1999年、後にマクロスと呼ばれる異星人の巨大宇宙戦が地球に落下。
マクロスがもたらした未知のオーバーテクノロジーを巡り、地球統合戦争が勃発。世界大戦へと発展する。
それから8年後、長期にわたる戦乱の人員不足により、10代の少年たちまでもが戦場に駆り出されていた。
統合軍パイロットの工藤シンは反統合同盟軍の新型機に撃墜され、今なお近代文明と隔離された南海の孤島「マヤン島」に流れ着き、風の導き手である巫女のサラ・ノームと出会う。
その頃、落下した宇宙戦艦と同様の異常なエネルギー反応がマヤン島付近の海底から探知される。島に眠るプロトカルチャー(異星人)伝説の謎に迫るべく、科学者のアリエスはマヤン島に降り立ち調査を始めていた。
同時に統合軍VS反統合同盟のプロトカルチャー遺跡の争奪戦はますます激しくなり、平穏だったマヤン島が火の海と化す。
繰り返される戦いの憎しみと悲しみの連鎖により、ついに「鳥の人」が目覚め、地球浄化へと動き出す。圧倒的な破壊力を持つ「鳥の人」を前に、それぞれの欲と感情が交錯する中、人類はなす術もなく、戦いの果てに一体何を見るのか・・・…。
東京国際アニメフェア2004にて優秀作品賞OVA部門を受賞した作品でもある。