ダーウィン事変

観察者

テロ組織「ALA（動物解放同盟）」が、ストラルド生物科学研究所を襲撃した際に保護されたメスのチンパンジー、エヴァは、1匹の子供を妊娠していた。なんとか命を取り留めたエヴァは、半分人間で半分チンパンジーである前代未聞の生物「ヒューマンジー」を出産する。世界初の新生物であるヒューマンジーの赤ん坊は「チャーリー」と名づけられ、アメリカ中西部のミズーリ州にある町、シュルーズヴィルに住むギルバート・スタイン博士と、敏腕弁護士のハンナ・スタインに引き取られて、二人の愛情を受けながら育つ。人間の養父母のもとで15歳にまで成長したチャーリーは、ハンナの勧めで地元の私立校であるシュルーズヴィル高校に通うことになる。人間と同様に言葉を話すものの外見がチンパンジーであるチャーリーは、学校内で奇異の目に晒（さら）され続け、偏見を持つ生徒たちから議論を持ちかけられることもあった。それでも大半の人間よりも冷静で知的なチャーリーは、つねに飄々（ひょうひょう）とした態度で過ごしていた。そんなある日、チャーリーは木から降りられなくなった猫を助けたのをきっかけに、頭脳明晰（めいせき）だが「陰キャ」と揶揄（やゆ）される少女、ルーシーと知り合う。周囲から偏見の目で見られ、時にはトラブルに巻き込まれているチャーリーのことを気にかけるルーシーとのあいだには次第に友情が芽生えていき、チャーリーは初めて学校生活を楽しく感じるようになる。だが、虐げられる動物たちの解放を求めてテロ活動を繰り返すALAが、テロ活動に協力させるためチャーリーを仲間に引き入れようと画策し、ギルバートやルーシーもその動きに巻き込まれてしまう。これらをきっかけに町の人々は、チャーリーとその家族に対する態度を変え、彼の周囲ではさまざまな思惑が交錯するようになる。それでも冷静さと自分の中にある信念と意志を見失わないチャーリーは、テロ・炎上・差別といった人間が抱えるさまざまな問題に、ルーシーたちと共に向き合っていく。

レッド・ピル

世界初の「ヒューマンジー」として生まれたチャーリーは、一人の男子生徒として高校に入学したばかりだが、ルーシーという一人の友人ができたことで、周囲から偏見の目を向けられながらも楽しい学校生活を送っていた。養父としてチャーリーを見守ってきたギルバート・スタインも、彼が平和な日常を送ってくれることを願っていたが、チャーリーは動物解放を掲げるテロ組織「ALA」に目を付けられ、ALAは彼を仲間にしてテロ活動に利用するため、周囲の人間から孤立させようと動き始める。人類はほかの生物よりも高い知性を持ち、文化活動ができると信じている者が多い中で、人間でもただのチンパンジーでもなく、人並み以上の思考力と身体能力を持つチャーリーは、知性を拠（よ）りどころにしてきた人類を超える可能性すら持っていた。そんなチャーリーに興味を抱く者もいれば、その知性と力に目を付ける者、さらには恐れたり危険視して排除しようと目論む者も現れ始める。一方、チャーリーにとって初めての人間の友人となったルーシーは、ギルバートとハンナ・スタインを通してチャーリーの抱える複雑な事情と過去を知る。ギルバートとハンナがチャーリーの人間らしい権利の獲得を目指していると知ったルーシーは、チャーリーにはまずふつうの学校生活を送らせる必要があると考える。まずは身近な女子生徒となじませようと試行錯誤するルーシーの奮闘もあって、今までは彼女以外の生徒と親しくなれなかったチャーリーも、少しずつ一部の生徒と話せるようになっていく。そんな中、チャーリーたちは以前知り合ったALAシンパの少年、ゲイルが、ALAの主張に賛同する活動を校内で始め、ほかの生徒たちとケンカになってしまう。ゲイルはチャーリーが動物側の代弁者として、そして動物と人間をつなぐ存在になって人々に声を届けることを期待していたが、自分をただの1匹の動物でしかないと考えるチャーリーには、その思いは届かなかった。自分の無力さを嘆くゲイルはその夜、彼が運営する「レッドピルチャンネル」の動画配信中に、謎の人物から意味深なコメントを受け取る。

青髭の城にて

テロ組織「ALA」にあこがれを抱くゲイルから何度もメールを受け取り、彼に目を付けて直接コンタクトを図った人物の正体は、ALAの指導者、マックスだった。ALAに賛同しながらも今までは穏便に活動していたゲイルと、犯罪や暴力を厭（いと）わない過激な思想を持つマックスたちの接触は、束（つか）の間の平和を楽しんでいたはずのチャーリーたちの生活を脅かす、最凶最悪の事件へとつながる。チャーリーを祭り上げるために苛烈さを増していくALAは、ゲイルの純粋な思いを利用し、周囲の人間からチャーリーを孤立させようと、彼らの通うシュルーズヴィル高校を襲撃したのだ。ギルバート・スタインやハンナ・スタインが、どんなにチャーリーのふつうの生活を望んでも世界はそれに応えず、人間と動物の問題に渦巻くさまざまな陰謀と願いの中心には、つねに彼がいた。多くの命が奪われた最悪な事件から1週間後、ようやく警察から解放されたチャーリーは学校には登校せず、自宅でギルバートやハンナ・スタインと共に過ごしていた。FBIや周辺住民などから一層注目を集めてしまうチャーリーを匿（かくま）うギルバートとハンナは、シュルーズヴィルの町民たちから厄介者扱いされてトラブルも増えていき、保安官補のフィリップからは別の町に引っ越すよう警告される。学校に来られなくなったチャーリーのことを心配するルーシーは、町民からの嫌がらせやALAの次の一手に立ち向かうべく、あきらめることなく勇敢な行動を見せる。一方、家の近くの森にすら出られなくなったチャーリーは、離れたままでもルーシーとの交流を深めていく中で、心境にある変化が現れていた。以前からALAを潰した方が早いと考えていたチャーリーのもとに、ルーシーを攫（さら）ったマックスからの呼び出しを受け、彼女を助けに向かう彼の思いと行動は、テロリストたちとの直接対決につながっていく。一方、ALAに囚われたルーシーは、以前から疑問を感じていたマックスの動向や言動を探りながら本当の目的を問おうとする中で、彼の恐ろしい野望を知る。チャーリーとルーシーを中心に激化していくALAやウィーガンにまつわる問題は、周囲の人々を巻き込みながら、世界に大きな変化をもたらそうとしていた。

無主別

チャーリーの孤立を目論むマックスたちの起こした事件を通して、チャーリーは大切な養父母のギルバート・スタインとハンナ・スタインが殺害され、犯人と疑われたチャーリーは帰る場所を失ってしまう。二人を殺害した本当の犯人がわからぬままに行方（ゆくえ）知れずとなったチャーリーには、一部の団体から懸賞金がかけられ、彼を捜し出すべく警察やFBI以外の人間も捜索を始めていた。チャーリーをテロに利用しようとするテロ組織「ALA」と、ヒューマンジーという存在を忌避する多くの者が入り乱れる中で大切なものを失ったチャーリーは、人間と動物の未来を揺るがす、新たな陰謀に巻き込まれていくこととなる。養父母を亡くしたことで、チャーリーの立場は以前よりもさらに不安定なものとなり、法的な立場はギルバートたちの「所有物」から「無主別」に変わり、ほぼ野生動物に近い扱いと化していた。ギルバートたちの葬儀後、行方知れずのままのチャーリーの今後について話し合うため、リナレスと対面したルーシーは、チャーリーの新たな里親を見つけて彼を預けると言う彼女に反発する。チャーリーのことを心配するルーシーは、研究所の近くにある森で彼と再会するが、彼女のあとをつけていたフィリップにも見つかってしまう。ルーシーは警察にチャーリーを連れていかれるのではないかと警戒するが、フィリップの口から出てきたのは意外な言葉だった。フィリップは最後にギルバートと話した時に聞いたある言葉を伝えたうえで、チャーリーを自分の家で引き取ると言い出す。予想外な提案に驚きながらも、チャーリーを連れていっしょにフィリップの自宅に向かうことになったルーシーは、なんとか検問を潜り抜けたあとに彼の妻、グレイスと対面。グレイスはすぐにルーシーとチャーリーを歓迎しなかよくなったが、後日にはさっそくマスコミがフィリップの家に押しかけ、彼は職場でチャーリーを引き取ったことについて尋問を受け、チャーリーの引き渡しを拒否したフィリップは無期限停職処分となる。そんな中、研究所で定期検査を受けたチャーリーの心と体には、少し前からある大きな変化が訪れていることが判明。一方、ルーシーを人質に取った事件のあとに行方をくらませていたマックスは、以前から匿っているある人物と対面していた。