神威事変

東京編(第1巻)

1931年、日本における人類と黒の軍勢の戦いは、佳境を迎えようとしていた。6年前の京都における勝利に沸き立った人類は、徐々に黒の軍勢の勢力圏を削っていき、かつての首都である東京にまで到達する。そして、雷電兵の総指揮官である大迫玄武により、ついに東京奪還作戦が発令される。故郷奪還に燃える日本人たちは、銃を手に果敢に立ち向かい、黒狐が続々と繰り出してくる小型級を打ち倒していく。かつて浅草で暮らしていたという中隊長の東条もまた、部下の西田と共に血路を拓くため奮闘する。しかし、無限とすら言える数の小型級を相手に疲弊していき、ついには身体の一部が欠損するほどの重傷を負ってしまう。絶体絶命と思われたその時、都築誠一郎が都築班のメンバーと共に駆けつけ、東条の窮地を救う。都築は、都築班と久我なお美にその場を任せて、白の神骸の白刃を駆りつつ、東京の地下深くに眠る龍骸をいぶり出すために、単身で東京駅へと特攻をかけ、女王の護衛を担っている黒狐と対峙する。都築を恩師と仰ぐ倉敷伊織も、彼をサポートするために全力で敵の中核を探ろうと観測の能力をフルに使い、女王の本体が地中に埋まっていることを突き止める。ほかの黒の神骸すら比べ物にならないほどの巨体と能力を誇る女王の姿に人類は戦慄するが、都築は戦意を漲（みなぎ）らせつつ、白刃が限界にまで高めた電力を地面に流し込み、ついに龍骸を地上におびき出すことに成功する。これを好機と見た第一雷電兵団のメンバーたちは、持てる戦力のすべてを投入し、龍骸と黒狐との最後の戦いに臨むのだった。

京都編(第1巻～第2巻)

1925年の京都。東京が黒の軍勢の手に落ちてから、2年の月日が流れていた。志願兵として京都を訪れた朝倉慶一郎は、街の中に突如出現した黒狐の襲撃に巻き込まれる。黒狐が放出した小型級によって街は蹂躙され、朝倉も重傷を負うが、現れた白の神骸によって窮地を救われる。しかし、白の神骸の白刃に乗っていた日向いつきも致命傷を負っており、最後の手段として自らを白刃に食わせて再起動させ、再生能力で朝倉を救うよう仕向けた。九死に一生を得た朝倉は白刃と同調を果たし、雷電兵の育成機関へと身を投じる。山城継道の率いる第一班に入った朝倉は、同期生となる加賀美ゆれや鋼田哲将と出会い、親睦を深めるが、日向に仲間意識を抱いていた都築誠一郎から一方的に敵愾心を向けられてしまう。そして、朝倉は自分の適性もわからぬまま、前途多難な日々を過ごすが、日向に対する思いをぶつけ合うことで、都築と徐々にお互いに歩み寄っていく。そして、訓練を重ねたある日、雷電兵を率いる大迫玄武から、旧最終防衛線奪還作戦が発令される。初の実戦へと赴いた朝倉は、予想以上に善戦できている自身に驚きつつ、援護に訪れたという大月班のメンバーたちと共闘する。しかしそこに、新型の黒の神骸である蝙蝠扇が現れ、数多の小型級が待ち受ける穴の中に誘い込まれてしまう。大月班のメンバーたちが次々に倒れ、第一班も危機に陥るが、朝倉が特異型として覚醒したことで難を逃れる。そして、未来を予知する能力を駆使し、都築と彼のあやつる白の神骸の蛇骨と連携して蝙蝠扇を打ち倒す。初めて黒の神骸を討ち果たした人類は旧最終防衛線の奪還に成功し、のちに控える東京奪還作戦への足掛かりを得るのだった。