天空侵犯arrive

元の世界で実在しないはずの、宇宙へと伸びる軌道エレベーターを目にした人間たちが、「領域」と呼ばれる朽ち果てた高層ビルしかない街に召喚され、ビル同士をつなぐボロボロの吊り橋しか移動手段のない世界で、生き残りをかけて戦う。遊理たちのいる領域での戦いの顚末（てんまつ）が作品の根幹にあり、前作『天空侵犯』の世界設定がそのまま踏襲されている。

召喚編

松田千夜は学校の屋上で、存在しないはずの軌道エレベーターを目にして、突然「領域」と呼ばれる、ボロボロの高層ビルしかない街に召喚された。アニメやコミックでよくある「異世界入り」ではないかと期待する千夜だったが、その直後、仮面を付けた男から命を狙われ、必死に逃げ惑うこととなる。しかし千夜は逃げた先で、クラウドと呼ばれる黒いモヤが取り憑（つ）いたライフルを入手し、仮面の男を撃退することに成功する。そんな千夜の前に、千夜たちのいる領域でレジスタンス活動を続けている望月義斗と七海が現れ、この世界で殺戮（さつりく）を繰り返す天魔たちの情報を伝える。

クラウド喪失編

望月義斗たちの仲間となった松田千夜は、スナイパー仮面のクラウドの助けを得て有能な戦力となっていた。そんな中、偵察に出ていた速水志歌から、天魔によって千夜の通っている中学校の校舎ごと、大勢の生徒が千夜たちのいる領域に召喚されたことを聞かされる。そして千夜は、義斗たちと共に生徒たちの救出に向かうことを決意。しかしその準備を始めたとたん、スナイパー仮面のクラウドが突如として消失し、千夜は急激に自信を喪失してしまう。そんなある日、千夜たちの進路に全裸の少女、マユコが現れ、保護することになる。また、中学校の校内では千夜の片思いの相手である織部今日子が、千夜に対する人質として利用されようとしていた。

二つの領域編

松田千夜が十王との戦いを繰り広げる中、織部今日子は本城理火のクラウドの力を借りて自力で脱出を試みていた。しかし校舎内で運悪く天魔と鉢合わせし、本城遊理によって千夜たちのいる領域と遊理たちのいる領域の狭間（はざま）の空間へと導かれる。そこで今日子は、遊理から直接遊理たちのいる領域で過去に起こった戦いと、その顚末を伝えられた。さらに遊理たちの戦いの結末を認めることができなかった大聖によって、千夜たちのいる領域が利用されていることを知る。一方その頃、十王はスナイパー仮面のクラウドに異常なまでに闘争心を搔き立てられている、自らの存在に疑問を抱き始めていた。

遊理と天魔編

本城遊理が織部今日子に、大聖との因縁を話していたところ、千夜たちのいる領域と遊理たちのいる領域の狭間の空間に天魔が乗り込んで来る。遊理のレプリカとして大聖に作られた天魔は、遊理と同等の能力を持ち、オリジナルである遊理を超えるために遊理殺害を目的とした戦いを挑む。桁違いの機動力で動き回りながら攻撃を仕掛けてくる天魔に対し、限られた足場でしか動けない遊理は防戦一方となる。一方、十王を味方につけた松田千夜たちは、十王から大聖や天魔、そして十王たちの情報を聞き出していた。だがその最中、かつてスナイパー仮面たちが苦戦を強いられた大天使のレプリカ、大天使モデルが大聖に忠実な人形として現れる。

決戦編

千夜たちのいる領域の支配を目論んでいた大聖が、空を覆う雲から覗く巨大な目となって現れた。遊理たちのいる領域との完全融合が終了するまでの時間稼ぎを任された織部今日子や十王たちは、大天使モデルたちに苦戦を強いられていた。しかし今日子が生命の危機に瀕（ひん）する中、魂消失間際だったはずの松田千夜が立ち上がり、さらに本城遊理と和解した天魔も後援に現れる。大聖から挑まれた一騎打ちのために校舎へと向かった千夜を迎え撃つのは、大聖が会心の出来だと自負する、スナイパー仮面をモデルとしたレプリカだった。千夜が自分自身の魂の消滅を賭けた戦いに臨む中、吉田陸矢が次元の狭間に落とされていた望月義斗と川村未来を伴って、巫女仮面モデルとの戦いに参戦する。