イティハーサの世界では我々の世界とは異なり、神々が目に見える形で登場する。1万2千年前の古の日本がファンタジックな設定で表現されており、真言告(まことのり)と呼ばれる目に見えぬ神々より授けられた自然を生かす力を、魔法のような感覚で使用する人々が生活している。しかし真言告の力は次第に失われつつあり、人間の本来持つ力が弱まるにつれ、外国の神たちが力を増してゆくのだ。2つの立場の異なる神のそれぞれの主張が戦いを生み、どのように在るのが人間にとって幸せなのかを浮き彫りにする、心の奥深くを抉る人間ドラマでもある。
今から1万2千年前、古の日本では自然と共生し見えない神々と調和した暮らしを営んでいたが、古より伝えられてきた真言告(まことのり)などの目に見えぬ神々より授けられた力を使うことの出来る部族は減少し、目に見えぬ神々への信仰、畏敬の念は次第に失われつつあった。青比古(あおひこ)は「目に見えぬ神々」を信奉する部族の中でも真言告を巧みに使いこなす使い手で、鷹野(たかや)は拾われ子であり青比古の弟子として修行中の身である。ある日、訓練中の青比古と鷹野は川に流された赤い布に包まれた小さな赤子を拾い、透祜(とおこ)と名づけ愛しみ育てる。先々代の巫女により、平和だった島国・日本に善神・亞神(あしん)、悪神・威神(いしん)という目に見える神々が外国(とつくに)から渡り来る事、それによりこれまで平和であった日本が混迷の時期を迎える事が予言されていた……。ある日、予言どおりに目に見えぬ神々を信奉する心優しい部族が威神の戎士たちの襲撃にあい全滅する。青比古、鷹野、透祜は村を離れていたため生き残るが、亞神の戎士たちと出会い、運命的に渦中に巻き込まれてゆく__。
島国である日本の民が信奉し続けて来た神が「目に見えぬ神々」であり、文字通り目に見える事のない存在であった。真言告(まことのり)や石に宿る力を生かすなど、自然を生かす様々な叡智を人々に授け、穏やかに和を以って尊く生きる事を道として来た。一方、外国(とつくに)からやって来る「目に見える神々」である亞神・威神は、通常の人間には到底及ばぬ霊力を持ち、亞神は善なる心を持ち、威神は悪なる心を持つ神々である。亞神は善を好み聖を欲し平和を望む神々、一方の威神は悪を好み魔を欲し破滅を望む神々である。相容れぬ存在が互いの存在を打ち消そうと争いが続いている。両陣営の力関係は拮抗してはいるが、元来の性質が異なる故に、躊躇なく悪行の限りを尽くす威神の前に善神・亞神の力とのバランスは時間を重ねる毎に威神側が優位になってゆく……。