SAKAMOTO DAYS

元・伝説の殺し屋

かつて坂本太郎という伝説の殺し屋がいた。すべての悪党から恐れられ、すべての殺し屋があこがれる最強の殺し屋だったが、ふつうの女性と恋に落ちて結婚。愛する娘も生まれ、妻との約束で5年前に殺し屋を引退していた。今ではすっかり太った冴えないオジサンとなり、東京のはずれで坂本商店という小さな店を営んでいる。ある日、坂本商店へ坂本の殺し屋時代の元部下であるシンが訪ねてくる。シンは人の心を読むことができるエスパーの殺し屋で、組織を抜けた坂本を殺す命令を受けていた。昔の面影がまったくないふくよかな体型の坂本に銃を向けるシンだったが、坂本の動きは昔のままでまったく歯が立たなかった。その後、坂本の家族から暖かく迎えられたシンは、坂本が愛する家族を守るために殺し屋を引退したことを知る。坂本の殺害に失敗したシンは、組織で危うい立場となって抹殺されそうになるが、坂本がその場に姿を現して組織を壊滅させるのだった。こうして坂本に命を救われたシンは、坂本商店で働くことになる。

遊園地バトル

坂本太郎とシンは、敵組織に両親を殺されて追われていた元マフィアの中国人少女・陸少糖を助け、それをきっかけに陸も坂本商店で働くことになる。ある日、坂本の殺し屋時代の同期である南雲が店に現れ、殺し屋協会が坂本に10億円の懸賞金を懸けたことを伝える。その後、懸賞金目当てに坂本の命を狙う殺し屋が襲ってくるようになり、坂本とシン、陸は坂本葵や坂本花にバレないよう、殺し屋を迎え撃つ日々を送ることになる。そんな中、坂本一家は遊園地へ遊びに行くことになるが、園内でも坂本と殺し屋たちとの戦いが続く。毒を扱う殺し屋のタツに苦戦しながらも、坂本とシンのコンビプレイでタツを撃退。だが、さらにすご腕の殺し屋コンビのボイルと帯黒が襲ってくる。シンは、酒に酔って酔拳を披露する陸の助けもあって帯黒を打ち倒し、坂本もボイルを打ち倒したものの、坂本に懸賞金が懸けられたことは妻の葵に知られてしまう。坂本は自分にかけられた懸賞金を取り消させるため、タツやボイルたちを雇った殺し屋会社「どんでん会(株)」へシンと共に向かう。しかしそこには南雲がおり、どんでん会のボスをはじめ、上層部は全員すでに殺害されていた。どんでん会のメンバーを殺したのは×（スラー）と呼ばれる謎の「殺し屋殺し」で、南雲はその男を調査していた。どんでん会は壊滅したものの、坂本に懸けられた懸賞金を取り下げられることはなかった。

サバゲー大会

相変わらず坂本商店には懸賞金目当ての刺客がやって来るが、坂本太郎とシンの相手ではなかった。だが、連日の戦闘で店は壊滅的に破壊されてしまう。そんな中、優勝賞金が100万円のサバゲー大会が地元の商店街で開催される。坂本とシンは店の修繕費にあてるため、サバゲー大会の出場を決める。そこへ坂本を狙っている殺し屋・眞霜平助が、ひょんなことから坂本たちのチームに加わる。坂本の正体が眞霜にバレないようにゲームを進めるシンたちだったが、陸少糖の言動で眞霜に坂本の正体が知られてしまう。すご腕のスナイパーである眞霜は、エアガンから本物の銃に持ち替え、その銃口を坂本に向けるが、坂本はそんな眞霜を無力化しつつ、サバゲー大会での優勝を決めるのだった。

LABOでの戦い

ある日、坂本商店で店番をしていた陸少糖が拉致される。陸をさらったのは、政府非公認の科学組織「地下科学研究施設(LABO)」。それはシンの所属していた組織で、陸のことをシンと間違えてさらったのだった。坂本太郎とシンは、陸を取り戻すため、LABOの隠された尾久旅科学博物館へと向かう。一方、LABOの地下に幽閉された陸は、同じく捕まっていたLABOの所長・朝倉と出会う。LABOは、6日前に突然現れた殺し屋・鹿島が率いる謎の殺し屋集団によって乗っ取られていた。LABOのB1に進んだ坂本とシンは、B1を取り仕切る幹部・マッド堀口を激戦の末、撃退する。