BORUTO-ボルト- -TWO BLUE VORTEX-

前作『BORUTO-ボルト- -NARUTO NEXT GENERATIONS-』で、うずまきボルトとカワキは世界を滅ぼそうとする組織「殻」の企みを阻止し、大筒木ジゲンを倒すことに成功した。しかしカワキはすべての大筒木を滅しようと考えており、大筒木モモシキをその身に宿すボルトも殺そうと考えていた。だが、殻によって生み出された改造人間のエイダの持つ「全能」の力によって、ボルトとカワキの立場は入れ替わってしまう。カワキはこれを好機と考え、ボルトに7代目火影暗殺の濡れ衣(ぎぬ)を着せ、彼を罪人として裁こうとする。絶体絶命の危機に陥ったボルトだったが、うちはサスケの助けもあり、木ノ葉隠れの里の脱出に成功する。そして世界を巡り、事態を解決するための戦いに身を投じていく。

大筒木ジゲンは死してなおその野望は潰(つい)えておらず、改造人間の一人、コードにその遺志を託していた。コードは世界を滅ぼす「神樹」を欲していたが、それには神樹の苗木ともいえる「十尾」に大筒木一族の血肉を捧げる必要があった。コードはその身に大筒木を宿すうずまきボルトとカワキを十尾に食わせようと考えており、自らの持つ力で十尾を改造し、虎視眈々(たんたん)とそのチャンスをうかがっていたのである。そして3年後、コードは木ノ葉隠れの里を襲撃。コードの奇襲によって混乱に陥る木ノ葉隠れの里であったが、そこにうずまきボルトが3年ぶりに里に現れ、コードを打ち倒して木ノ葉隠れの里を窮地から救う。しかし立場が入れ替わったボルトは、木ノ葉隠れの里にとって敵であり、彼の前にかつての仲間たちが立ちふさがる。

うずまきボルトはコードを打ち倒し、その企みを阻止するが、十尾にはコードですら想像していなかった変化が訪れていた。それに気づいたボルトは、放っておけば手遅れになると感じ、コードをわざと逃がして追跡を開始する。その後、ボルトは十尾のねぐらにたどり着くが、すでにそこはもぬけの殻だった。そしてそこに現れたのが、自らを「進化した十尾」と名乗る集団で、コードによる改造によって分裂した十尾は、自我と知性、個性を手に入れていたのだ。彼らはコードの思惑すら超えて行動を開始し、世界に新たな混乱をもたらすこととなる。