カミヨミ

「カミヨミ」は、日本の古代から受け継がれてきた巫女の一族に属す能力者。先祖から伝承された降霊術と、それを自在にあやつるための強力な霊力を持っており、死者が生前に身につけていた遺品と自らの櫛（くし）を赤い糸で結びつけることで、遺品に宿る思念を読み取ったり、具現化することができる。また、死者の怨念から生じる悪霊や強力な霊力を持つ武具を赤い糸で括りつけて封印したり、その糸を鎖に変えて敵の動きを封じることもできる。ただし、あまりにも強力なものを封印する際には、自らの命を犠牲にしなければならない。なお、カミヨミの力を持つ男子が生まれても、継承者として認められることはない。明治時代には、正統な継承者である菊理とその兄である帝月の二人のカミヨミが存在していた。しかし、菊理が赤間関で発生した事件によって命を落としたため、現在では帝月ただ一人がその役割を担っている。

天馬が所属する日本陸軍零武隊は、天馬の母親である蘭が指揮する特別機関。主な任務は、国家に悪影響を及ぼす要素を排除することであり、その対象には怪異や呪具も含まれる。剣の達人である蘭をはじめ、毒物に対する高い耐性を持つ毒丸や、カラクリ仕掛けの強化鎧を装備し怪力を発揮する鉄男など、人智を超える力を持った隊員が揃っている。さらに、部隊は日本最古の神剣の一つである「日輪草薙ノ剣」や、一撃で村を焼き尽くす威力を誇る大砲「大霊砲」など、古代に作られたとされる超兵器を複数保有しており、その戦力は陸軍内でも群を抜いている。しかし、その特異性や強硬な手段、隊員たちの破天荒な性格が災いし、ほかの憲兵や権力の集中を嫌う活動家たちからは反感を買っている。警察組織とは対立しているものの、警視総監の八俣八雲が天馬を気に入っているため、蘭の要請を受けて協力させられることも少なくない。また、帝月や菊理に調査を依頼するなど、カミヨミとも協力関係を築いている。

「カミヨミ」の血を引く帝月と菊理の兄妹は、東京の有力者である近円寺水麿の邸宅で、警察や憲兵、政府関係者からの依頼を受けて霊的な事件の解決に尽力していた。ある日、菊理が日本陸軍零武隊の要請で邸宅を離れる準備をしている最中、帝月の前に江崎正一と名乗る青年が現れ、「村を襲う化け物を退治してほしい」という切実な願いを訴える。帝月はその依頼に興味を持ち、菊理になりすまして引き受け、従者の瑠璃男や将来の義弟となる親友の天馬と共に、山口県の赤間関へ向かう。赤間関では、恐ろしい連続変死事件が発生しており、帝月たちはその解決に乗り出す。しかし、事件の背後には日本最古の神剣の片割れ「月輪草薙ノ剣」が存在し、それが天馬に取り憑いてしまう。月輪草薙ノ剣に身体を蝕まれた天馬は、駆けつけた蘭に対し、「自我を失う前に自分を斬ってほしい」と懇願する。そこに菊理が現れ、自らの命と引き換えに月輪草薙ノ剣を封印し、その片割れである「日輪草薙ノ剣」を天馬の右腕に託す。妹を失い、唯一のカミヨミとなった帝月は、婚約者を失った悲しみを乗り越え日本陸軍零武隊に入隊した天馬や、変わらず忠義を尽くそうとする瑠璃男と共に、京都で発生した連続失踪事件や銀狼館の人狼事件など、数々の怪事件に挑みながら解決へと導いていく。