天才高校生探偵の工藤新一が、毒薬「APTX4869」によって体が縮んでしまったため、小学生探偵の江戸川コナンとして活躍する。事件に遭遇した際は、子供の姿でなぞを解決しようとしても説得力に欠けるため、阿笠博士の道具を使って探偵・毛利小五郎を眠らせ、音声変換機を使って、小五郎の口から、事件の推理を論証することが多い。小学生というハンディキャップを設けたことで、秘密の小道具を使うという必然性が生まれており、これが他の探偵とは、一線を画した特徴になっている。大人の前では無垢な少年を演じているが、内心は極めて冷静な計算をしており、この両面が描かれている点も面白い。
かの名探偵、金田一耕助の孫、金田一一が主人公。祖父の血を受け継ぎ、彼自身も優れた知能と秀でた推理力を持っている。事件に巻き込まれると、その才能を遺憾なく発揮するが、自分を探偵だとは名乗って活動するようなことはない。「ジッチャンの名にかけて!」が口癖であり、祖父のことを誇りに思っていることが伺える。正義感は強いが、生真面目ではなく、AV鑑賞などをすることも……。普通の高校生と変わらない性格や心情の持ち主であるため、ドラマに感情移入しやすいというのがポイント。
本職は考古学者ながら、失業中であるため、ロイズ保険組合の調査員のアルバイトをしている平賀=キートン・太一。彼は飄々とした中年男性で、頼りなさげだが、実は元イギリスSAS(特殊空挺部隊)の教官であり、荒事の際には、スマートに相手を制圧する力がある昼行灯的な人物。このように有能な人物ながら、調査の行く先々で見つける考古学的な遺物や遺跡などに対しては、子供のように目を輝かせており、そのギャップが魅力となっている。
父親の[探偵業]を手伝いながら、自らも依頼を受けて調査をしている少女、真音(マーニー)。幼少期にメカニックという犯罪者にトラウマを植え付けられており、その正体に立ち向かっている。事件の[トリック]の解読よりも、人間関係の中で浮かび上がる心理を読み取るのを得意としている。依頼を受けるときは「マーニーにおまかせを」というのが決め台詞。
14歳の中学生・林二湖は、七色の声を使い分ける特技の持ち主。洞察力に優れており、声やその話し方から、その人物の心理状況や体格、年齢、性格などを言い当てられる。探偵的なことをしているが、それが仕事というわけではなく、将来の夢である[女スパイ]か[占い師]の訓練の一環。大人びた考え方があるが、まだ子供な部分も少なくないという、成長過程の少女の感性と魅力も見所のひとつ。
大財閥によって作られた幼等部~大学院まで存在する巨大学園「CLAMP学園」。その初等部学生会会長・妹之山残、書記・鷹村蘇芳、会計・伊集院玲の3人よって結成されたCLAMP学園探偵団の目的は、世の中のすべての『女性』を助けること。頭脳、財力、体力など持てるすべての力を駆使して事件を解決する3人の姿にうっとりしない女性はいないでしょう!