BLACK MAGIC GHOST DRIVE

西暦2100年の東京。幼い頃の医療事故の影響で、電子回路に触るだけでアクセスできる特殊能力を得た女子高校生の結衣坂梓は、平穏な学園生活を送る傍らで、失踪した父親、結衣坂司を探していた。そんなある日、校内の図書館で父親の情報を求めて端末にアクセスしていた梓は、謎のテロリストが送り込んだロボットの襲撃を受ける。間一髪のところで梓をひそかに監視していた警視庁の特務警官、ワイズに救われ、一人逃がされた梓だったが、逃走中にM-66と呼ばれる、自律思考できるロボットによって追い詰められてしまう。逃げ場を失った梓は一計を案じ、冷却コイルの制御盤にアクセスし、液体窒素を浴びせてM-66の機能を停止に追い込むことに成功する。そこで梓は、自らが持つ特殊能力が「フルハーモニイ」と呼ばれており、謎のテロリストに狙われていることを知る。一連の騒動が収まり、再び平穏な学生生活を送ることになった梓のクラスに、館野マリアという少女が転校して来る。授業中、マリアが強化外骨格を装備したM-66であることに気づいた梓は、連絡を取ったワイズから、マリアの正体は警視庁がボディガードとして送り込んだ自律思考型アンドロイドで、先日倒したM-66のAIユニットを組み込んでいることを知らされる。ロボットとは到底思えないほど人間っぽく、甘えん坊な性格のマリアとなかよくなった梓は、マリアといっしょに失踪した司の手がかりを求め、廃港に隠されていた謎の研究所へと向かう。しかし、研究所周辺には先日戦ったテロリストの一団が待ち受けており、梓とマリアはまんまとトラップに引っ掛かり、大ピンチに陥ってしまう。マリアの活躍とワイズの救援で事なきを得た一行は、警視庁情報研究部のタマキの助力を得て研究所の調査を開始。近くの海底に設置され、厳重に守られたルータを捜査するため、梓とマリアは危険を承知で海中へと身を投じる。海底ルータにたどり着き、フルハーモニイによるアクセスに成功した梓とマリアは、病魔から逃れるため意識のみの存在となっていた海神財団の代表、カイザー＝ミラーに遭遇する。梓は、かつて司の研究を支援していたミラーから、司が今もどこかで生存していることを聞かされるのだった。その直後、テロリストによる海上からの激しい攻撃によって、海底ルータが破壊される危機へと陥る。梓を逃して一人残ったマリアは死を覚悟するが、そこで謎の傍観者に出会い、傍観者から「要」のもとに帰って使命を果たせという命令を受けたあとにフルハーモニイから覚醒、無事に帰還を果たす。命の危機を経て互いの絆を深めた梓とマリアは、テロリストの攻撃から身を守るため、半身をサイボーグ化した刑事の須藤の指導のもと、警視庁で射撃の特訓に励んでいた。しかし、突如としてテロリストの一団が警視庁への侵攻を開始。ミサイルまで投入した巧みな攻撃で鉄壁の防御を突破し、警視庁の内部へと侵入を果たしたM-66の一群を迎撃しようとする梓とマリアだったが、逆にテロリストの一員によるイブのハッキング能力で須藤の体が支配され、窮地に陥ってしまう。イブの支配に抵抗して自らを銃で撃ち、瀕死（ひんし）の重傷を負った須藤を見たマリアは、梓を守るために最後まで戦い抜くことを決意。その後、イブのフルハーモニイで複数のM-66を結合した怪物と死闘を繰り広げたマリアは、怪物と相打ちして力尽きる。一人残された梓は、現場に現れたイブと直接対峙（たいじ）するのだった。