依頼された暗部組織「屍喰部隊(スカベンジャー)」が現れ、ドッペルゲンガーと戦いを始める。逃げる操歯を追う屍喰部隊の一人、清ヶだったが、そこに美琴が現れ、一色触発となる。その頃、戦いを圧倒していたドッペルゲンガーは、ナルの攻撃を受け顔が破壊されるが、不敵な笑みを浮かべるのだった。

第13巻

操歯涼子に協力を約束する御坂美琴は、襲撃して来た清ヶを、圧倒的な力の差を見せつけて返り討ちにする。レベル5と争う事を恐れた暗部組織「屍喰部隊(スカベンジャー)」のリーダーは風紀委員を騙（かた）り、対ドッペルゲンガーの共同戦線を提案して、美琴と手を組む事になる。ドッペルゲンガーは「魂の憑依」を使って次々に周囲の物体を吸収し、巨大化していく。美琴も周囲の砂鉄や塵を集めて巨大な怪物のような塊をつくって対抗する。戦いは拮抗するが、そこに操歯が現れ、魂を安全に消す方法を見つけるために2か月という期間がほしい事、見つかった際にはドッペルゲンガーではなく、自分の魂を消す事を提案する。しかし信用する事ができないドッペルゲンガーは、操歯にこの場で命を絶つ事を求め、操歯は飛行船から身を投げるが、そこに屍喰部隊が駆けつけて操歯を救出する。激しい戦いの中で美琴は、本当はドッペルゲンガーに魂が宿っておらず、それに絶望して今回の騒動を起こした事を見抜く。ドッペルゲンガーの目的は、自殺できない自分の代わりに自分を殺し、研究データを破壊したうえで研究者である操歯を殺害する事であった。ドッペルゲンガーの願いを聞き、彼女を破壊する美琴の前で、操歯が研究仲間に銃で撃たれて重傷を負ってしまう。しかしドッペルゲンガーの提案によって操歯に臓器を移植し、一命を取り留める。その後、操歯の夢に中にはドッペルゲンガーが現れるようになり、手を取り合ってサイボーグ研究を行う事になるのだった。