大学入学を機に、オタクが集うサークル現視研に入会した笹原完士は、そこでオタク文化にどっぷり浸かった先輩陣をはじめとする、個性的な会員たちと出会う。やがて上級生へと進級した笹原は、同人イベント・コミック・フェスティバルへのサークル参加や、後輩の荻上千佳との恋などを通して成長していく。単行本は9巻で完結となっているが、笹原たちの卒業後、新部長の荻上をはじめとした次世代の物語が、続編『げんしけん 二代目』として描かれている。「二代目」の単行本は今作からナンバリングを引き継ぎ、10巻からとなっているが、「げんしけん 10巻 二代目の壱」など「二代目」としての巻数も併記されている。