とある魔術の禁書目録外伝 とある科学の一方通行

第1巻

病院の寝室で本を読んでいた一方通行のもとに、DAに追われていたエステル・ローゼンタールが逃げ込んで来る。しかしエステルは抵抗の末、DAの構成員・西雄に気絶させられて連れ去られてしまう。その騒ぎに無関心を貫いていた一方通行だったが、エステルが打ち止めの写真を持っていた事を知るや否やエステルを解放するように西雄に迫る。すると、西雄はプロトタイプを使って一方通行に応戦するが、プロトタイプは一方通行の能力によって破壊されてしまう。そして、西雄から解放されたエステルは一方通行に、打ち止めに危機が迫っている事を伝える。一方通行は、打ち止めに危機を及ぼそうと迫るDAを滅ぼす事を決意して、彼らのアジトに向かう。そこにはDAのメンバー菱形光比古があやつる窮奇がおり、一方通行と戦闘になる。一方通行は能力を発動して窮奇の破壊を目論むが、窮奇の使うレベル5級のサイコキネンシスによって苦戦を強いられる。

第2巻

エステル・ローゼンタールは人皮挟美を人として終わらせてやるべく、死霊術の能力を使って偽りの魂「禍斗」を侵入させ始める。挟美の死体を処理している死体安置所を、警備員を装ったDAの構成員が訪れ、エステル達を追っ払う。そんな中、一方通行は彼らがただの警備員でない事を見抜くと強引に死体安置所に押し入り、DAの構成員との戦闘になる。その最中、エステルによる挟美への処置が不完全だったため、彼女は偽りの魂「禍斗」を定着させたまま再び目を覚ます。そして「禍斗」は、DAの構成員が主人であるエステルに害を及ぼす敵と認識して、彼らに襲い掛かる。一方通行は「禍斗」と共にDAのメンバーを殺そうとするも、その途中で治療中だった傷が開いた事で倒れてしまう。その隙を突いてDAの構成員は死体安置所から逃げ出し、外にいたミサカ10046号を人質にする。一方、DAに資金援助をしていた亡本裏蔵はDAの行き過ぎた行動を問題視して、DAを潰すために暗部組織・屍食部隊を動かす事を決定する。

第3巻

警備員による激しい攻撃に晒されていたDAは、菱形光比古による命令を実行するため、大型兵器タランチュラを起動させる。そして、タランチュラはその破壊力を駆使して、警備員達を蹂躙し始めた。警備員の黄泉川愛穂はそんなDAの激しい猛攻を前にしても一歩も退かず、DAの鎮圧にあたっていた。しかし、タランチュラの攻撃によって死に絶えた仲間達を前にして、絶望感に襲われる。そこに亡本裏蔵の命令を受けた暗部組織・屍食部隊が戦場に姿を現す。彼女らは自らの能力を使ってタランチュラを停止させたあと、さらにその場にいた愛穂やミサカ10046号達を襲い始める。そんな中、ミサカ10046号を助けるためにエステル・ローゼンタールと「禍斗」が戦場に現れる。「禍斗」は屍食部隊達を敵と認めるや否や、彼女達との戦闘を開始する。しかし、屍食部隊は高い能力を駆使して「禍斗」との戦闘を有利に進めつつ、既に敵意を失っているDAのメンバーや愛穂達を嬉々として殺そうとするのだった。

第4巻

「禍斗」は屍食部隊を倒すために人皮挟美の身体能力を解放するが、ナルの能力を前に苦戦を強いられる。挟美の肉体が限界に達していると考えたエステル・ローゼンタールは、土精の力を利用して「禍斗」の防御力と攻撃力の底上げを行った。これにより「禍斗」はナルとの戦闘を有利に進める事に成功するが、ナルは能力を使って巨大な掘削機を作成。それにより「禍斗」の土の鎧を剝がそうと試み、「禍斗」は甚大なダメージを喰らってしまう。そこでエステルは戦うのは止めてほしいと屍食部隊に頼むも、彼女らは聞く耳を持たない。そんな中、一方通行が戦場に現れて、ナルの作った巨大な掘削機を一撃で破壊する。一方通行が強力な能力者だと理解したリーダーは、メンバーによるコンビネーション攻撃を繰り出すが、一方通行には傷一つつかなかった。そして、一方通行は清ヶ、ナル、薬丸の順番にその圧倒的な攻撃力で打ち倒す。そして最後に残ったリーダーは、あまりの恐怖に気絶してしまうのだった。

第5巻

ミサカ10046号を回収するために、菱形光比古が一方通行達の前に窮奇を送り出す。すると、一方通行は今度こそ逃がさないように風をあやつる事で窮奇の逃げ道を塞ぎつつ、窮奇を壊そうと試みる。すると、光比古の作成した棺桶のうち、饕餮、混沌までもが現れて、一方通行に襲い掛かる。さらに混沌は隙を突いてミサカ10046号を回収して逃げ去ってしまう。一方通行はミサカ10046号を取り返すために混沌を追おうとするが、その行く手を窮奇と饕餮に阻まれる。一方、一方通行に置いていかれたエステル・ローゼンタールと「禍斗」だったが、光比古を止めるために行動を起こし始める。エステルがナンバーズの悪霊を止めるための武器「舜帝の剣」を呼び出すための儀式を開始する中、エステルのもとに光比古からの通信が入る。そして、二人の会話の中でエステルがかつての友人・菱形蛭魅を歪んだ形で生き返らせてしまった責任を取るために、光比古達を止めようとしている事が発覚する。その頃、一方通行は混沌を破壊してミサカ10046号を助け出す事に成功していた。

第6巻

一方通行の前に、さらなる強化を施された窮奇と饕餮が現れ襲って来る。レベル5級の能力を使用する窮奇、饕餮を前にして苦戦を強いられる一方通行だったが、激しい戦闘の末に2体の破壊に成功。だが、その破壊に掛かった時間は菱形光比古にとって菱形蛭魅を強化するための時間稼ぎに過ぎなかった。その最中、エステル・ローゼンタールは光比古によって強化された蛭魅が目を覚ます前に舜帝の剣を使って、蛭魅から檮こつを引きはがそうとする。すると、蛭魅をかばおうとした光比古が、舜帝の剣により腹部を刺されて致命傷を負った。しかし、そのお陰で蛭魅は強化に成功して、巨大な化け物に成長していく。その成長に飲み込まれかけるエステルだったが、寸前で一方通行によって救出される。そんな中、蛭魅の中に侵入していた檮こつの正体が、イサク・ローゼンタールであった事が判明する。イサクは光比古が気絶した事でその正体を現し、自らの悲願を成就させようとさらなる自己進化を遂げていく。その事実に打ちのめされるエステルだったが、一方通行により発破を掛けられた事によりイサクを止める事を決意する。

第7巻

エステル・ローゼンタールはイサク・ローゼンタールを止めるためには、檮こつの符に舜帝の剣を突き刺せばいいと一方通行達に説明する。しかし、その符は自己進化を遂げた巨大な身体の中に隠れており、簡単には探せない。そんな中、菱形光比古が符のある巣の中まで、一方通行達を案内すると申し出る。一方、イサクは一方通行達が身体の中に侵入している事を察知し、周囲にいたDAの構成員達を取り込む事で自己進化のスピードを早める。しかし、そのせいでイサクは歪んだ正義感によって支配され始めた。その隙を突いて一方通行達は檮こつの符にたどり着き、舜帝の剣を符に突き刺す事に成功した。それによりイサクは自らが失敗した事を悟り、消滅。同時に菱形蛭魅も消滅し始める。光比古はそれを見届けたのち、息を引き取った。そして、エステル達は蛭魅の消滅に巻き込まれるが、一方通行がベクトル変換によって消滅のエネルギーを空中へと逃がす。しかし、そのせいで無理をした一方通行は、頭から血を流して倒れてしまう。その後、病院で目を覚ました一方通行の前にエステルが現れ、礼を言いつつ別れを告げる。

第8巻

一方通行の前に謎の少女・姫戯茉離が現れた。一方通行は茉離の心音を聞く事で、彼女の身体の中に異常がある事を発見する。その異常のせいで倒れた茉離は、冥土帰しに診察してもらう事になり、茉離の身体の中には心臓の代わりとして、歯車とぜんまいで作られた機械が機能している事が発覚する。さらにその機械の中には、能力を意図的に暴走させる薬物が含まれていた。この機械は茉離の神経系にまで複雑に絡みついていた事から、冥土帰しですら取り外す事ができない。そんな中、打ち止めといっしょにいた茉離がまたも倒れてしまう。茉離が緊急の手術をしているあいだに一方通行は、茉離の身体に関係している論文を漁る。しかし無理が祟った事により、一方通行は倒れてしまい、茉離は病院を去り、警備員のところへと身を寄せていた。そこで一方通行は黄泉川愛穂を通じて茉離と連絡を取ろうとするが、茉離は警備員が追っている事件の重要参考人であるために連絡が取れない状態になっていた。