FAIRY TAIL

第1巻 

列車に乗ってハルジオンの町にやってきた炎の魔導士ナツ・ドラグニル（通称ナツ）と相棒の猫ハッピー。ナツは乗り物酔いが酷く、列車の中で倒れ込んでいる。ナツは自分に魔法を教え、育ててくれた炎の魔導士サラマンダーを探していた。魔導士の世界では炎の強力な魔法を使う人のことをサラマンダーと呼ぶ。このハルジオンの町にもいるという。ナツが探しているサラマンダーの名前はイグニール。この町にいるサラマンダーはもしかするとイグニール本人かもしれない。ナツはそんな淡い期待を胸にハルジオンへとやってきたのだった。ナツの他にもサラマンダーを探しているもう一人の魔導士がいた。彼女の名は星霊魔導士のルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）。ルーシィは炎の魔導士がいるという有名な魔導士ギルド・妖精の尻尾（フェアリーテイル）に入りたいと思っていた。そんな中、魅了（チャーム）の魔法を使い、多くの女性に囲まれて歩く一人の魔導士が現れた。その男は自ら炎の魔導士 火竜（サラマンダー）と名乗っていた。ナツはその男に「イグニール！」と叫び、近寄っていった。しかしその男はイグニールではなかった。ナツが探しているイグニールは本物の火竜（サラマンダー）であり人間ではない。人違いだとわかり落ち込むナツだった。ルーシィは公園で魔法専門誌の『週刊ソーサラー』を呼んでいる。そこにはフェアリーテイルが大暴れしている記事が書かれていた。その記事を読みながらギルドに入る夢を見ていると、町で魅了（チャーム）の魔法を使っていた男がやってきた。男はフェアリーテイルに入れてやると言いルーシィを誘い出す。

男が所有する船を訪れたルーシィ。そこであやうく男に睡眠薬を飲まされそうになる。なんとか回避できたが、男の仲間がルーシィを取り押さえ、奴隷として売り飛ばそうとしたのだ。ルーシィは星霊魔導士の武器である鍵を奪われ海に捨てられてしまう。危機的状況のルーシィを救ったのはナツだった。ナツこそがルーシィが探していた炎の魔道士、フェアリーテイルの一員だった。助かったルーシィはナツに誘われて念願だったフェアリーテイルに入ることができた。 

第2巻 

有名な魔導士ギルド・フェアリーテイルに入ることができた星霊魔導士のルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）は仕事に出かけていた。ギルドではオーダーブックに張り出された依頼を見て、自分の好きな仕事を請け負うことができる。ルーシィはナツ・ドラグニル（通称ナツ）と猫のハッピーと共にシロツメの町へやってきた。ここは20万J(ジュエル)の仕事依頼があった町だ。

金額だけを見て仕事内容を確認せずにやってきた3人は依頼主の屋敷へと入っていく。そこで詳しい話を聴いた。とある本を奪い破棄してほしいとの依頼だった。そして報酬は200万Jに値上がりしていたことを知ったルーシィたち。いったい200万Jの仕事の価値がある本とはどんな物なのだろうかと驚いた。ルーシィとナツ、ハッピーはその本があるというエバルー公爵邸へと到着する。公爵はメイドを募集していたため、ルーシィがメイドの格好で潜入を計画したが失敗に終わる。公爵はルーシィの右手に刻まれたフェアリーテイルの印を見ており、魔導士であることを知っていたのだ。潜入に失敗したナツとルーシィはハッピーの飛行能力で屋敷に強行突入した。侵入者を排除しようと襲いかかる屋敷のメイドたち。しかし、ナツはあっさりと倒し、屋敷にある書庫へと向かった。部屋一面に並べられている書籍の中からたった1冊を見つけるのは不可能だ。そう思っていた矢先、金色に輝いている本をナツが見つけた。それが目的の本だった。さっそくナツは破棄しようとするが、エバルー公爵が立ちはだかルーシィかし、ナツの強い攻撃力にエバルー公爵の力は全く通用しなかった。ナツたちは目的の本を持って依頼主の元へと向かい仕事は終了した。

仕事でしばらく遠征に出かけていたエルザ・スカーレット（通称エルザ）がギルドに帰ってきた。エルザはフェアリーテイル最強の魔導士と呼ばれている。そのエルザが1人では達成できない仕事があるとナツに同行を依頼してきた。エルザはナツと氷の造形魔導士であるグレイ・フルバスター（通称グレイ）を引き連れて闇ギルド討伐へと向かった。

第3巻 

闇ギルド討伐に向かったナツ・ドラグニル（通称ナツ）、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）、エルザ・スカーレット（通称エルザ）、グレイ・フルバスター（通称グレイ）の4人はマグノリア駅に来ていた。そこで今回の目的である闇ギルドの話を聞く。列車はオニバス駅に到着し、エルザたちは降りた。しかし、ナツの姿が無い。ナツは乗り物に乗ると激しく酔ってしまい動けなくなってしまうのだった。ナツだけが取り残された列車には闇ギルドの鉄の森（アイゼンヴォルト）が乗っていた。そしてアイゼンヴォルトは列車を強奪、乗客を下ろしてオシバナ駅へと向かったのだ。エルザたちはその後を追った。アイゼンヴォルトはララバイという死の魔法を使おうと企んでいた。ララバイは呪いの魔法で音を奏でる。その音を聞いた者全てを呪殺するという怖い魔法だ。さらに闇ギルドのリーダーであるエリゴールが現れ、ナツらフェアリーテイルと戦ったが、部下を残してどこかへ飛び去ってしまう。ララバイを使う本当の目的の場所は別のところにあった。ナツはハッピーの飛行能力でエリゴールを追いかけた。そしてなんとかララバイの発動前に追いつくことが出来たのだった。

風の魔法を操るエリゴールとナツの戦闘が始まる。最初は力づくで戦っていたナツだったが、風の鎧をまとったエリゴールに致命傷を与えることができない。エリゴールの攻撃に押されるナツだったが、怒りが徐々に魔力を増大させていく。そしてとうとう巨大な炎となったナツの魔力がエリゴールを打ち破った。 

第4巻 

ナツ・ドラグニル（通称ナツ）とエルザ・スカーレットが戦っている。それはフェアリーテイル最強の魔導士を決めるための戦いだった。ところが戦闘開始直後に魔法界の秩序を保つ機関・評議院の使者がやってきて戦闘を止めさせた。そしてエルザを逮捕したのだった。評議院には逆らえないフェアリーテイルの魔導士たちは黙って捕まるエルザを見ていルーシィかなかった。しかし実は、エルザの逮捕は単なる形式上のものだった。評議院には対外的に取締をしていると見せる必要がある。そのため逮捕はされるがすぐに帰ることができた。

フェアリーテイル最強と呼ばれる男は他にもいた。ミストガンと呼ばれる謎の男と、ラクサス・ドレアー（通称ラクサス）の2人。どちらもS級クラスの魔導士だ。なんとしても最強の座が欲しいナツは、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）を誘いS級クエストに行ってしまう。ナツとルーシィを連れ戻そうとやってきたグレイ・フルバスター（通称グレイ）も成り行きで同行することとなった。そこは呪われた島ガルナ島。島全体が呪いにかかれられており、住人は皆醜い悪魔の姿をしていた。呪いを解くためには月を破壊しなければならないという。ナツがどうやって月を破壊するのかを考えながら島を探索していると、古い神殿を見つけた。ナツとルーシィ、グレイの3人は神殿に入ってみたが、地面が崩れて地中深くに落下してしまう。そして、3人はとてつもなく恐ろしいものを見つけてしまう。そこにいたのはかつてある1人の魔導士が命をかけて封印した厄災の悪魔がだった。この悪魔の封印を解こうとする魔導士たち、それはかつてグレイと共に過ごした仲間だった。   

第5巻 

厄災の悪魔を蘇らせようとしたのは魔導士たちだった。先導しているのはグレイ・フルバスター（通称グレイ）のかつての仲間で同じ氷の造形魔導士

のリオンだったのだ。厄災の悪魔を封印するために死んだのは、グレイとリオンのかつての師匠だった。リオンは、目標だった師匠を超えるためには厄災の悪魔を蘇らせ、自らが倒すことだと考えていたのだ。リオンの秘密を知った住人とナツ・ドラグニル（通称ナツ）たちフェアリーテイルを消すべく、他の魔導士たちが襲いかかる。なんとか敵を倒したナツたちだったが、そこにエルザ・スカーレット（通称エルザ）が現れた。助けに来たのではなく、ものすごく怒っている。勝手に飛び出した3人を連れ戻しに来たのだった。グレイは島で起こっている問題を解決しなければとエルザに言うのだが、エルザは興味がないと突き放す。これは正式に依頼された仕事ではないからだった。しかし、グレイは自分自身の問題でもあると言って飛び出していってしまう。これでは話もできないと仕方なくエルザも敵のアジトへと向かうこととなった。

敵のアジトの前にはナツが来ていた。ナツは建物を壊しながらリオンの元へと向かう。そして炎の魔導士ナツと氷の造形魔導士リオンとの戦いが始まる。

グレイ、エルザ、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）はナツを追いかける。そこで急にグレイが師匠の話を始める。災厄の悪魔を倒すために命を落としたと語られていたが、まだ師匠は生きているとグレイは話すのだ。それはリオンでさえ知らない真実だった。リオンの元にたどり着いたグレイは、厄災の悪魔を封印した最強の魔法でリオンに立ち向かう。

 第6巻

 厄災の悪魔を封印している氷を溶かそうとする氷の造形魔導士リオン。それを止めようとするグレイ・フルバスター（通称グレイ）との戦いが始まる。グレイはリオンに亡くなったはずの師匠は生きているという真実を語るが、リオンはすでにそれを知っていた。そのうえで厄災の悪魔の封印を解くという。グレイとリオンの戦いは熾烈を極め、お互いに瀕死の状態となる。それでも厄災の悪魔の封印が解かれると信じるリオンだった。

一方、ナツ・ドラグニル（通称ナツ）はもう1人の魔導士を追いかけていた。その魔導士は不気味な容姿をしており、失われた魔法ロストマジックを使う謎の人物だ。壊れた建物をロストマジックで修復するなど得体の知れない魔導士だった。そのロストマジックは物体の時を操る魔法だ。人間には効かないが、物を変化させることができるというものだった。厄災の悪魔もこの魔法を知っていた。実はリオンも知らない策略が動いていたのだ。ナツはその魔導士を倒したが、厄災の悪魔が復活してしまう。しかし、封印が解けた瞬間、厄災の悪魔は崩れ落ちた。長い封印の中で息絶えていたのだった。

見事に仕事を完遂したナツたちはギルドへ帰ることとなルーシィかしギルドは変わり果てた姿になっていた。建物全体に鉄棒が打ち込まれボロボロになってしまっていたのだった。犯人は闇ギルドのファントムロード。そこに所属している鉄のドラゴンスレイヤー・黒鉄のガジルだった。ナツと同じドラゴンスレイヤーだ。鉄を操ることができる。ギルドだけではなく、フェアリーテイルの魔導士にも魔の手が迫る。そしてギルド間の抗争が始まるのだった。

 第7巻

 闇ギルド・ファントムロードにフェアリーテイルが所属するギルドは破壊された。さらに仲間まで傷つけられたギルドマスターのマカロフはファントムロードとの抗争を開始する。突然乗り込んできたフェアリーテイルの魔導士たちに驚くファントムロード。戦いは、ナツ・ドラグニル（通称ナツ）やエルザ・スカーレット（通称エルザ）など強力な魔法を使う魔導士を有するフェアリーテイルが優勢だった。マカロフは相手側のギルドマスターのジョゼを探しに向かった。ギルド最上階にいたジョゼを間髪入れずに攻撃するが効果が無い。思念体がいるだけだった。驚くマカロフの背後からファントムロードの魔導士、大空のアリアが攻撃を仕掛けてきた。大空のアリアの魔法は相手の魔力をゼロにするもの。マカロフがやられ一気に形勢は逆転する。勝ち目がないと悟ったエルザが全員に撤退命令を出した。その時、ドラゴンスレイヤー・黒鉄のガジルがルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）を捕まえたのかと仲間に確認していた。耳の良いナツはその言葉を聞き逃さなかった。ナツはルーシィを助けるためにファントムロードの魔導士を1人捕まえて居場所を聞き出す。

ファントムロードに捕まったルーシィは牢に幽閉されていた。眼の前にはギルドマスターのジョゼ。ジョゼはルーシィのことを「ハートフィリア財閥 令嬢ルーシィ様」と呼んだ。何故その事を知っているのかと驚くルーシィ。その理由は、ルーシィを誘拐するように依頼したのが、ルーシィの父親だったからだった。なんとか牢から逃げ出そうと試みるルーシィだったが、そこは空の牢獄と呼ばれる場所だった。牢は天高くそびえ立った塔に存在し、地上に降りるための道もない。しかしルーシィは迷うこと無く塔から飛び降りる。降下しながらも大声でナツの名前を呼ぶと、地上に激突する寸前、ナツがルーシィをキャッチして助け出すことに成功した。フェアリーテイルが襲撃されたのは自分のせいだと悔やむルーシィ。しかし、さらにファントムロードはルーシィを奪い返すべく総攻撃を仕掛けてくるのだった。

 第8巻

ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）を奪い返すべくフェアリーテイルに総攻撃を仕掛けてきたギルド幽鬼の支配者（通称ファントムロード）。ファントムロードはフェアリーテイルとの戦いに超魔導巨人ファントムMkⅡを投入する。雨とともにファントムロードの魔術師ジュビア・ロクサー（通称ジュビア）がグレイ・フルバスター（通称グレイ）の前に立ちはだかった。ジュビアは水を操る魔導士だ。水を凍らせることができるグレイはジュビアを撃退した。次々とファントムロードの魔導士を倒していくフェアリーテイル。追い詰められたファントムロードは最後の刺客、ガジル・レッドフォックス（通称ガジル）を投じてとうとうルーシィを捕まえた。目的を果たしたファントムロードのマスター・ジョゼは最後の戦いへと向かった。

ナツ・ドラグニル（通称ナツ）はルーシィを助けるためガジルの元へと急ぐ。ガジルは鉄のドラゴンスレイヤー。ナツと同じく鼻がよく効く魔導士だ。ナツはガジルと戦闘を開始するも押されてしまう。全身を鋼鉄で覆われたガジルに物理的な攻撃は通用しなかった。余裕をみせるガジルだったが、ナツの炎の魔法によって小さなダメージを受けた。そして本気の戦いが始まる。

一方フェアリーテイルのギルドは、ファントムロードによって破壊され始めていた。彼らは攻城兵器によって建物そのものを壊していく。やがてフェアリーテイルは崩れ落ちた。ナツは大ダメージを受けながらもガジルに立ち向かい撃破する。ファントムロードとフェアリーテイルは戦い続け、互いに崩れゆくなか、最後に残ったのはファントムロードのマスター・ジョゼと、対するはエルザ・スカーレット（通称エルザ）だった。マスター・ジョゼの力は強大で魔力の差でエルザは押されてしまう。そこにフェアリーテイルのマスター・マカロフがギルドを守るために現れた。

 第９巻

フェアリーテイルをギルドごと潰そうと攻撃を仕掛けてきたギルド幽鬼の支配者（通称ファントムロード）。しかし、フェアリーテイルの魔導士ナツ・ドラグニル（通称ナツ）やグレイ・フルバスター（通称グレイ）の活躍によってファントムロードに残るのはマスター・ジョゼのみとなった。エルザ・スカーレット（通称エルザ）が戦っていたが、マスター・ジョゼの魔力の前には歯が立たない。そこにフェアリーテイルのマスター・マカロフが駆けつけた。マカロフはギルドを破壊されたことよりも、仲間を傷つけられたことに怒りを覚えていた。そしてとうとうマカロフが使うことの出来る最強魔法フェアリーロウを発動させる。味方以外、全ての敵に大ダメージを与えて戦いは終わった。

フェアリーテイルとファントムロードの戦いが終わった。ギルド再建を目指すフェアリーテイルは魔法評議院の軍隊に拘束され、事件に関する取り調べ後に裁判となった。なんとかギルドの解散は免れ、これまで通り活動することを許される。

ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）は実家に戻ることにした。ファントムロードが襲ってきたのはルーシィの父親が原因だったからだ。これ以上父親がギルドに迷惑をかけるのは嫌だ。そのためルーシィは自ら父親にフェアリーテイルに手を出さないで欲しいと宣言するのだった。

やがて破壊されたギルドは再建され、仕事の受注も再開した。フェアリーテイルのマスター・マカロフはこれからのギルドをどうしていくか悩んでいた。引退して新しい世代へと受け継ぐべきか。しかしナツやエルザたちが仕事で行った町を半壊させてしまったという報告を受け、まだまだ引退はできないと結論付けた。

 第10巻

リゾート地に遊びに来たナツ・ドラグニル（通称ナツ）、エルザ・スカーレット（通称エルザ）、グレイ・フルバスター（通称グレイ）、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）。海で存分に遊び、宿泊は高級ホテルと、普段とは違う雰囲気を楽しんでいた。さらに4人はホテルに併設されているカジノへと足を運んだ。カジノでエルザが遊んでいたカードのディーラーはショウと呼ぶ男で、昔エルザの仲間だった。驚くエルザだったが、感動の再会とはいかなかった。ショウはエルザを敵として狙っていたからだ。他にもエルザを追ってくる魔導士がいた。彼らはエルザに対して敵意を剥き出しにしていた。それでも戦わないエルザは敵の放った睡眠弾で眠らされ、楽園の塔へと連れ去られてしまう。楽園の塔には彼らのリーダーでもあるジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）がいた。

楽園の塔はRシステムとして建設されていたもので、黒魔術を信仰する教団が所有していた。Rシステムは死者を蘇らせる事ができる禁忌の魔法だった。その危険性から7つのRシステムは評議会が差し押さえていルーシィかし8つ目のRシステムが残っており、それをジェラールが完成させていたのだ。ジェラールはそれで誰かを生き返らせようとしているのだ。牢獄から脱出したエルザは、かつて仲間だったジェラールを倒すべく楽園の塔を登った。

ナツたちはエルザを救うべく楽園の塔へと潜入、元幽鬼の支配者（通称ファントムロード）の魔導士ジュビア・ロクサー（通称ジュビア）も同行し、敵本拠地で大暴れを始めたのだった。 

第11巻

Rシステムを発動させようとしていたジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）。ジェラールと共に楽園の塔を建設していた魔導師たちは、エルザ・スカーレット（通称エルザ）の言葉にジェラールの企みを知ることとなる。一方、ナツ・ドラグニル（通称ナツ）は敵本拠地へと入り込み、敵の魔導師ミリアーナ、ウォーリーと戦っていた。ミリアーナの魔法によって苦戦するもナツはなんとか撃退する。その様子を見ていたジェラールは新たな刺客を送り込むのだった。

ジェラールは楽園ゲームを開始すると告げる。ジェラールはエルザを生贄にRシステムを完成させるという。ジェラールが送り込んだのは3人の戦士だった。それは暗殺ギルド髑髏会（どくろかい）の特別遊撃部隊。この3人と戦うのはナツ、エルザ、グレイ・フルバスター（通称グレイ）、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）、そして行動を共にしているジュビア・ロクサー（通称ジュビア）。さらにジェラールの手先として戦っていたが、エルザと出会い改心したショウとシモン。三人の刺客とそれを迎え撃つ七人の戦いが始まった。

ナツと戦うのはフクロウの姿をした正義戦士 梟（フクロウ）。背中のジェットエンジンで素早い攻撃をしかけてくる。そのパワーとスピードで押されたナツは苦戦したが、撃退する。ジェラールは戦いの様子を見て楽しんでいた。ルーシィとジュビアが対峙するのはエレキギターを持つ魔導士ヴィダルダス・タカ。長い髪の毛をムチのように操り攻撃してくる。そしてヴィダルダス・タカは魔法をかけてジュビアを操る。ルーシィに襲いかかるジュビア。ルーシィはジュビアの水を利用して精霊を呼び出し、敵もろとも水に流してしまう。敵を撃退することができたルーシィとジュビアはジェラールの元へと向かった。そしてエルザは髑髏会（どくろかい）最強の魔導士である斑鳩と戦うこととなった。

 第12巻

ジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）が送り込んだ三人の刺客は全て倒された。エルザ・スカーレット（通称エルザ）はジェラールがいる場所へとたどり着く。戦いが始まるが、エルザの力はジェラールを凌いでいた。エルザは全てを知っていた。Rシステムが未完成であったこと、システムの発動には27億イデアという莫大な魔力が必要であること。戦いは終わったかに見えた。

ジェラールの目的であるRシステムの発動をなんとしてでも止めたい評議会は、全てを光に変えてしまうほどの強力な魔導兵器エーテリオンを発動。ジェラールとRシステムに対して攻撃する。とてつもない爆発とともに楽園の塔は崩壊した。

エルザとジェラールは生きていた。エーテリオンから放たれた膨大な魔力は楽園の塔の外壁だけを破壊した。中から現れたのは巨大な水晶。エーテリオンの魔力を全て吸収し、Rシステムの発動に必要な魔力を獲得したのだ。そこに現れたのは評議会でエーテリオン発動を主導していたジークレインだった。評議会に存在したジークレインはジェラールが作り出した思念体だった。評議会から消えたジークレイン。全ての目的を果たしたジークレインはエルザを生贄にしようと捕縛して水晶の中に取り込ませようとした。しかし、エルザが水晶に取り込まれる寸前、ナツ・ドラグニル（通称ナツ）が助け出した。ナツはジークレインに対して戦いを挑む。ジークレインはナツに対して、Rシステムを破壊するほどの攻撃を放つ。圧倒的な魔力に太刀打ちできないナツだったがRシステムが壊れるのを嫌ったジークレインを見逃さなかった。水晶を破壊しながら戦い、やがてジークレインはRシステムの発動を諦める。全てを破壊する魔法を打ち込もうとするが、ナツの渾身の一撃によってジークレインを打ち破った。それでも膨大な魔力を取り込んだRシステムが暴走、周囲に甚大な被害が出る恐れがある。暴走を止めるためにエルザは自分の身を犠牲にするのであった。

 第13巻

ジークレインとの戦いで傷ついたナツ・ドラグニル（通称ナツ）は体力を使い果たし眠っていた。Rシステムに蓄えられたエーテリオンを取り込んでしまったためだ。エーテリオンは通常の魔力とは異なり、魔導士にとっては毒のようなもの。その毒が中和されるまで時間がかかっているようだった。ナツたちと共に戦った元幽鬼の支配者（通称ファントムロード）のジュビア・ロクサー（通称ジュビア）はフェアリーテイルへ入るためマスター・マカロフの元へ向かう。

破壊されたフェアリーテイルのギルドは今まで以上に立派になっていた。進化したギルドを見て、ナツやエルザ・スカーレット（通称エルザ）は一言「大きい」とつぶやく。新しいギルドにはグッズを売る売店やプール、地下には遊技場と多くの施設が追加された。さらに、2階へは誰でも行けるようになっていた。これまではS級魔導士でなければギルドの2階へ上がることを許さなかったが、新しいギルドではその規則が撤廃されたのだ。

マスター・マカロフがやってきて新しいギルドメンバーを紹介した。それは元ファントムロードのジュビア。ギルドに入ることを許されたジュビアは正式にフェアリーテイルとして活動することになった。そしてもう一人、新メンバーがいた。それはジュビアと同じ元ファントムロードのガジル・レッドフォックス（通称ガジル）だった。ところが、ガジルのギルド加入に反対しているフェアリーテイルの魔導師ラクサス・ドレアー（通称ラクサス）が、ギルドを乗っ取るべく反乱を起こし始めた。 

 第14巻 

ギルド最強の魔導士を決めるバトルロイヤルゲーム『バトル・オブ・フェアリーテイル』がラクサス・ドレアー（通称ラクサス）と彼の親衛隊である雷神衆（らいじんしゅう）の4名によって始まった。雷神衆はラクサスをリーダーとして結成されたフェアリーテイルの中のグループである。メンバーはエバーグリーン（通称エバ）、ビックスロー、フリード・ジャスティーン（通称フリード）。いずれもラクサスを心から慕うメンバーだ。バトル開始直後、エバの魔法によってエルザ・スカーレット（通称エルザ）が石像化されてしまった。さらにフリードの術式により、ギルド室内から出られなくなったナツ・ドラグニル（通称ナツ）。フェアリーテイルの中でも強い二人が参加できず圧倒的に不利な状況で戦いが始まった。

雷神衆は下っ端のギルドメンバーでは全く歯が立たないほど強い。次々にメンバーが倒されていく中、エバの魔法で石像化されていたエルザが復活した。彼女の右目は義眼だ。そのため魔法の力を半減させていたのだ。そしてエルザは雷神衆の一人エバを倒し状況が一変する。エバの敗北に怒り狂うラクサス。エバの魔法で石像化していた仲間たちは全て開放されて元の姿に戻ることができた。ラクサスは奥の手を発動させる。街の人を人質とする神鳴殿（かみなりでん）を起動したのだ。神鳴殿とは球場の物体があたり一面に浮遊し、その球体に与えた攻撃が自分に返ってくる生体リンク魔法であった。

ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）と、ルーシィが使役する精霊で獅子宮のレオ（通称ロキ）は雷神衆のビックスローと対峙する。そしてミラジェーン・ストラウス（通称ミラ）は雷神衆のフリード・ジャスティーン（通称フリード）と戦っていた。残りの雷神衆は二人となり、戦いはさらに激化していく。

第15巻 

フェアリーテイルの魔導士ラクサス・ドレアー（通称ラクサス）が始めた仲間同士の戦い、『バトル・オブ・フェアリーテイル』。雷神衆の3名が倒され、残るはラクサスのみとなった。街にあるカルディア大聖堂ではラクサスと、フェアリーテイル最強魔導士の1人ミストガンの戦いが始まっていた。ミストガンはラクサスが認める魔導士であり、フェアリーテイルの中でも最強と呼ぶ声も多い。そんな二人の戦いは初めから力のぶつかり合いとなる。ミストガンはラクサスに対して幻覚魔法をかけるも効かなかった。ラクサスはミストガンの魔法を打ち破ったのだと油断していた。ミストガンはすでに本物の魔法陣を完成させてラクサスに攻撃をしかけルーシィかし、その魔法すら見破っていたラクサスはカウンター魔法を発動する。お互いに一歩も引かない激しい戦闘の中ナツ・ドラグニル（通称ナツ）とエルザ・スカーレット（通称エルザ）が二人の戦っている協会に到着した。エルザの姿を見て一瞬隙きを見せたミストガンはラクサスの攻撃を受けてしまった。普段は顔を隠しているミストガンだったが、ラクサスの魔法で布が破れて顔が見えてしまった。その顔はかつてエルザの仲間だったジェラールだったのだ。エルザに顔を見られたミストガンはその場から消えてしまう。

エルザは戦いを終わらせるための作戦を思いついた。その作戦とは、ラクサスの作り出した神鳴殿を全て同時に破壊することだ。ナツがラクサスと戦い時間を稼ぐ。エルザは神鳴殿を破壊すべく行動を開始した。しかし神鳴殿の数はとうてい一人で破壊できる数ではなかった。その状況を知ったフェアリーテイルのメンバーが団結し、それまで倒れていたメンバーも一丸となって神鳴殿を同時に攻撃、全ての破壊に成功した。

一方、ナツはラクサスの圧倒的な強さに押されていた。ナツを助けに来たガジル・レッドフォックス（通称ガジル）と共闘する。渾身の力で攻撃するラクサスの雷魔法をガジルが避雷針となり受け止め、ナツの滅竜奥義がラクサスに炸裂した。 

第16巻 

ラクサス・ドレアー（通称ラクサス）はギルドの魔導士たちを無理やり戦わせた『バトル・オブ・フェアリーテイル』の実行者として責任をとり、マスター・マカロフよりフェアリーテイルからの破門を言い渡される。ラクサスは何も言わずにそれを受け入れた。そしてラクサスはギルドを去っていった。

闇ギルド最大勢力バラム同盟の一角である六魔将軍（オラシオンセイス）が不穏な動きを見せている。六魔将軍（オラシオンセイス）は水面下で古代兵器を復活させようと活動していたのだ。危険な闇ギルドに対して、評議会定例会は四つの正規ギルドで連合軍を結成し六魔将軍（オラシオンセイス）討伐することを決定した。

連合軍は青い天馬（ブルーペガサス）よりヒビキ・レイティス（通称ヒビキ）、イヴ・ティルム（通称イヴ）、レン・アカツキ（通称レン）、一夜＝ヴァンダレイ＝寿（通称一夜）の4人。蛇姫の鱗（ラミアスケイル）よりリオン・バスティア（通称リオン）、シェリー・ブレンディ（通称シェリー）、ジェラ・ネェキス（通称ジェラ）の3人。化猫の宿（ケットシェルター）よりウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）、シャルル。そしてフェアリーテイルのナツ・ドラグニル（通称ナツ）、ハッピー、ルーシィ、エルザ・スカーレット（通称エルザ）、グレイ・フルバスター（通称グレイ）である。

六魔将軍（オラシオンセイス）はニルヴァーナという古代人によって封印された古代兵器を手に入れるため樹海に集結しているという。連合軍は六魔将軍（オラシオンセイス）の幹部たちが活動拠点に集まるように仕掛け、青い天馬の魔導爆撃艇クリスティーナで拠点もろとも爆撃する作戦を開始した。

 第17巻 

六魔将軍（オラシオンセイス）と戦いの中、ウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）とハッピーが六魔将軍の魔導士ブレインに連れ去られてしまう。ブレインの目的は、ジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）という人物に回復魔法を使わせることだった。彼は古代魔法ニルヴァーナの場所を知っているという。ウェンディにはジェラールに助けられた過去がある。そのためジェラールは敵だと分かりながらも治癒魔法を使って助けてしまう。そこにナツ・ドラグニル（通称ナツ）とシャルルがウェンディを助けに来ルーシィかし、ナツは復活したジェラールの攻撃を受けてしまうのだった。そしてジェラールは姿を消してしまった。

ジェラールの攻撃を受けてダメージを負ったナツだったが、救出したウェンディと共にエルザの元へと急ぐ。六魔将軍（オラシオンセイス）のコブラとの戦いで毒を受けてしまったエルザ・スカーレットを治癒するためには、ウェンディの魔法が必要だったからだ。一方、グレイ・フルバスター（通称グレイ）は六魔将軍（オラシオンセイス）の1人であるレーサーと衝突する。蛇姫の鱗のリオン・バスティア（通称リオン）とシェリー・ブレンディ（通称シェリー）も加わり戦いは激しさを増した。

ウェンディがエルザへ毒の治癒魔法を施し終えた頃、ジェラールはニルヴァーナの封印を解いてしまっていた。ニルヴァーナとは光と闇を意図的にコントロールできる恐ろしい古代兵器であった。ニルヴァーナの元へ向かうナツとエルザ。ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）もあとを追うが、その途中六魔将軍（オラシオンセイス）の一人エンジェルと戦闘となる。

 第18巻 

青い天馬（ブルーペガサス）のヒビキ・レイティス（通称ヒビキ）とルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）が連携し、六魔将軍（オラシオンセイス）の1人であるエンジェルを倒した。エルザ・スカーレット（通称エルザ）はニルヴァーナの封印を解いたジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）の所へ到着する。

しかし、ジェラールはエルザという名前しか覚えておらず記憶喪失になっていた。それでもニルヴァーナの封印を解いたのは、危険な古代兵器を使えないよう消滅させるという僅かな記憶があったからだった。ジェラールは自律崩壊魔法陣を発動してニルヴァーナを破壊しようとすルーシィかし、駆けつけた六魔将軍（オラシオンセイス）の司令塔ブレインによって魔法陣は簡単に解除された。そしてニルヴァーナは完全に蘇る。それは巨大な足を六本持つ奇妙な姿をした古代都市だった。地上を歩き始めるニルヴァーナ。それを破壊するべく立ち向かうナツ・ドラグニル（通称ナツ）、グレイ・フルバスター（通称グレイ）、ルーシィ、そしてエルザ。古代都市の中心で六魔将軍（オラシオンセイス）のブレインとコブラが立ちはだかっていた。毒ヘビを操るブレインの前に、ナツの攻撃はなかなか当たらない。コブラは聴覚が異常に優れており、どんな小さな音でも聞くことができた。ナツたちの攻撃をコブラは先読みして回避していたのだが、無心に突進してくるナツの攻撃が当たり始める。コブラの異常なまでに研ぎ澄まされた聴覚を逆利用し、ナツは雄叫びによってコブラを撃退した。

ニルヴァーナは移動を続け、第一の目的地であるギルド化猫の宿（キャットシェルター）へ向かって進んで行った。そのギルドはウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）とシャルルの所属ギルドでもある。なぜそこが目的地になっているのかは誰にもわからなかった。

第19巻 

エルザ・スカーレット（通称エルザ）は六魔将軍（オラシオンセイス）の1人であるミッドナイトと戦闘していた。彼の魔法は屈折（リフレクター）と言って、全ての物を捻じ曲げることができる。さらに光を屈折させたり魔法を跳ね返すこともできるという。エルザは強力な魔法を使う相手に苦戦するも、二つの弱点を見出した。それは曲げられるものに制限があること、同時に複数のものを屈折させられないということだ。この弱点をついてエルザはミッドナイトと互角以上の戦いをみせた。

ニルヴァーナが第1の目的地として向かう化猫の宿（キャットシェルター）はその昔、ニルヴァーナを作ったニルビット族の末裔が集まったギルドだった。六魔将軍（オラシオンセイス）はニルヴァーナを封印する術を知る化猫の宿（キャットシェルター）を滅ぼし、その力で世界を混沌へ陥れることが最終的な目的であった。

ミッドナイトの弱点を見破り勝利したエルザ。六魔将軍（オラシオンセイス）の魔導士が全滅したことにより、六魔将軍ギルドマスターゼロが蘇った。その圧倒的な力にナツ・ドラグニル（通称ナツ）やグレイ・フルバスター（通称グレイ）は手も足も出ず吹き飛ばされてしまう。

ニルヴァーナにより化猫の宿（キャットシェルター）が攻撃されようとしていた。町もろとも吹き飛んでしまう、誰もがそう覚悟した時、ニルヴァーナの足に攻撃が当たりバランスが崩れた。上空から現れたのは青い天馬（ブルーペガサス）の魔導爆撃艇クリスティーナだった。

クリスティーナに乗船していたヒビキはニルヴァーナを止める方法を突き止めていた。それはニルヴァーナの足にある六個の魔水晶を同時に壊すことだった。20分後にセットされたタイマーを目印に、ヒビキは最後の力をふりしぼって魔水晶のもとへ向かう。ナツ・ドラグニル（通称ナツ）が向かった先ではマスターゼロが待ち構えていた。力の差は圧倒的で、ナツはマスターゼロの攻撃に押されている。そこにジェラールが現れ、ナツへ金色の炎を与えるのだった。

 第20巻 

古代兵器ニルヴァーナを巡る正義の魔導士連合軍と六魔将軍（オラシオンセイス）の戦いも決着の時を迎えた。金色の炎で六魔将軍（オラシオンセイス）を司るマスターゼロを見事に打ち破ったナツ・ドラグニル（通称ナツ）。

ナツはマスターゼロを倒し、ニルヴァーナを動かしている六個の魔水晶を破壊することにも成功、無事に六魔将軍の企みを防ぐことができた。ところが、一件落着と思った矢先に新生評議員の部隊によってジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）が連行されてしまう。評議院を破壊し、様々な悪行をしていたことが原因だという。ジェラールはニルヴァーナを破壊するきっかけを与え、エルザとの記憶も取り戻していた。ナツはジェラールも仲間だと叫んで大暴れし、なんとか奪い返そうとした。しかし、エルザがそれを遮り連行することを認めた。こうして六魔将軍（オラシオンセイス）との戦いは終わった。

ウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）とシャルルはフェアリーテイルに加入することになった。ギルドにも馴染んできた頃、ウェンディとシャルルの前にフェアリーテイルの魔導士ミストガンが現れた。ミストガンはマグノリアの街がもうすく消滅すると告げる。急いでギルドへ戻るウェンディだったが、到着した瞬間、ギルド全体が上空に生まれた渦に飲み込まれてしまった。気がつくとウェンディとナツは不思議な空間に残されていた。他の仲間の姿はなく、猫のハッピーとシャルルがやってくる。二人と二匹だけが取り残された不思議な空間に戸惑うも、シャルルが浮かない顔をして話し始めた。シャルルとハッピーはエドラスという別世界から来たと告げるのだった。エドラスでは魔力が失われ始めていた。そして魔力枯渇を防ぐ為、エドラスではアースランド（こちら側の世界）の魔力を吸収する超亜空間魔法アニマを６年前から展開していたのだ。しかし、何者かがアニマを閉じて回っていた。今回のアニマは巨大で誰にも防ぐすべはなく、ギルドが建物ごと吸収されてしまったのだった。

ウェンディとナツは吸い込まれてしまったギルドのみんなを助けるためハッピー、シャルルと共にエドラスに向け飛び立った。

 第21巻

 フェアリーテイルを救うため、もうひとつの世界エドラスへやってきたナツ・ドラグニル（通称ナツ）、ウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）、そして猫のハッピーとシャルル。二人と二匹はフェアリーテイルのギルドを見つけて建物に入っていく。しかし、そこは別世界のフェアリーテイルで皆の性格が真逆になっていた。さらに、そこにはアースランド（こちら側の世界）では既に亡くなっているリサーナ・ストラウス（通称リサーナ）の姿があった。喜ぶナツだったが、突然、別世界のフェアリーテイルは国王軍に襲われてしまう。国王軍にはエルザ・ナイトウォーカー（エドラスのエルザ）がいて、フェアリーテイルの敵となっていた。エドラスではフェアリーテイルの存在は闇ギルドということになっているのだ。しかし、闇ギルドフェアリーテイルは奪われる直前に転送魔法が発動し、移動させて回避することができた。魔法が失われつつあるエドラスでは、魔導士ギルドが廃止され、残っているのは闇ギルドであるフェアリーテイルだけだった。

ナツ達はアースランドの仲間を助けるため王都を目指していた。途中ルーシィ・アシュレイ（エドラスの通称ルーシィ）に助けられた。エドラスでは魔法を使えないナツ達のためにルーシィが闇市で魔法を購入し、なんとか少しだけ魔法が使えるようになった。途中ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）が国王軍に襲われている場面に遭遇する。ルーシィはアニマにフェアリーテイルが吸収される直前、精霊ホロロギウムに一時的にかくまわれて助かったのだ。そこにミストガンが現れ事情を聞かされた後エドラスへ飛ばされたのだった。

王国軍の話によるとアースランドの皆は巨大魔水晶の中にいて、2日後には魔力の抽出が始まるらしい。急ぎ王都へナツ・ドラギオン（エドラスのナツ）の魔導四輪で連れてきてもらったナツ達。魔水晶にされたみんなを助けるため、城への潜入を試みるが、その途中、王国軍に捕まってしまう。エドラスのエルザに殺されそうになったルーシィを助けたハッピーとシャルルーシィかし、空中には空を飛ぶ大量のエクシード（猫の姿をした異世界の住人）が現れ、地上は王国軍の大群が押し寄せるのだった。 

第22巻 

空中をエクシード（猫の姿をした異世界の住人）に、地上は王国軍にと追い込まれてしまったルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）。エドラス王は天使全滅作戦コードETDを発動した。ETDとは巨大魔水晶にされたフェアリーテイルのギルドとエクシード達の島エクスタリアを激突させ、エクシードの魔力を人間が奪う作戦だ。それにはナツ・ドラグニル（通称ナツ）とウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）から抽出した滅竜魔法を使うのだった。

王国軍と共に戦っていたエクシードたちは魔水晶に変えられてしまった。混乱に紛れて脱出したルーシィだったが、エルザ・ナイトウォーカーに見つかり攻撃を受ける。トドメを刺されそうになった直前、駆けつけたエルザ・スカーレット（通称エルザ）とグレイ・フルバスター（通称グレイ）に助けられた。二人はガジル・レッドフォックス（通称ガジル）の滅竜魔法で助けられ、ミストガンよりエドラスでも魔法が使えるようになる薬を受け取っていた。

エルザはエドラスのエルザと対決することとなる。その間にナツ、ルーシィ、グレイはウェンディを助けるために動き出した。

一方、魔水晶にかえられたフェアリーテイルの元へ到着したガジルは国王軍のエクシードであるパンサー・リリーと戦闘になっていた。

国王とその側近は、島同士をぶつけてエクシードを滅ぼすために必要な竜鎖砲の鍵を持ち出したココの行方を追っていた。ココは逃げる途中、ルーシィとナツに助けられるも、鍵が国王軍シュガーボーイに奪われてしまう。

ナツ達と別行動をとっていたウェンディとシャルルはエクシード達の島エクスタリアに上陸した。島の皆にエクシードの近衛師団が魔水晶にされてしまったと告げたが、信じてもらえず出て行けと石を投げられる。

グレイは追いかけていたシュガーボーイを撃破。戦いの中で鍵はこわれてしまったが、グレイは氷の造形魔法で鍵をコピーした。この鍵があれば、竜鎖砲を島ではなく直接魔水晶にぶつけてフェアリーテイルの皆を助けることができるという。

 第23巻 

巨大魔水晶にされたフェアリーテイルの浮遊島とエクシード達（猫の姿をした異世界の住人）の島エクスタリアが衝突しようとしている。ナツ・ドラグニル（通称ナツ）達は全力で衝突を止めようとするが全く止まる気配がない。エクシード達の島エクスタリアにいたウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）達の前に女王シャゴットが現れる。彼女は自分が神でも女王でもなく、皆と同じただのエクシードであると話す。その昔エクシード達は人間に迫害されていた。そこで、島の者たちは自分を守るため、予知能力が使えルーシィャゴットを神として君臨させ、エドラスの人々やエクシード達にも信じさせたのだった。

エクスタリア島と共に滅びようとするエクシード達だったが、シャルルの言葉で立ち上がり島の衝突を止めようとナツ達に加わる。

島同士が衝突しようとするその瞬間、ミストガンが巨大水晶を魔法でアースランドへ返すことに成功した。ところが、全て終わったと思われたその時、エドラス王と王国軍が現れる。エドラス王は魔法攻撃を無効化させるドロマ・アニムというドラゴン型の甲冑で、再び巨大魔水晶を造ろうと目論んでいた。滅竜魔導士であるナツ、ウェンディ、ガジル・レッドフォックス（通称ガジル）の３人はドロマ・アニムと激しい戦闘となる。

一方エルザ・スカーレット（通称エルザ）、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）、グレイ・フルバスター（通称グレイ）はエクシード達を守る為、王国軍に立ち向かう。王国軍の圧倒的な人数に次第に押され追い詰められていったが、窮地を迎えた時、エドラスのフェアリーテイルが助けに来た。エルザ同士の戦いも決着を迎え、ナツ達も魔力が尽きかけながらもエドラス王ドロマ・アニムに勝利した。

エドラスの王子だというミストガンは、アニマ（時空間）を逆展開させ、争いの元となるエドラスの魔力をアースランドへ流しエドラスから魔力を消滅させた。

魔力のなくなったエドラス国民は世界の終わりだとパニックに陥った。

ミストガンはパンサーリリー（通称リリー）に、混乱したエドラスの群衆をまとめるためには悪役と英雄が必要だと話す。そして、エドラス王に反旗を翻し魔力を奪った自分を悪役として処刑するよう命じた。その話に反抗するリリーの元へ、大魔王が街で暴れていると知らせが入る。急いで二人が現場に向かうと、ミストガン達の話を聞いたナツ達が悪役となろうと、魔力を奪った大魔王となって街で大暴れているのだった。

 第24巻 

ミストガンはエドラスから全ての魔力を消し去った。体内に魔力を持つエクシードやアースランドのフェアリーテイルも元の世界（アースランド）へ帰ってきた。エクシード達とも和解し、新たな仲間パンサーリリー（通称リリー）がガジル・レッドフォックス（通称ガジル）の相棒としてフェアリーテイルのギルドに加入する。そしてそこには２年前亡くなったと思われたリサーナ・ストラウス（通称リサーナ）の姿もあった。リサーナは２年前アニマに吸い込まれ、その間エドラスで過ごしていたのだった。今回の騒動で無事アースランドへ帰って来た。その喜びでフェアリーテイルはお祭り騒ぎとなった。

年に一度のS級魔導士昇格試験がフェアリーテイルの聖地天狼島で行われることとなった。合格者はたった1名という難関だ。参加者はマスターマカロフに選ばれた1名。彼らは1名のパートナーとともに試験に参加する。

参加者はナツ・ドラグニル（通称ナツ）と猫のハッピー。グレイ・フルバスター（通称グレイ）と星霊獅子宮のレオ（通称ロキ）。ジュビア・ロクサー（通称ジュビア）とリサーナ。エルフマン・ストラウス（通称エルフマン）とエバーグリーン（通称エバ）。カナ・アルベローナ（通称カナ）とルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）。フリード・ジャスティーン（通称フリード）とビックスロー。レビィ・マクガーデン（通称レビィ）とガジル。メスト・グライダー（通称メスト）とウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）。それぞれペアを組んだパートナー同士だ。いよいよ一次試験が始まろうとしていた。現役のS級魔導士エルザ・スカーレット（通称エルザ）、ミラジェーン・ストラウス（通称ミラ）、ギルダーツ・クライブ（通称ギルダーツ）の人のいずれかと戦うルートを通ることになっている。他にも試験参加者同士で戦うルートは2つ。最後に誰とも戦わないルートが1つ。これを突破できれば一次試験は合格となる。武力と運が試される試験だった。カナ、ルーシィペアはフリード、ビックスローペアとの戦いになる。以前行われたバトルオブフェアリーテイルでカナとルーシィに負い目があったフリード、ビックスローは彼女達に敗北した。カナは一次試験を突破する。別ルートのナツはS級魔導士のギルダーツと戦うことになった。

 第25巻 

S級魔導士昇格試験ではペア5組が一次試験を突破した。二次試験の内容は制限時間6時間以内に初代ギルドマスターメイビスの墓を探し出すこと。しかし立ちはだかるモンスターに行く手を阻まれ捜索は難航する。 ナツ・ドラグニル（通称ナツ）達は森の中で一人の魔導士と出会う。そして命を奪う魔法を使うその魔導士の攻撃を受けた。なんとか無事だったが、ナツがいつも巻いているマフラーが黒く変色してしまう。

試験の途中、レビィ・マクガーデン（通称レビィ）とガジル・レッドフォックス（通称ガジル）は闇ギルド悪魔の心臓（グリモアハート）と遭遇する。悪魔の心臓（グリモアハート）の全部隊が攻めてくると知ったレビィは皆に知らせに走り、ガジルは戦闘となる。なんとかエルザ・スカーレット（通称エルザ）とジュビア・ロクサー（通称ジュビア）に合流したレビィ。3人がガジルの元へ到着すると、悪魔の心臓（グリモアハート）の本隊、煉獄の七眷属が島に向かっているという情報が入ってきた。エルザは信号弾を上げ、敵が現れたこと島にいるフェアリーテイルのメンバーに知らせた。

信号弾の意味がわからないメスト・グライダー（通称メスト）とウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）の元へシャルルとパンサーリリー（通称リリー）がやってくる。二人はメストはフェアリーテイルのメンバーではないのではないかと疑って問い詰めた。するとやはりメストは評議員からのスパイだとわかった。フェアリーテイルを潰すネタをつかむ為、人の記憶を操作する魔法でギルドに潜り込んでいたのだ。

そこに悪魔の心臓（グリモアハート）、煉獄の七眷属の一人アズマが現れ、メストの本隊である評議員強行検束部隊の戦闘艦を爆破してしまうのだった。 

第26巻 

フェアリーテイルの聖地天狼島ではS級魔導士昇格試験が行われていた。その間に闇ギルド悪魔の心臓（グリモアハート）が天狼島へ進軍していた。

フェアリーテイルを守るため、フェアリーテイルのマスター・マカロフが敵の本体と対峙する。敵方には、フェアリーテイルの二代目マスターだったプレヒトが、悪魔の心臓（グリモアハート）マスター・ハデスとなって現れた。かつての仲間とマスター・マカロフは激しい戦闘となるが、マカロフはブレヒトの魔法で体を撃ち抜かれてしまう。

一方、島の内陸部では、フェアリーテイルのギルドメンバーが悪魔の心臓（グリモアハート）煉獄の七眷属と戦闘を開始していた。

ナツ・ドラグニル（通称ナツ）は七眷属の一人である滅神魔導士のザンクロウと激しい炎同士の戦闘となった。竜の炎と神の炎がぶつかる。ナツの放った竜神の煌炎はザンクロウに勝利した。ナツはかけつけたウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）の治癒魔法を受ける。

ミラジェーン・ストラウス（通称ミラ）とリサーナ・ストラウス（通称リサーナ）は七眷属の一人アズマと戦っていたが、リサーナを人質にとられ爆発魔法をしかけられてしまう。魔力があと僅かだったミラは最後の力を振り絞りサタンソウルで戦う。しかしアズマを倒すには至らず、リサーナを庇い爆破に巻き込まれてしまった。

エルフマン・ストラウス（通称エルフマン）とエバーグリーン（通称エバ）は七眷属の一人ラスティローズに苦戦していた。悪魔の心臓（グリモアハート）の目的は伝説の黒魔導士ゼレフを手に入れ、魔法を持たぬものは生きられない混沌と闇が支配する大魔法世界をつくることであった。

そんな中、七眷属の一人ウルティア・ミルコビッチ（通称ウルティア）は黒魔導士ゼレフと接触し、彼を手中に収めていた。

第27巻 

評議員は、天狼島で続いているフェアリーテイル、悪魔の心臓（グリモアハート）、黒魔導士ゼレフ三つ巴の戦いを注視していた。ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）の星霊・獅子宮のレオ（通称ロキ）は七眷属の一人で、同じく星霊のカプリコと決闘している。戦っていると、カプリコには人間が融合していることが分かった。その人間の名はゾルディオ。戦いの中でゾルディオはロキに乗り移る。カブリコの体を捨ててロキの体を手に入れたゾルディだったが、カブリコがロキを攻撃、融合したゾルディオの引き剥がしに成功した。するとゾルディオは人間の姿に戻った瞬間消滅した。

カプリコの本当の姿はルーシィの母レイラの星霊・魔羯宮のカプリコーンであった。カプリコーンはルーシィの星霊として仲間になった。

カナ・アルベローナ（通称カナ）はS級魔導士昇格試験の二次試験課題メイビスの墓の場所をルーシィから聞き出しそこへと向かう。カナに眠らされたルーシィは七眷属の1人である華院＝ヒカルと戦闘になる。星霊を次々に倒されピンチになるルーシィの元へ、別の七眷属の一人ウルティア・ミルコビッチ（通称ウルティア）と戦っていたナツ・ドラグニル（通称ナツ）がやってきた。ウルティアは黒魔導士ゼレフを連れ出し、華院＝ヒカルがルーシィとナツの足止めをする。華院＝ヒカルの魔法丑の刻参りで操られたルーシィだったが、その力を逆に利用し華院＝ヒカルを撃破した。

一方エルザ・スカーレット（通称エルザ）とジュビア・ロクサー（通称ジュビア）は七眷属の一人メルディと交戦。グレイを殺そうと目論むメルディにジュビアが本気で挑む。ジュビアはグレイと感覚連結魔法をかけられ痛みを共有する状態にされてしまう。さらにメルディも感覚連結に加わりメルディかジュビアのどちらかが死んでもグレイが死ぬ状況にされてしまう。グレイを殺したいメルディは自分で死のうとすルーシィかし、ジュビアは感覚連結魔法を利用しメルディを愛の力で説得した。感覚連結魔法を自ら解除し戦いが終わった。

 第28巻

 天狼島ではフェアリーテイルと悪魔の心臓（グリモアハート）の戦いが続いていた。グレイ・フルバスター（通称グレイ）はかつての師匠の娘と出会う。悪魔の心臓（グリモアハート）煉獄の七眷属の1人、ウルティア・ミルコビッチ（通称ウルティア）はウルの娘だった。

フェアリーテイルのベースキャンプには七眷属の1人ラスティローズが現れ怪我人が多数いるキャンプはピンチになっていた。ベースキャンプへ向かうナツ・ドラグニル（通称ナツ）、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）、ウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）だったが、悪魔の心臓の副司令ブルーノート・スティンガーが行く手を阻む。先の戦いで既に魔力を消費している三人はブルーノートに追い詰められていく。

一方、S級魔導士昇格試験を諦められないカナ・アルベローナ（通称カナ）は二次試験課題に取り組むためメイビスの墓にたどり着く。そこには妖精三大魔法の1つ妖精の輝き（フェアリーグリッター）が封印されていた。カナはカード魔法を扱うと、ルーシィのピンチに気付いた。S級魔導士にならなければならないという呪縛にかかっていたカナは、自分の大切なものは仲間であると気づく。そこに現れた初代フェアリーテイルのギルドマスター・メイビスはカナに妖精の輝きを貸し与えた。

ブルーノートと戦っているナツ、ルーシィ、ウェンディの元へ乗り込んだカナだったが、超高難度魔法である妖精の輝きを使いこなせず再びピンチに陥る。そこに現れたのがギルダーツ・クライブ（通称ギルダーツ）であった。皆を逃したギルダーツはブルーノートと一騎打ちとなる。同時にベースキャンプにはフェアリーテイルのフリード・ジャスティーン（通称フリード）とビックスローが現れ戦況が一変する。

その頃エルザ・スカーレット（通称エルザ）は七眷属の一人アズマと交戦していた。土地に蓄積された魔力を支配できるアズマがエルザを追い込む。天狼島の莫大な魔力に倒れるエルザだったが、仲間を思う気持ちがアズマの支配下にあるはずの天狼島の魔力がエルザを加護し、アズマを撃破した。

 第29巻 

天狼島ではフェアリーテイルと悪魔の心臓（グリモアハート）の戦いが続いていた。悪魔の心臓（グリモアハート）煉獄の七眷属のウルティア・ミルコビッチ（通称ウルティア）とメルディは黒魔導士ゼレフを連れて島から脱出しようと目論む。グレイ・フルバスター（通称グレイ）がウルティアと戦っている間にゼレフを連れて逃げるメルディ。その二人をジュビア・ロクサー（通称ジュビア）が追う。母に捨てられたと思っていたウルティアはグレイとの戦闘で母に愛されていたことを知り涙する。ジュビアから逃げるメルディだったが、ゼレフが目を覚まし彼は再び姿を消した。

フェアリーテイルのベースキャンプでは、怪我人とキャンプを守るチームと悪魔の心臓（グリモアハート）マスター・ハデスと戦うチームに別れ、行動を開始していた。 ナツ・ドラグニル（通称ナツ）、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）、エルザ・スカーレット（通称エルザ）、グレイはハデスとの直接対決へと向かう。 ハッピー、シャルル、リリーの三人は悪魔の心臓の船の動力源を破壊すべく空を飛んで侵入を試みる。

ナツ達はチームで戦うがマスター・ハデスの魔力に手も足も出ず押されていく。

ナツがハデスに消されそうになったその時、フェアリーテイルを破門中のラクサス・ドレアー（通称ラクサス）が現れた。マスター・ハデスと戦うラクサスだったが敵の魔力に押されて倒されてしまう。倒れる瞬間、ラクサスはナツに雷の魔力を渡した。ラクサスの雷を食べたナツは雷炎竜となり炎と雷の力を融合させる。ナツとハデスとの激しい戦いが始まった。

 第30巻 

天狼島で始まったフェアリーテイルと悪魔の心臓（グリモアハート）の戦いも決着を向かえ、島での本来の目的であったS級魔導士昇格試験は先の戦いで中止となった。そこでメンバーはそれぞれ一時休養をとっていた。

満身創痍の悪魔の心臓（グリモアハート）マスター・ハデスのもとに黒魔導士ゼレフが現れる。ゼレフの怒りに触れたハデスは殺されてしまう。

突然、天狼島に大きな鳴き声が響き渡る。黙示録にある伝説の黒き龍アクノロギアが現れた。その恐ろしい破壊力に逃げ惑うフェアリーテイル。マスター・マカロフは皆を逃がすため囮になってアクノロギアと戦った。ところが、皆は逃げることなくアクノロギアに立ち向かっていく。全力で攻撃するも彼らの攻撃は全く歯が立たない。アクノロギアは咆哮の構えをとった。フェアリーテイルは皆で手を繋ぎ防御魔法に力を集めた。アクノロギアが咆哮を放った瞬間、天狼島は消滅してしまった。アクノロギアは再び姿を消し、その後近海の調査が行われるも生存者は確認できなかった。

そうして７年の年月が経った。ここはマグノリア。

フェアリーテイルは街外れに建ち、ボロボロの弱小ギルドとなっていた。マグノリアを代表するギルドは黃昏の鬼（トワイライトオウガ）に取って代わられ、彼らに借金をしているフェアリーテイルは彼らに虐げられる生活を送っていた。

残っているフェアリーテイルメンバーは７年経っても彼らの死を受け入れられず悲しみにくれていた。そこに青い天馬（ブルーペガサス）が魔導爆撃艇クリスティーナで訪れる。彼らの情報解析によると、天狼島はまだ残っているという。その言葉を頼りに、島があったと思われる周辺海域にやってきたその時、突然1人の少女と共に天狼島が蘇る。

 第31巻 

最強のドラゴンであるアクノロギアと戦い、7年間の眠りについたフェアリーテイルのギルドメンバーたち。フェアリーテイルの初代マスター・メイビスの力により生き残ることができた。そして眠りから覚め、天狼島から帰還したフェアリーテイルメンバーは徐々に日常へ戻りつつあった。

眠っている間にフィオーレ王国最弱ギルドとなっていたフェアリーテイルは、再びフィオーレで最強のギルドとなるため大魔闘演武への参戦を決める。

大魔闘演武とはフィオーレ中のギルドが集まり、魔法を使った様々な競技で競い合う一大イベントだ。

天狼島メンバーは7年のブランクがあるため、現代の戦いに追いつくべく合宿を行うことにした。各メンバーが様々な場所で修行する中、ナツ・ドラグニル（通称ナツ）達は海合宿を行う。修業の最中ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）の精霊が現れた。そして精霊界が滅亡の危機なので助けてほしいと言う。急ぎ精霊界へと助けに行くフェアリーテイルのメンバーだったが、そこに待っていたのは敵ではなかった。精霊王が主催し、フェアリーテイルの天狼島からの帰還を祝した宴が始まったのだ。精霊界での宴を満喫したナツ達が人間界へ戻ると、なんと3ヶ月が経過していた。精霊界と人間界では時の流れが違っており、大魔闘演武は5日後に迫っていた。3ヶ月の修行期間を無駄にしたフェアリーテイルのメンバーは途方にくれる。そこにジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）、ウルティア・ミルコビッチ（通称ウルティア）、メルディの3人が現れた。彼らは正規ギルドでもない、闇ギルドでもない独立ギルド魔女の罪（クリムソルーシィエール）を立ち上げていた。目的は闇に取り憑かれた魔導士を生まないように黒魔導士ゼレフ、そして・闇ギルドなどを倒す払うこと。彼らは大魔闘演武へ参加するフェアリーテイルへ毎年開催中に感じる妙な魔力の正体をつきとめてほしいと頼んできた。その魔力はゼレフに似た邪悪なものだという。

依頼の報酬代わりにウルティアの能力でナツたちの潜在能力を開放してくれるという。能力を底上げし強大な魔力を使えるようになるのだが、そのためには多大な痛みを乗り越えなければならないのだった。

そしていよいよフィオーレ王国首都クロッカスにて大魔闘演武が始まった。  

第32巻 

いよいよフィオーレ王国首都クロッカスにて大魔闘演武が始まった。年に１度の魔法の祭典大魔闘演武は全王国民が待ちに待ったイベントだ。フェアリーテイルはAチームとBチームの2つのチームが出場している。

ところが、ナツ・ドラグニル（通称ナツ）と同じAチームで一緒に出場するはずだったウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）が大魔闘演武の予選の直前に何者かに襲われた。一度に大量の魔力を失う魔力欠乏症に陥ってしまったのだ。ウェンディの分まで頑張ると気合を入れるナツ達。見事に予選を勝ち抜いたフェアリーテイルの2チームは本戦へと駒を進めた。そしていよいよ本戦が始まる。

本戦は予選通過上位8チームで競う。１日で競技とバトルを行い、5日間に渡ってポイントを積み上げていくのだ。総合ポイントが一番高いチームが優勝することとなる。ナツたちが天狼島で行方不明になっていた7年の間にフィオーレ王国最弱ギルドとなっていたフェアリーテイル。会場から酷いブーイングを受けながらも競技を進める。さらに競技中、元闇ギルドの大鴉の尻尾（レイブンテイル）にバトルパートで試合会場の外から魔力をかき消されるなどの妨害を受け、散々な出だしとなった。フェアリーテイルBチームにはジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）が身を隠しながら参加していた。毎年大魔闘演武で感じていたという妙な魔力の正体を探っていた。大魔闘演武の１日目は終了した。フェアリーテイルは両チームとも最下位の厳しい出だしとなった。 

第33巻 

大魔闘演武１日目の試合演武が終わり、フェアリーテイルは街の酒場に集まって士気を高めていた。最下位だったチームとは思えないほどの盛り上がりで、酒場の主人が困惑するほど盛り上がっていた。

2日目の競技パート『戦車』（チャリオット）は連結された戦車から落ちない様に移動し、ゴールを目指すレース競技だ。フェアリーテイルAチームからナツ・ドラグニル（通称ナツ）、フェアリーテイルBチームからガジル・レッドフォックス（通称ガジル）が出場した。現フィオーレ最強ギルド剣咬の虎（セイバートゥース）からはスティング・ユークリフ（通称スティング）が参加していルーシィかし、ナツ、ガジル、スティングは滅竜魔導士の弱点である乗り物酔いで最下位争いするという痴態を見せる。それでも７年間天狼島組を待ち、バカにされても耐えてきた仲間同士だ。ナツとガジルは走り出した。最下位はスティングとなり、なんとかポイントをゲットしたフェアリーテイルだった。ブーイングを送り嘲笑っていた観客も徐々に心動かされていく。

その頃、救護室にいたシャルルは城が崩壊する映像が断片的に見える予知夢に悩まされていた。恐ろしい未来が訪れることを誰にも言えずにいる。

2日目のバトルパートの最中、先の競技パートの戦車（チャリオット）で乗り物酔いして休んでいたナツが目覚めた。そして救護室にいたウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）達がいないことに気づく。匂いを頼りに追うナツは何者かがウェンディ達を連れ去ろうとしている場面に遭遇する。ナツはその者たちを倒し、ウェンディ達を救出して王国兵に引き渡した。連れ去ろうとした奴らは誰かに頼まれて、救護室にいたルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）を誘拐しようとし、対象を誤認したらしい。フェアリーテイルのギルドメンバーはこれ以上の妨害を阻止すべく、場外でも警戒を強めるのだった。。

一方、フィオーレ王国軍内では精霊魔導士を入手し、エクリプスという世界を変える扉の計画が秘密裏に進んでいた。

大魔闘演武2日目が終わった。エルザ・スカーレット（通称エルザ）は幼少期に奴隷として働かされていた通称・楽園の塔で一緒だった現人魚の踵（マーメイドヒール）所属のミリアーナと再会する。彼女は人魚の踵（マーメイドヒール）所属の魔導士となっていた。再開を喜ぶ2人だが、ミリアーナの発言にエルザは言葉を失った。ミリアーナの仲間である人魚の踵のカグラ・ミカヅチはミリアーナ同様ジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）を殺したいほど恨んでいると言うのだ。ジェラールの真実を知るエルザの心中は複雑なものとなる。

ナツ達が宿に戻ると剣咬の虎（セイバートゥース）ユキノ・アグリア（通称ユキノ）がルーシィの帰りを待っていた。ユキノが持つ黄道十二門の鍵2つをルーシィに譲りたいというがルーシィは断る。精霊を大切に思うユキノと精霊の絆を切りたくないと感じたからだった。

別れたユキノをナツが追いかける。剣咬の虎（セイバートゥース）というだけで悪者だと決めつけていた事を謝罪するとユキノが泣き出してしまう。彼女は大魔闘演武2日目のバトルパートでのたった一度の敗北でギルドをやめさせられたという。帰る場所を失いマスターによって大勢の前で辱められ、ギルドの紋章を消されてしまったユキノの告白を聞きナツの怒りが爆発する。 

第34巻 

ユキノ・アグリア（通称ユキノ）は大魔闘演武2日目のバトルで敗北した。剣咬の虎（セイバートゥース）のマスターは敗北に対して激怒、ユキノはギルドを辞めさせられた。帰る場所を失い、ギルドの紋章を消されてしまったユキノの告白を聞きナツの怒りが爆発する。夜、ユキノ・アグリア（通称ユキノ）の話を聞いたナツ・ドラグニル（通称ナツ）は剣咬の虎（セイバートゥース）のギルドに殴り込みをかける。

仲間を捨て駒扱いする剣咬の虎（セイバートゥース）とマスターに激怒したのだ。大暴れするナツと彼らは乱闘となる。剣咬の虎（セイバートゥース）のミネルバ・オーランド（通称ミネルバ）の仲裁でなんとかその場はを収まったが、両者に火種を残すこととなった。

大魔闘演武3日目になり、競技パートを1位と2位でフィニッシュしたフェアリーテイルは勢いづいていく。それと同時に観衆も徐々にフェアリーテイルの応援をしだした。

バトルパートに移りフェアリーテイルBチームのラクサス・ドレアー（通称ラクサス）VS大鴉の尻尾（レイブンテイル）アレクセイの試合が始まった。元闇ギルドでフェアリーテイルと因縁がある大鴉の尻尾（レイブンテイル）は、大魔闘演武では数々の妨害に遭っていたフェアリーテイルのメンバーは警戒を強める。

大鴉の尻尾（レイブンテイル）マスター・イワンはラクサスからフェアリーテイルにとって最も重要な場所ルーメン・イーストワールの場所を聞き出す為に大会へ参加していた。そんな大鴉の尻尾（レイブンテイル）をラクサスは簡単に蹴散らして見事勝利。数々のルール違反が発覚をした大鴉の尻尾は失格となる。

ラクサスは現マスター・マカロフに話を聞いた。ルーメン・イーストワールはフェアリーテイルのギルドマスターしか知る権限のないもので、初代フェアリーテイルのギルドマスターであるメイビス・ヴァーミリオン曰く「ギルドの光」であるという。

一方、ジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）は、フェアリーテイルに身を隠しながら、毎年感じるという妙な魔力の正体を探っていた。しかし、その魔力を追う途中で評議員に見つかってしまう。評議員はジェラールを犯罪者として追っており絶対絶命だ。そこに元評議員のヤジマが現れ、ジェラールではなくミストガンであると言う。もう1つの世界エドラスから来た人間だと皆を説得してなんとかその場を脱した。ジェラールは邪魔が入ってしまったために妙な魔力の正体を見失ってしまうのだった。

 第35巻 

大魔闘演武4日目競技パート、で剣咬の虎（セイバートゥース）ユキノ・アグリア（通称ユキノ）と入れ替わりで参加したミネルバ・オーランド（通称ミネルバ）にフェアリーテイルAチームのルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）は必要以上に痛めつけられ重症を負った。ウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）達の応急処置のおかげで一命をとりとめたルーシィだったが、この一件で剣咬の虎（セイバートゥース）とフェアリーテイルは完全に敵対してしまう。

3日目の戦いで大鴉の尻尾（レイブンテイル）が失格となり参加チームが奇数となった影響で、フェアリーテイルA・Bチームの統合が決定。メンバーを再編成して4日目の2対2で闘うタッグバトルに挑む。

フェアリーテイルのナツ・ドラグニル（通称ナツ）、ガジル・レッドフォックス（通称ガジル）VS剣咬の虎（セイバートゥース）スティング・ユークリフ（通称スティング）、ローグ・チェーニ（通称ローグ）だ。4人全員が滅竜魔導士という因縁対決が始まった。

両者は最初から激しくぶつかり合った。圧倒的な強さで剣咬の虎（セイバートゥース）を寄せ付けないナツとガジルだったが、戦いの途中で言い争いの喧嘩をしてしまう。試合中にもかかわらずナツがガジルを滑車に乗せて場外へ追いやってしまった。

仲間のために闘うナツは剣咬の虎（セイバートゥース）の双竜に圧勝。初日最下位から始まったフェアリーテイルはついに1位となり歓声に包まれた。その頃、なんとか滑車から脱したガジルは闘技場の奥深い地下でとあるものを発見していた。

一方、毎年感じるという妙な魔力の正体を探っていたジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）は、妙な魔力を持つものと接触していた。それは思いもよらない人物だった。

剣咬の虎（セイバートゥース）を追い出されたユキノは評議員へ身を置き、エクリプス計画へ参加するなど、大魔闘演武の裏で何かが動き出していた。 

 第36巻

 大魔闘演武４日目の夜。タッグバトルでフェアリーテイルに破れた剣咬の虎のスティング・ユークリフ（通称スティング）とローグ・チェーニ（通称ローグ）は皆の前でマスタージエンマに激しく叱責され、ギルドの紋章を消すように迫られる。そこに仲裁に入ったレクターをジエンマが攻撃魔法を放ち消し去ってしまった。レクターを失ったスティングはジエンマに対して激昂すルーシィかしそれは仕組まれた罠だった。レクターはミネルバ・オーランド（通称ミネルバ）の魔法によって別の場所へとばされていただけだったのだ。ミネルバはマスターを倒したスティングこそ次期マスター候補に相応しいとして、大魔闘演武での優勝を条件にレクターを返すと約束するのだった。

ガジル・レッドフォックス（通称ガジル）は闘技場の地下へナツ・ドラグニル（通称ナツ）、ウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）、グレイ・フルバスター（通称グレイ）を連れてきていた。そこは古い竜の遺骨が数多く眠る竜の墓場であった。ウェンディの魔法で魂となったジルコニスという翡翠の竜の声を聞いたナツ達。ジルコニスによると４００年以上前にあった竜同士の戦争、その中で竜が人間に滅竜魔法を与えたようだ。滅竜魔法を得た人間は次々と竜を倒していった。たった一人で多くの竜を殺し、数多の竜の血を浴びて人間から竜へ変化した者こそアクノロギアだという。するとそこにフィオーレ王国軍のアルカディオスと元剣咬の虎で現臨時王国軍曹のユキノ・アグリア（通称ユキノ）が現れた。

彼らによると「エクリプス計画」が成功すれば黒魔導士ゼレフ、アクノロギアを倒すことが出来るという。大魔闘演武は魔導士の魔力をエクリプスの扉へ微量に送るための口実であった。エクリプスの扉は時を渡ることができ、それを開くには星霊魔導士の力が必要だ。そのためルーシィは協力を求められた。

しかし、そこに現れたエクリプス計画の反対派のダートン国防大臣によってアルカディオスは拘束され、ルーシィとユキノは王国兵に捕まってしまう。エクリプスの扉近くでは魔法が全て吸収されてしまい、魔法を使えないナツ達は王宮から追い出される。その際ダートンは大魔闘演武で優勝できたら国王への謁見する機会を与えると約束した。  

第37巻

 大魔闘演武最終日。ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）が拘束されたと知ったフェアリーテイルは、通常通り大魔闘演武を応援しつつ別働隊がルーシィ救出へ向かう二正面作戦を開始した。

ナツ・ドラグニル（通称ナツ）達はフィオーレ王宮の地下深くにある奈落宮を彷徨いながら、傷だらけになったアルカディオスを見つける。がしかし、そこに現れた処刑人餓狼騎士団にナツ達救出組はバラバラにされ、皆はぐれてしまった。処刑人餓狼騎士団によって分散させられ、個別に戦うこととなったナツ達はそれぞれが命を狙われ戦闘となる。

ルーシィとユキノ・アグリア（通称ユキノ）は重力を操る処刑人ウオスケと戦うこととなった。強力な魔法で二人はピンチに陥る。そこに現れたのは精霊で獅子王宮のレオ（通称ロキ）だった。ロキが精霊の鍵を持ってきてくれたおかげでウオスケとの戦いが激化する。

王宮ではフィオーレ王国王女ヒスイ・E・フィオーレ（通称ヒスイ姫）と国防大臣ダートンが話し合いをしていた。ヒスイ姫は未来から来たある者に一万を超えるドラゴンの襲来によって国が滅びると予言されていた。しかしそんな予言を簡単に信じることは出来ない。その者のいう大魔闘演武の結果が見事的中したら、予言を信じエクリプス２計画を実行すると決めていた。

餓狼騎士団を倒し奈落宮から脱出しようと出口へ向かうナツ達の前に未来から来たというルーシィ・ハートフィリア（通称未来ルーシィ）が現れる。未来ルーシィにドラゴンの襲来を聞いたナツ達は愕然とすルーシィかし未来ルーシィはその最悪の未来への対応策を持っていなかった。エクリプス２計画を知るアルカディオスは未来ルーシィに疑問を抱く。ヒスイ姫にエクリプス２計画を提案してきたのは未来から来た者だったからだ。未来ルーシィは事情を全て話し対策を練っているジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）との合流を促した。一方、大魔闘演武は大詰めを向かえていた。 

第38巻 

大魔闘演武最終日の試合が行われる最中、ナツ・ドラグニル（通称ナツ）達はドラゴンの襲来に備えるべくルーシィ・ハートフィリア（通称未来ルーシィ）の案内で地上への脱出を図っていた。ところが、そこに王国軍が現れ戦闘となり足止めされてしまう。

大魔闘演武の長かった戦いに幕が下りる。場内はフェアリーテイルの優勝で大歓声に包まれた。それを見届けたフィオーレ王女ヒスイ・E・フィオーレ（通称ヒスイ姫）はドラゴンの襲来に向けてエクリプス２計画改めエクリプスキャノンをドラゴンへ向け発射すると決定した。大魔闘演武の裏で事態は急速に動いていた。

足止めされていたナツ達の前に再び処刑人餓狼騎士団が現れ形勢が不利になっていく。その時、突然巨大な影の塊が現れ、王国兵と餓狼騎士団を飲み込んでしまったのだ。

影の中から姿を見せたのは、ヒスイ姫にエクリプスキャノンの助言をし、未来から来た

ローグ・チェーニ（通称未来ローグ）であった。未来ローグ曰く、エクリプスの扉の使いみちは２つあり、ひとつは時間の移動。もうひとつは1万のドラゴンを倒す唯一の手段エクリプスキャノンであるという。しかし未来ローグが知る未来では、扉が開くのを邪魔した者によってエクリプスキャノンは失敗し、世界は破滅へと向かっていた。そのある者を抹殺するために未来ローグは現在へやってきたというのだ。

そのある者とは現在のルーシィだった。未来ローグが攻撃をしかける、瞬間、ルーシィをかばった未来ルーシィは未来ローグに殺されてしまう。扉を閉めた者として未来ローグから狙われるルーシィ。ナツは未来ルーシィに未来を守ると約束し、未来ローグと戦闘となる。

一方、クロッカスの街中央広場では大魔闘演武の終えた魔導士達にフィオーレ国王トーマ・E・フィオーレがドラゴンの襲来とエクリプスキャノンについて説明し、エクリプスキャノンから生き残ったドラゴンの討伐を頼んでいた。この国を救って欲しいと頭を下げた国王に魔導士達の士気があがる。

未来ローグから逃げたルーシィ達はヒスイ姫と合流し、エクリプスの扉の前にいた。

扉が開くのに時間がかかるエクリプスはドラゴンの襲来前に準備に入っており、いよいよエクリプスの扉が開こうとしていた。

 第39巻 

運命の７月７日、月蝕だ。エクリプスの扉がドラゴン討伐の為今まさに開こうとしている。

ローグ・チェーニ（通称未来ローグ）と戦闘中のナツ・ドラグニル（通称ナツ）は未来ローグの強さに圧倒されていた。そこに現れたウルティア・ミルコビッチ（通称ウルティア）と

メルディ。二人の登場で姿を消した未来ローグだったが、ナツは未来ローグの影に囚われてしまいそうになっていた。

エクリプスの扉を見守る王国軍やルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）達。突然、開いていく扉を閉めるようにとルーシィはフィオーレ王女ヒスイ・E・フィオーレ（通称ヒスイ姫）に詰め寄る。ルーシィは自身の星霊からエクリプスの扉の情報を得えたという。それによると、ドラゴンに対抗出来る兵器であるエクリプスキャノンは存在せず、エクリプスはあくまでも時を繋ぐ扉だという。場が混乱する中、地響きや鳴き声と共にエクリプスの扉からドラゴンが出現した。次から次へと出てくるドラゴンに逃げ惑う人々。ルーシィはユキノ・アグリア（通称ユキノ）と共に星霊魔法でなんとか扉を閉めることに成功すルーシィかし扉からは７頭のドラゴンが既に出てきていた。そこに未来ローグが現れる。彼はヒスイ姫に嘘の情報を告げ、扉を開けさせてこの世をドラゴンの世界にしようとしていたのだ。ドラゴンを支配する操竜魔法によって未来ローグの言うことを聞くドラゴン達は、街にいる魔導士達を襲い始める。街に散らばってドラゴンを待ち構えていた魔導士達は必死に闘ったが、ドラゴンの圧倒的はパワーに手も足も出ないでいた。絶望的な雰囲気になっていたその時、空中にいるドラゴンの上で未来ローグと闘うナツの声が街中に響き渡る。滅竜魔法ならドラゴンを倒せるとナツは叫んでいた。かくして７頭のドラゴンと７人の滅竜魔導士の戦いが始まった。

一方、街中で戦っているウルティアは自身の過去への清算とこれからの未来の為、時間を戻す魔法をつかう。その魔法は術者の時を奪う禁術であったが躊躇せず決行するウルティア。時間を戻すことは出来たが、それはわずか１分間だった。しかしその１分が戦闘中の魔導士の生死をわけ、反撃への起点となったのだ。

 第40巻

 エプリクスの扉によって現代に現れてしまったドラゴンと対峙する滅竜魔導士達。ボロボロになりながらも必死に闘う魔導士達だったが、街中に無数にいる小型ドラゴンとの戦いで苦戦を強いられていた。そんな中ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）が現状を打破する突破口を見つける。未来ルーシィが残した手帳によると、現代においてエクリプスの扉が破壊されれば、未来においても扉は存在しなくなる。ドラゴンやドラゴンを支配するローグ・チェーニ（通称未来ローグ）も現代へ来ることはできなくなり、この時代から消えると考えられる。これを信じてありったけの魔力をぶつけるルーシィとユキノ・アグリア（通称ユキノ）だったが、魔力耐性の合金で出来た巨大な扉はびくともしない。それでも2人は攻撃を続けた。そこへ未来ローグと戦闘中のナツ・ドラグニル（通称ナツ）がドラゴンと共に突っ込んできた。激しい衝撃でついに扉は破壊された。光と共に消えゆくドラゴン。未来ローグはナツに伝言を残し消えていった。

数日後、フィオーレ王の居城・華灯宮メルクリアスでパーティが行われた。大魔闘演武の武勇と国の危機を救った功績として参加した各ギルドの魔導士が集まり、盛り上がりを見せる。長かった大魔闘演武も終焉を迎えた。マグノリアに帰ってきたフェアリーテイルは大歓迎を受け街中を凱旋する。町長からは優勝記念として修繕したギルドを贈呈され歓喜に湧くフェアリーテイルのメンバー。いつもの喧騒がようやく戻ってきた。

大魔闘演武以降仕事が絶えないフェアリーテイルは多忙を極めており、それに伴い魔導士指名の依頼も増えていた。そのような中、聖十大魔道（せいてんだいまどう）という評議院が定めた大陸で最も優れた魔導士１０人の内序列４位、イシュガルの四天王の一人ウォーロッド・シーケンより依頼が舞い込んだ。ナツとグレイ・フルバスター（通称グレイ）指名の依頼だったが、ルーシィとエルザ・スカーレット（通称エルザ）、ウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）も加わることになった。依頼内容は、永遠に燃え続ける炎を守護神として信仰してきた太陽の村が凍りつくという原因不明の事件を解決して欲しいというものだった。人々や永遠の炎さえ凍りついた村を救うことを引き受けたナツ達。太陽の村にたどり着いたメンバーは凍りついた巨人達を発見する。ナツは氷を解かそうとしたが、普通の氷ではなく全く解氷出来ない。そこにトレジャーハンター風精の迷宮（シルフラビリンス）が現れた。そして氷を解かす秘宝「月の雫」を持つ彼らとナツ達は戦闘を始めた。その影で闇ギルド夢魔の眼（サキュバスアイ）が不穏な動きを見せていた。一方、ナツ達と別行動をとったエルザは永遠の炎を探すうち身体が縮み子供の姿になってしまった。  

第41巻 

イシュガルの四天王の一人ウォーロッド・シーケンの依頼で全てが氷ついた太陽の村とそこに暮らす巨人を救うため動くナツ・ドラグニル（通称ナツ）達。別行動中のエルザ・スカーレット（通称エルザ）は村を探索する途中、不思議な力で子供の姿に縮んでしまっていた。その直後ミネルバ・オーランド（通称ミネルバ）と再会。ミネルバは剣咬の虎から闇ギルド夢魔の眼（サキュバスアイ）に移籍しており大魔闘演武での屈辱を晴らすべくエルザに襲いかかる。闇に落ちてはならないと説得を試みるエルザだが、ミネルバは全く聞く耳を持たず戦闘となった。

氷を溶かす力を持つ秘宝月の雫を持つトレジャーハンター風精の迷宮（シルフラビリンス）を追っていたナツ達は、誤って月の雫が入った瓶を割ってしまう。しかし月の雫は氷をほんの少ししか溶かすことが出来ず、これで氷全体を解かすことは不可能であった。その溶けた氷の隙間から何者かの声を聞きたナツ。その声はナツにしか聞こえない。どこかで聞いたことのある声だが、思い出せないまま走り出したナツは皆とはぐれてしまう。その途中で闇ギルド夢魔の眼のドリアーテによってナツも子供の姿に縮んでしまった。ドリアーテの魔法は身体を縮ませるのではなく、退化の法という人間の能力を下げる魔法であり、追加効果によって身体が縮むのだった。声の正体を探すナツはドリアーテのまき再び走り出す。 ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）とウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）は風精の迷宮と戦闘になろうとしていた。そこにフレア・コロナ（通称フレア）が現れルーシィ達の味方となり３対３の戦いになる。見事な共闘で風精の迷宮に勝利したルーシィ達はフレアに話しを聞く。幼い頃巨人に育てられたフレアにとって太陽の村は故郷であり、巨人達は家族という。ルーシィと和解したフレアは永遠の炎なら氷を溶かせるかもしれないとルーシィ達を案内する。

皆とはぐれたグレイ・フルバスター（通称グレイ）はドリアーテに遭遇し、子供にされるもそのまま戦闘になる。ドリアーテの退化の法によって魔力や力など全ての能力が低下しているグレイは圧倒的に不利な状況にあった。しかし唯一能力が低下していない頭脳、思考で見事作戦勝ちし、追い詰められたドリアーテは我を忘れ悪魔の姿に変化した。走り回っていたナツはルーシィ達と合流。フレア曰く眼の前にある山こそ永遠の炎だという。

ルーシィの合図でナツの炎で祭壇に炎を灯す。そこには炎竜アトラスフレイムの姿が。

アトラスフレイム自身は思念体となっていた。アトラスフレイムはこの村を氷らせたのは一人の悪魔祓いの魔道士「氷の滅悪魔道士（デビルスレイヤー）」だった。 

第42巻 

凍りついた太陽の村と巨人達の救出に成功したナツ・ドラグニル（通称ナツ）達。依頼人であるイシュガルの四天王の一人ウォーロッド・シーケンへ報告に行く。そこでウォーロッド・シーケンがフェアリーテイル創成期メンバーの一人であることが判明。ギルドの創始であるメイビス・ヴァーミリオン（通称初代）の残した言葉を聞き感銘を受けるメンバーだった。魔法評議院では前代未聞の事件が起きていた。議会中に闇ギルド冥府の門（タルタロス）の一人ジャッカルが侵入し、評議院ごと建物を爆破。９名の現議員とその他多数の犠牲を出す大惨事が起こり大陸中に激震が走った。フェアリーテイルの雷神衆エバーグリーン（通称エバ）、ビックスロー、フリード・ジャスティーン（通称フリード）は元評議員のヤジマが経営する飲食店で仕事中、冥府の門の一人テンペスターが現れ店を破壊。テペスターがヤジマを始末しようとするもラクサス・ドレアー（通称ラクサス）に助けられる。ラクサスはテンペスターを見事に撃破し、ギルドへ連れ帰ろうとすルーシィかしテンペスターは自爆し「魔障粒子」という空気を汚染する毒を撒き散らした。魔障粒子によって身体の自由が効かないエバ達。滅竜魔導士であるラクサスが周辺の魔障粒子を取り込み、フリードに皆をギルドに連れ帰るよう命じる。

フェアリーテイルの顧問薬剤師ポーリュシカによると、５人はなんとか命をとりとめたものの危険な状態が続いており、特にラクサスは体内汚染が酷く生きているのが不思議なほどだった。そして町には魔障粒子が広がり、それによる被害者が続出していた。

一方、フェアリーテイルでは冥府の門を撃破するためマスターマカロフがギルドの士気を高めていた。冥府の門は目的や本部の場所、構成人数など全てが不明な闇ギルドである。そのため動きようがなかったフェアリーテイルは、彼らが狙っている元評議員を警護することになる。元評議員ミケロの警護にやってきたナツ、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）、ウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）。そこに魔法評議院を襲った冥府の門の一人ジャッカルが現れナツと戦闘となる。

 第43巻 

魔法評議院を襲って現評議員を全滅させた冥府の門（タルタロス）は、元評議員まで標的にしていた。これ以上の悪行を防ぐべく元評議員の護衛を開始したフェアリーテイル。各地で行われた冥府の門による惨状を目の当たりにする。そして冥府の門の目的は、評議院が保有する魔導パルス爆弾「フェイス」の入手であると判明。フェイスは大陸中全ての魔力を消滅させる兵器であった。それが発動すれば大陸中の魔導士が魔力欠乏症になるだけではなく、冥府の門が使う呪法という魔法とは違う力で彼らだけが力を使える世界となる恐ろしい兵器であった。フェイスの封印は元評議員の３人の命、生体リンク魔法であるため冥府の門は元評議員を次々に襲っていた。その３人が誰なのかを知る唯一の人物。元議長の元へエルザ・スカーレット（通称エルザ）とミラジェーン・ストラウス（通称ミラ）が向かった。

元議長によると破棄された兵器であるフェイスの場所や封印の鍵となる元評議員が誰なのか自分も一切わからないという。その時冥府の門の兵が元議長を狙ってなだれ込んできた。生き残った評議院諜報部のドランバルドは、冥府の門の情報と引き換えに闇ギルド六魔将軍（オラシオンセイス）のメンバーを脱獄させる。六魔将軍を待っていたのは魔女の罪（クリムソルーシィエール）のジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）とメルディであった。ジェラールは六魔将軍のメンバーをたった一人で迎え撃ち激しい戦闘となるが、満身創痍ながら勝利。絶望する六魔将軍に、正規でも闇でもない独立ギルド魔女の罪に入るよう誘う。共通の敵であるゼレフを共に倒そうとジェラールは声をかけたのだった。

一方、フェアリーテイルではメンバーが次々に捕まり、冥府の門の本拠地の場所もわからず足止めされていた。そこにハッピーが情報を持って帰ってくる。元議長の裏切りに驚愕するフェアリーテイル。レビィ・マクガーデン（通称レビィ）がハッピーの情報を元に本拠地の場所を計算する。その時連絡が取れなかったエルフマン・ストラウス（通称エルフマン）がギルドに戻ってきた。リサーナまでも捕まったってしまったというエルフマン。彼はリサーナを助けるためにフェアリーテイルを爆破するよう冥府の門に命令されていた。  

第44巻 

大陸中の魔力を消滅させる魔導パルス爆弾フェイスの封印が解かれてしまう。ギルドに仕掛けられた爆弾に気付いたカナ・アルベローナ（通称カナ）の咄嗟の判断により爆破寸前で脱出に成功したフェアリーテイルのメンバーたち。ギルドのメンバーはそのまま冥府の門（タルタロス）に特攻する。

牢屋から脱出したナツ・ドラグニル（通称ナツ）とリサーナ・ストラウス（通称リサーナ）はエルザ・スカーレット（通称エルザ）の救出に成功する。エルザは冥府の門の一人キョウカと戦闘となる。悪魔因子を流し込まれ改造されていたミラジェーン・ストラウス（通称ミラ）は悪魔因子を逆に利用し復活する。リサーナとも再会した所で冥府の門の一人セイラが現れ戦闘になる。

冥府の門（タルタロス）のギルド内に侵入したルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）とウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）は制御室でフェイスの起動まで残り41分であると知ルーシィかし起動も解除も現地でしか出来ないことが判明する。

フェイスが封印されている渓谷にたどり着いたウェンディとシャルル。そこに待ち受けていた冥府の門（タルタロス）の一人エゼルと戦闘になる。エゼルに全く歯が立たないウェンディだったが、フェイス近くは高濃度のエーテルナノ（魔力の源のなる物質）が漂っており、ウェンディはその空間の空気を食べてドラゴンフォースを発動。滅竜奥義でエゼルと共にフェイスを破壊すルーシィかしフェイス発動までのカウントダウンは止まらない。残り数分でフェイスが発動してしまう。シャルルの未来予知能力でフェイスの自爆コードを入力した二人はそれを発動し、フェイスは自爆した。

フェイスのあった峡谷から遠く離れた地に評議院のドランバルドが降り立つ。彼の腕の中にはフェイスを破壊した勇者ウェンディとシャルルが。ギリギリの所で二人の救出に成功したのだった。 

第45巻 

大陸中の魔力を消滅させる魔導パルス爆弾フェイス発動を阻止したフェアリーテイルは冥府の門（タルタロス）との戦闘が続いていた。冥府の門の一人フランマルスと戦闘中のナツ・ドラグニル（通称ナツ）とルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）。人間や星霊、魔法まで魂ごとを吸収してしまうフランマルスの力で自分を吸収されかけるナツ達。ピンチの所をルーシィの機転で脱したナツはそのままフランマルスを撃破する。

エルザ・スカーレット（通称エルザ）と戦闘していた冥府の門の一人キョウカはフェイスの失敗で冥府の門の冥王マルド・ギールの元へ向かう。キョウカと入れ替わりでエルザの前に現れたのは悪魔として転生したネオミネルバであった。

冥府の門の一人セイラとキョウカ隊の一人ラミーは、ミラジェーン・ストラウス（通称ミラ）とリサーナ・ストラウス（通称リサーナ）と「ラボ」と呼ばれる場所で対峙していた。そこにウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）に倒された冥府の門の一人エゼルと、ナツに倒された冥府の門の一人フランマルスが突然大きな機械の中に現れる。このラボは冥府の門の再生（リスボーン）地点で、たとえ肉体を失っても復活できる場所だった。このラボを既に接収（テイクオーバー）という魔法で支配下においていたミラは一瞬で破壊。ラボは使えなくなる。セイラも命令（マクロ）という人を操る呪法を使い、互いにテイクオーバーするもマクロはミラには効かず肉弾戦にもつれ込む。セイラは自身のリミッターを解除してエーテリアスとなり圧倒的は力を見せつける。追い詰められたミラはなんとかエーテリアスとなったセイラの能力のみテイクオーバーに成功。ミラはマクロを発動させエルフマン・ストラウス（通称エルフマン）を呼び出しセイラに勝利した。

フェアリーテイルメンバーが冥王獣に取り込まれ姿を消す中、ただ一人アレグリアを逃れたルーシィ。ルーシィはたった一人でこの状況を打破しようと闘う。星霊を２体同時開門し冥府の門と闘うも追い詰められていく、皆を助けるまで負けられないルーシィはついに３体目の星霊アクエリアスを呼び出す。しかし冥府の門との圧倒的な力の差で自分達では足止めしか出来ないと告げるアクエリアスはルーシィに星霊王召喚を提案するのだった。

第 46巻

 大陸中の魔力を消滅させる魔導パルス爆弾フェイスの発動を阻止したフェアリーテイルは冥府の門（タルタロス）との戦闘が続いていた。フェイスを破壊し全てが終わったかに思えたが、戦いはまだ何も終わってはいなかった。次々と地上から姿を現し始めるフェイス。それは全世界におよそ2000機も隠されており、フェアリーテイルにはこれまでの戦いが無駄だったかのように思えた。

冥府の門（タルタロス）のメンバーとの戦いはさらに激化する。ナツ・ドラグニル（通称ナツ）とガジル・レッドフォックス（通称ガジル）は冥府の門のテンペスターとトラフザーを相手に、ジュビア・ロクサー（通称ジュビア）は冥府の門のキースを相手に組み合って、さらにグレイ・フルバスター（通称グレイ）は冥府の門の1人シルバーと向かい合っていた。

一方、エルザ・スカーレット（通称エルザ）はミネルバ・オーランド（通称ミネルバ）と戦っていた。ミネルバは悪魔の力を取り込みネオミネルバとなったが、エルザには歯が立たない。そしてエルザの手で殺してくれとミネルバは懇願するのだった。

そこに現れたのは冥王マルド・ギール。強力な力でミネルバに対し攻撃を繰り出した。大爆発に巻き込まれるが、スティング・ユークリフ（通称スティング）とローグ・チェーニ（通称ローグ）によって助け出された。スティングとローグはマルド・ギールに立ち向かっていくが、お互いに決め手を欠いていた。

グレイはシルバーに連れ去られたどこかで1人戦っていた。そこで重大な真実を聞くこととなルーシィルバーはグレイの父親である、そう告げたのだった。しかしグレイの父親はすでに死んでいる。なぜ生きているのか、それはゼレフ書の悪魔が死体に乗り移り操っていたのだ。そしてその悪魔とは、昔グレイの師匠が命をかけて封印した敵だった。復讐心に燃えるグレイは再びシルバーに立ち向かうが、歯が立たず、自らの命をかける最終奥義を放つ。一瞬ひるんだシルバーはグレイの造形魔法に気がつかず、隙をついたグレイの攻撃により撃破された。そしてシルバーは真実を語り始めた。  

第47巻 

冥府の門（タルタロス）との戦闘が続いているフェアリーテイル。ナツ・ドラグニル（通称ナツ）とガジル・レッドフォックス（通称ガジル）は冥府の門のテンペスターとトラフザーと交戦していた。冥府の門（タルタロス）の二人は自身のリミッターを解除してエーテリアスフォームとなりパワーアップして向かってくる。トラフザーは天地晦冥という呪力を発動。毒を含む黒い水にナツやガジルだけではなく、フェアリーテイルのメンバーは飲み込まれてしまう。毒の影響で意識がないメンバーを助ける為トラフザーと必死に闘うガジルだが、黒水の中では息も続かず意識が次第に薄れていく。そこにレビィ・マクガーデン（通称レビィ）が現れガジルに空気を与えて助けた。息を吹き返したガジルは再びトラフザーに立ち向かう。高い防御力を持つトラフザーに苦戦するも、黒水に含む炭素を吸収して鉄と融合し鋼に変化させる。鋼の力を持った鋼竜剣でトラフザーを撃破。天地晦冥も解除された。

制御室についたエルザ・スカーレット（通称エルザ）とミネルバ・オーランド（通称ミネルバ）は急いでフェイスを止めようとしたが、既に遅く、フェイス起動のカウントダウンが進んでいた。そんな中、突然大きな唸り声と共に悪のドラゴン、アクノロギアが姿を現す。それと同時にナツ達滅竜魔導士達が一斉に苦しみだした。アクノロギアの声が聞こえたと同時にイグニールがナツの中から出現したのだ。そのままイグニールはアクノロギアと戦闘になった。再会を喜ぶ間もなく闘うイグニールに飛びかかり詰め寄るナツ。イグニールはナツに冥王マルド・ギールが持っている本『ENDの書』を奪ってくるよう依頼した。ナツと激しい戦闘となったマルド・ギールは念話でキョウカに、制御室のメイン魔水晶と生体リンクし、フェイス発動を早めよ、と指示を出す。フェイスが発動すれば魔力が消滅し、同時にドラゴンの生命力も奪えENDが復活する。そして冥府の門（タルタロス）の勝利となるのだ。生体リンクしたキョウカはさらに自身のリミッターを解除し、パワーアップするエーテリアスフォームに襲いかかるのだった。

 第48巻 

上空ではアクノロギアとイグニールという二頭のドラゴンが戦っていた。その下ではナツ・ドラグニル（通称ナツ）と冥府の門（タルタロス）の冥王マルド・ギールが激戦を繰り広げていた。そこにあらわれたスティング・ユークリフ（通称スティング）とローグ・チェーニ（通称ローグ）も参戦し混戦となる。 エルザ・スカーレット（通称エルザ）は大陸中の魔力を消滅させるフェイスを起動させる魔水晶と生体リンクした冥府の門（タルタロス）のキョウカとの戦闘が続いていた。マルド・ギール曰く、不老不死である黒魔導士ゼレフが自分自身を殺すために作ったものが自分達ゼレフ書の悪魔だという。ENDはその最高傑作であり、アースランドの魔力が失われることが封印を解く唯一の方法だ。そして復活したENDによって黒魔導士ゼレフを倒すのが冥府の門（タルタロス）ことゼレフ書の悪魔の真の目的であった。

そこに氷の滅悪魔導士となったグレイ・フルバスター（通称グレイ）がマルド・ギールを攻撃する。悪魔を倒す力を手に入れたグレイの攻撃が有効打となるも、マルド・ギールの前に悪魔へと転生した元剣咬の虎（セイバートゥース）のマスターであるジエンマが現れる。

スティングとローグはジエンマと、ナツとグレイはマルド・ギールとそれぞれ戦闘になった。

ジエンマの力に押されていたスティングとローグ。フェアリーテイルのように仲間のために闘うことで強くなった新しい剣咬の虎の力の前にジエンマは倒れた。

マルド・ギールはリミッターを解除してパワーアップしたエーテリアスフォーム「マルド・ギール・タルタロス」となりナツとグレイに襲いかかる。ナツの滅竜魔法とグレイの氷の造形魔法で応戦するが、マルド・ギールは生と死を概念ごと消滅させる究極の呪法メメント・モリを発動する。グレイは滅悪魔法でメメント・モリからナツを庇い倒れ込んでしまう。それを見たナツが滅竜魔法の最終形態であるドラゴンフォースを発動。滅竜奥義が炸裂した直後グレイの滅悪魔法がマルド・ギールを貫いた。

 第49巻 

大陸中から魔力失われ始めた。全てを諦めかけた魔導師たち。しかし、イグニールのあきらめるなという声と共に大陸中のフェイスを次々に破壊するドラゴン達が現れた。

現れたドラゴン達によって大陸中の魔力を消滅させる魔導パルス爆弾フェイスが破壊された。それによりゼレフ書最強の悪魔ENDの復活を阻止し、冥府の門（タルタロス）に勝利したフェアリーテイル。ナツ・ドラグニル（通称ナツ）の育ての親であるドラゴンのイグニールと竜の王アクノロギアのドラゴン同士の戦いが続く中、ENDの書を巡ってナツとグレイ・フルバスター（通称グレイ）が対立する。そこに現れた黒魔導士ゼレフがグレイからENDの書を奪い去っていった。イグニールはアクノロギアに深手を負わせたが、自身は消滅してしまった。他のドラゴン達も同様に人間を見守ると約束し、別れを告げた。悲しみにくれるナツはアクノロギアを倒せるくらい強くなると約束し再び前を向いて立ち上がるのだった。

それから一週間。今回の戦いでは多くのつらい別れや苦しみがあったが、皆それを乗り越えようとしていた。ナツとハッピーはイグニールとの約束を果たすため修行の旅に出発した。

それぞれ新たな決意を胸に前に進むフェアリーテイルは、マスターマカロフの指示でギルドを解散する。

一年後。ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）は週刊ソーサラーの編集者見習いとして新しい生活を送っていた。現在は大魔闘演武の最中であり、取材を行っているルーシィはこの一年間フェアリーテイルメンバーと疎遠になっていた。しかし、心の中では皆を忘れられず、情報を集める日々。大魔闘演武最終日、優勝ギルドが決まった会場に旅に出ていたナツとハッピーが現れ大暴れする。大魔闘演武を台無しにし、闘技場を半壊させたにもかかわらず釈放されたナツはルーシィと再会した。そこでフェアリーテイルが解散しマスターが行方不明になっていると知る。その事実に不満を漏らすナツだったが、みんな旅に出ていたナツ達のように自分の道を進んでいると諭されてしまう。その夜ルーシィがみんなの情報を探り、本当はギルド復活を考えていると知ったナツは、ルーシィの手を取りフェアリーテイル復活に向け走り出すのだった。 

第50巻

 フェアリーテイル復活の為、仲間を探す旅に出ているナツ・ドラグニル（通称ナツ）、ハッピー、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）。

魔導士ギルド蛇姫の鱗（ラミアスケイル）にやってきた3人は、現在ここに在籍しているウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）とシャルルに再会した。一緒に旅をしようと誘うナツ達。しかしウェンディは、今は蛇姫の鱗（ラミアスケイル）魔導士であるため一緒には行けないと断った。その夜、街にモンスターの群れが押し寄せ大騒ぎとなる。蛇姫の鱗（ラミアスケイル）と犬猿の中であるギルド蛇鬼の鰭（オロチノフィン）が彼らを潰す為、街ごと襲ったのだった。街の防衛を他のメンバーに任せ、本隊に向かったウェンディとシェリア・ブレンディ（通称シェリア）。ナツ達は魔物の大群を倒しながらシェリア達を追った。本体に乗り込んだウェンディとシェリアが魔物使いを見つけた時、以前天狼島で戦ったブルーノート・スティンガーが現れ重力魔法を展開する。重力で押しつぶされ身動きが取れない中、ナツが現れスティンガーを一撃で倒し、蛇鬼の鰭（オロチノフィン）も降参する。蛇姫の鱗の勝利となった。

ウェンディはシェリアにフェアリーテイルを思う本心を見抜かれ、ギルドが別々になっても友情は変わらないと、フェアリーテイルに戻る決心をする。こうしてフェアリーテイル復活の旅にウェンディも加わり、次のアメフラシという村へ向かうナツ達。雨が降り止まないその村にはジュビア・ロクサー（通称ジュビア）の姿があった。ナツ達と再会したジュビアは高熱を出して倒れてしまう。この村でジュビアとグレイ・フルバスター（通称グレイ）は2人で修行や仕事をしていた。しかしある日、グレイの右腕から肩にかけて黒い模様が現れた。それ以来1人で外出するようになったグレイはついに半年程前から帰ってこなくなったのだ。熱があるジュビアをウェンディとシャルルに任せ、ナツとルーシィ、ハッピーは魔導士ギルド剣咬の虎（セイバートゥース）へ向かう。

一方、黒魔術教団ではゼレフに反する者の浄化と再生を行う浄化の日が近づいていた。浄化作戦の情報は評議院に漏れており、グレイは内通者として他の教団の幹部達に疑われていた。ゼレフを信仰する動機がないグレイを問い詰める教団員達。グレイは自らの目的はENDの書であると言い、ENDを倒す為黒魔術教団を利用していると話す。黒魔術教団に潜入したナツ達は教団員と戦闘になった。そこに現れたグレイはギルドの紋章を消しており、フェアリーテイルの仲間でもないとナツ達に告げる。  

第51巻 

黒魔術教団（アヴァタール）は多くの命と引き換えに黒魔導士ゼレフを呼び出そうとする浄化作戦を実行しようとしていた。それを阻止する為グレイ・フルバスター（通称グレイ）は黒魔術教団（アヴァタール）に潜入していた。小型通信魔水晶（スマートフォンのような物）を通じてエルザ・スカーレット（通称エルザ）から話の詳細を聞いたナツ・ドラグニル（通称ナツ）とルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）は共に浄化作戦を潰す為に動き出す。

黒魔術教団の教団員2000人以上がマルバの街に集結し、街の住人を抹殺する浄化作戦が始まった。そこに現れたナツ達は作戦を阻止しようと暴れまわる。ウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）とジュビア・ロクサー（通称ジュビア）も到着して一緒に教団の幹部達を簡単に打ち倒していった。劣勢となった黒魔術教団では、神官のアーロックが前線へと出てくることにした。アーロックは自分の顔を焼き、強大な力を手に入れていた。顔を焼いた代償として、ヤクマ十八闘神の1人イクサツナギを召喚する。アーロックの真の目的はマルバの住人ではなく、共に信仰する同志である黒魔術教団の教団員を供物としてゼレフへ捧げることであった。そのためにイクサツナギで教団員を襲っていくアーロック。自分の仲間を犠牲にするアーロックにナツの怒りは爆発した。ナツの力は1年間の修行で強くなっていた。ナツは無敵だと思われていたイクサツナギを撃破する。イクサツナギが敗れた事で逃げ出す者や、諦めずナツたちに向かってくる者で場が混乱する。評議院のガジル・レッドフォックス（通称ガジル）とパンサーリリー（通称リリー）、レビィ・マクガーデン（通称レビィ）の部隊が現場になだれ込み、ようやく混乱が収束した。マルバの街を守り、黒魔術教団の浄化作戦を阻止したフェアリーテイルのメンバーは勝鬨をあげるのだった。

黒魔術教団の一件が決着し、ナツ達はマグノリアの街に戻ってきた。しかしルーシィは皆がギルドを忘れているのでは、と不安に襲われルーシィかしそこに待っていたのはギルド復活を望む仲間たちの姿だった。一年間の充電期間を経てフェアリーテイルはいよいよ復活する。

第52巻 

復活したフェアリーテイルでは、６代目マスターであるマカロフ・ドレアー（通称マカロフ）が不在だった。そのためエルザ・スカーレット（通称エルザ）が７代目マスターとなった。エルザはギルドマスターにしか知らされない秘密の部屋へと向かった。しかし、ナツ・ドラグニル（通称ナツ）達は、後をつけてきて、部屋に隠された秘密を知る。マスター・マカロフの命令で評議院に潜入していたメスト・グライダー（通称メスト）から、１年前ギルドを解散した経緯とマカロフ不在の理由を知った。マカロフによると西の巨大帝国・超軍事魔法帝国アルバレスがフェアリーテイル最高機密である「ルーメン・イストワール」を手に入れる為に、侵攻しようとしているというのだ。

それを阻止するため一人アルバレスに交渉に向かったというマカロフ。マカロフは自分に何かあった時のためギルドを解散し、交渉を行っている間に評議院を立て直し抑止力にすればと考えたのだった。

それから一年が経ち、評議院は復活した。西の大陸への抑止力となりつつある防衛線を引いたためマカロフの時間稼ぎは成功したといえルーシィかしマカロフは帰ってこない。そこでギルドは少数精鋭でマカロフ救出作戦を開始した。

船でアルバレスへ向かうフェアリーテイルのメンバー。諜報員と落ち合い潜入経路を訊く為、途中でカラコール島に立ち寄った。島ではアルバレス帝国軍が潜入者を探す為検閲を行っていたが、なんなく突破した。しかし帝国軍マリン・ホーロウに見つかり戦闘となる。そこにアルバレス帝国軍スプリガン12の中の1人、ブランディッシュ・μ（通称ブランディッシュ）が現れる。ブランディッシュは今まで感じたことのないとてつもなく魔力を持っていた。マカロフは生きていると告げ、ブランディッシュ程の魔力を持つ者があと１２人いるといいアルバレス帝国に近づくなと忠告して島ごと姿を消した。

島の人々は近くの漁船に助けられたと言う。ナツ達はメストの瞬間移動で海中の移動神殿オリンピアに乗船する。そこに待っていたのは諜報員である、独立ギルド魔女の罪（クリムソルーシィエール）のソラノ・アグリア（通称ソラノ）だった。

一方、アルバレス帝国の首都ヴィスタリオンではマカロフが客人として迎えられ、皇帝陛下の帰りを待っていた。待ちに待った皇帝陛下が帰還、街は歓喜に包まれている。

マカロフの目に飛び込んできたのは黒魔導士ゼレフの姿だった。2人きりでの謁見が許されたマカロフはゼレフと対峙する。アルバレス帝国では皇帝スプリガンと名乗り、一つの小さな国を巨大帝国にまで作り上げていた。ゼレフは「ルーメン・イストワール」こと「妖精の心臓（フェアリーハート）」を手に入れるため、ゼレフ、ドラゴン、人間の戦争が始まると宣言しマカロフを殺そうとする。ギリギリの所でメストが救出し瞬間移動。ナツ達との合流に成功した。一緒にギルドへ帰ろうと約束すルーシィかしスプリガン１２の内の一人アジィール・ラムル（通称アジィール）が追ってきて戦闘となる。  

第53巻 

フェアリーテイル6代目マスター、マカロフ・ドレアー（通称マカロフ）の救出に成功した

ナツ・ドラグニル（通称ナツ）達。しかし、ギルドに帰る途中アルバレス帝国軍スプリガン12の中の1人アジィール・ラムル（通称アジィール）戦闘となる。砂を操るアジュールの魔法を前に、身を挺してナツ達を守るマカロフ。砂にのまれそうになったその時、ラクサス・ドレアー（通称ラクサス）の雷が砂嵐を消し去った。別部隊として動いていたガジル・レッドフォックス（通称ガジル）達に助けられ脱出できたのだ。無事フェアリーテイルへ帰還した。フェアリーテイル正式復活とマカロフの帰還に湧くギルドメンバー達。マカロフが戻るまで暫定としてマスターをしていたエルザ・スカーレット（通称エルザ）に変わり、マカロフはマスターとして再就任する。アルバレス帝国軍との戦いを前にナツとマカロフが皆の士気を上げ、心を1つにした。そこに初代マスターメイビス・ヴァーミリオン（通称初代）が現れ、アルバレス帝国皇帝スプリガンこと黒魔導士ゼレフが狙うルーメン・イストワールこと妖精の心臓（フェアリーハート）について話しだした。それは尽きることのない永遠の魔力だった。妖精の心臓を得るためゼレフは全軍での総攻撃を仕掛けてくるのだ。メンバーはそれぞれ戦いへの不安と覚悟を胸に決戦の時を迎えた。

西の空から敵襲、大型巡洋艦50隻が現れ開戦となる。フリード・ジャスティーン（通称フリード）が街全体に術式で魔法障壁（バリア）を展開。ナツ達滅竜魔導士の三人が先行して巡洋艦を落としていく中、ビスカ・コネル（通称ビスカ）が魔導集束砲ジュピターを発射した。アジィールによって拡散されてしまうものの巡洋艦を多数撃ち落とす。船上ではアジィールとエルザの戦闘が始まった。念話や魔導レーダーで敵の動向を探っているウォーレン・ラッコー（通称ウォーレン）によると、既に四方を大量の敵に囲まれており、更にスプリガン１２の内の三人が街にいることがわかった。圧倒的な戦力差に勝ち目がないフェアリーテイルには絶望的な雰囲気が立ちこめる。  

第54巻 

フェアリーテイルがあるマグノリアの街に侵攻してきたアルバレス帝国皇帝スプリガンこと黒魔導士ゼレフ。四方を敵に囲まれる中、ルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）の家にアルバレス帝国軍スプリガン12の中の一人ブランディッシュ・μ（通称ブランディッシュ）が現れる。ルーシィがレイラ・ハートフィリアの娘であると気づいたブランディッシュは態度を急変させた。そこにカナ・アルベローナ（通称カナ）が助けに現れた。ルーシィはブランディッシュの部下で、他の空間の魔法を無効化出来る空間魔法の使い手マリン・ホーロウ（通称マリン）を気絶させ、星霊魔法が使えるようになった。

上空の大型巡洋艦の上でスプリガン１２の内の1人アジィール・ラムル（通称アジィール）と戦っているエルザ・スカーレット（通称エルザ）はルーシィがマリンを気絶させたことで換装（魔法空間にある武具等を呼び出す魔法）が行えるようになり、戦闘は激しさを増していった。追い詰められたアジィールは街全体を包み込む巨大な砂嵐を発生させる。身動が取れず、前も見えないエルザだったが、強く発光する明星の鎧を換装した。そこにビスカ・コネル（通称ビスカ）が魔導集束砲ジュピターを発射し、エルザがアジィールを倒す。

砂嵐が止んだ隙きをついてブランディッシュを捕虜にしたルーシィとカナはギルドへと向かうのだった。

フィオーレ王国南方の近海では、ワールの本体がフェアリーテイルごと破壊しようと超長距離魔導砲をギルドに向け発射。直撃の瞬間青い天馬の魔導爆撃艇クリスティーナが盾となり攻撃を防いだ。クリスティーナの中にいたのはフリード達に助けられた一夜だった。

第55巻 

ナツ・ドラグニル（通称ナツ）と黒魔導士ゼレフの直接対決は激しさを増していた。戦いの最中、ナツはゼレフとナツ自身に秘められた真実と、ナツを含め他の滅竜魔導士達に委ねられた計画を知る。ゼレフを殺せばナツも死ぬと告げられてもなおゼレフを倒そうとするナツだった。しかし、ハッピーが涙ながらに止めに入りナツをギルドへと連れて帰った。

一方、フェアリーテイルのギルドでは、捕虜のスプリガン12の中の1人ブランディッシュ・μ（通称ブランディッシュ）がルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）を母親の復讐の為殺そうと襲いかかっていた。そこに星霊のアクエリアスが現れ２人に真実を見せる。誤解が解けた時ハッピーがナツを連れて飛び込んできた。ナツは長年の魔力のオーバーヒートで身体の中に腫瘍ができ、このままでは命を落としてしまうという状態だった。手の施しようもなく諦めかけた時、ブランディッシュの魔法でナツの腫瘍を小さく縮小することに成功した。一命を取り留めたナツはしばらくの眠りについた。

東方ではフィオーレ最強の戦力であるイシュガルの四天王がスプリガン12の中の1人ゴットセレナ一人に敗北していた。そこにアクノロギアが現れゴットセレナを一撃で倒してしまう。

南部ハルジオン港では魔導士ギルト蛇姫の鱗（ラミアスケイル）と人魚の踵（マーメイドヒール）が占拠された街を解放する為連合軍となり戦っていた。そこにフェアリーテイルのメンバーも合流し混戦になっていく。フリード・ジャスティーン（通称フリード）達の仇であるスプリガン12の中の1人ワール・イーヒト（通称ワール）と闘うラクサス・ドレアー（通称ラクサス）。１年前の闇ギルド冥府の門（タルタロス）との戦いで負った魔障粒子の発作に苦しみながら、フリード直伝の「破れば魔障粒子を完全に無効化出来る術式」でワールの魔障キャンセラーを発動させラクサス体内の魔障粒子を無効化に成功。ワールを撃破した。

第56巻

 南部ハルジオン港を解放すべく連合軍を組んだ魔導士ギルト蛇姫の鱗（ラミアスケイル）と人魚の踵（マーメイドヒール）。連合軍にはフェアリーテイルも合流し、アルバレス帝国軍と混戦になっていた。蛇姫の鱗（ラミアスケイル）のシェリア・ブレンディ（通称シェリア）とフェアリーテイルのウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）、シャルルの前にスプリガン12の中の1人ディマリア・イエスタ（通称ディマリア）が立ち塞がる。ディマリアは時を封じる魔法を使い、時間を止めウェンディに刃を向けた。そこに独立ギルド魔女の罪（クリムソルーシィエール）のウルティア・ミルコビッチ（通称ウルティア）が現れる。１年前の大魔闘演武でドラゴンと戦った際使った魔法の影響で、自分の時をほとんど失ったウルティアだった。ディマリアが封じた時間の中では思念体として存在できるため、ウェンディ達をディマリアが止めた時の中でも動けるように加勢した。しかし、神の力を接収（テイクオーバー）でその身に宿したディマリアに苦戦する。ウルティアによって第３魔法源を得たシェリアが滅神魔法でディマリアを撃破したが、第３魔法源の代償として魔法が使えなくなってしまう。

一方、フェアリーテイルのギルドにはスプリガン12の中の1人ジェイコブ・レッシオ（通称ジェイコブ）が現れギルドにいた者を空間魔法で死の狭間へ追い込んだ。そしてジェイコブはメイビス・ヴァーミリオン（通称初代）を痛めつける。そこに星霊の加護によって無事だったルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）とナツ・ドラグニル（通称ナツ）が現れ戦闘となった。武器や人間を見えなくする完全透明迷彩の魔法に圧されるものの、ルーシィの機転により空間魔法の無効化に成功。仲間を取り戻すことができた。

ハルジオン港ではスプリガン12の内の1人ナインハルトとフェアリーテイルのエルザ・スカーレット（通称エルザ）、魔女の罪のジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）、人魚の踵（マーメイドヒール）のカグラ・ミカヅチ（通称カグラ）が対決していた。ナインハルトは屍のヒストリアという、記憶を具現化し実体となって動く魔法を発動。過去に戦った人間や大切な人を前に動揺する３人。ナインハルトの魔法は他の地で闘う仲間の前にも出し、混乱や戸惑いを招いた。 

第57巻 

ハルジオン港に現れたスプリガン12の中の1人ナインハルトと闘うエルザ・スカーレット（通称エルザ）達。ナインハルトが使う屍のヒストリアという記憶を具現化し実体となって動く魔法がハルジオン全域に渡り苦戦する。かつての強敵が次々に実体化し、エルザはボロボロになりながらもそれらと闘っていた。その様子に実体化したヒストリアが恐怖しエルザ達の前から消滅する。重症を負ったエルザの姿を見て激怒した独立ギルド魔女の罪（クリムソルーシィエール）のジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）は天体魔法七星剣（グランシャリオ）を発動しナインハルトを破った。

北部ではアルバレス帝国軍に敗北し、磔にされていた魔導士ギルト剣咬の虎（セイバートゥース）と青い天馬（ブルーペガサス）をフェアリーテイルのガジル・レッドフォックス（通称ガジル）やミラジェーン・ストラウス（通称ミラ）達が助け出し、アルバレス帝国軍との戦いが続いていた。フェアリーテイルの活躍と仲間からの鼓舞で立ち直った剣咬の虎（セイバートゥース）と青い天馬（ブルーペガサス）は再びアルバレス帝国軍に立ち向かう。そこにスプリガン12の中の1人ブラッドマンが現れガジルと戦闘になる。ブラッドマンの身体は魔障粒子という毒でできており、さらに闇ギルド冥府の門（タルタロス）が使用していた魔法とは異なる呪いの力である呪法を使った。レビィ・マクガーデン（通称レビィ）がガジルのサポートをしながら闘うもレビィが魔障粒子に侵されてしまう。レビィを守るため魔障粒子を取り込み黒い鉄「鉄（くろがね）」となったガジルはブラッドマンを撃破すルーシィかしブラッドマンは最後の力で黄泉の世界へ道連れにしようとガジルを吸い込んでしまう。

スプリガン12の中の1人アイリーンは漆黒の竜アクノロギアと戦闘となるが、この戦争をアクノロギアに邪魔してほしくないアイリーンは「ユニバースワン」という世界再構築魔法を発動。それによりフィオーレ王国全土の地形が変化し、人や建物の場所もバラバラになってしまった。

 第58巻 

スプリガン12の内の1人アイリーン・ベルセリオン（通称アイリーン）によって世界再構築魔法ユニバースワンが発動され、フィオーレ王国は地形も建物もみんなバラバラになってしまった。しかし、メイビス・ヴァーミリオン（通称メイビス）の友人であるゼーラの声で、フェアリーテイルのメンバーは初代の待っているギルドへ集まるために行動を開始した。フェアリーテイルのギルドにはメイビスと黒魔導士ゼレフの姿があった。そして敗北した者やスプリガン12の内の1人ナインハルトの魔法「屍のヒストリア」で復活した者も含め全てのスプリガン12が招集された。さらにギルドの周りにはアルバレス帝国軍が大地を黒く埋め尽くしていた。

フェアリーテイルのメンバーと他のギルドの仲間達はメイビスが待つギルドへとアルバレス帝国軍の中を突き進む。兵士たちをなぎ払い進むナツ・ドラグニル（通称ナツ）たちの前にスプリガン12が次々に現れ混戦になっていく。そこにフェアリーテイルのギルダーツ・クライヴ（通称ギルダーツ）が参戦し皆の士気が上がる。

一方、ギルドにいるメイビスはスプリガン12の中の1人インベル・ユラ（通称インベル）に思考を奪う首輪を付けられ、アイリーンにメイビスの中にある「妖精の心臓（フェアリーハート）」を分離付加され続けており苦しんでいた。

スプリガン12の中の1人ブランディッシュ・μ（通称ブランディッシュ）がナツとルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）を連れ去ってしまう。インベルは残されたグレイとジュビア・ロクサー（通称ジュビア）を首輪で繋ぎ、心を閉じ込めインベルの傀儡としてしまう。そして自分の意思とは関係なく殺し合いをさせた。グレイが勝つと計算したインベルは彼を闇に引きずり込もうとしていたのだった。苦しみながら闘う２人だが、相手を守る為意識を失う前に２人同時に自害し首輪が消滅すルーシィかしジュビアの輸血魔法で助かったグレイは、ジュビアを失ったことに激昂しインベルに氷の滅悪魔法をぶつけた。倒れたインベルはグレイの倒す目的であるENDの正体を明かすのだった。  

第59巻 

ナツ・ドラグニル（通称ナツ）とルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）、そして猫のハッピーはスプリガン12の中の1人ブランディッシュ・μ（通称ブランディッシュ）にさらわれた。ルーシィはナツを助けるためブランディッシュと戦闘となるが、スプリガン12の中の1人ディマリア・イエスタ（通称ディマリア）がこちらを見ていることに気付いていたブランディッシュはわざと負けるふりをすルーシィかし、ディマリアにすべてを感づかれ、裏切り者として重症を負わされてしまった。しかもナツやルーシィまで捕まってしまう。魔封石で拘束されているナツとルーシィ。ナツは気絶したまま全く動く気配がない。ディマリアに拷問されそうになったルーシィが気付くとナツの姿は消え、ボロボロになったディマリアの姿があった。そこにフェアリーテイル顧問薬剤師のポーリュシカとブランディッシュ達が現れる。ポーリュシカによるとナツにできていたものは腫瘍ではなく、別のものでそれが覚醒してしまった可能性があるという。

アルバレス帝国軍に囲まれているフェアリーテイルメンバーはギルドへむかって進んでいた。しかし、圧倒的な敵の数に劣るフェアリーテイルは押されていく。スプリガン12の中の1人アイリーン・ベルセリオン（通称アイリーン）によって帝国軍兵が狂戦士（バーサーカー）へとパワーアップされてしまう。次々と倒れていくフェアリーテイルの仲間達。そんな状況に現マスターマカロフ・ドレアー（通称マカロフ）が自身の命を削り妖精三大魔法の１つ「妖精の法律（フェアリーテイルロウ）」を発動した。これにより残存スプリガン12を除く敵兵の7～８割の戦力を削ることに成功したのだ。

戦いが続いているナツとグレイの元にエルザ・スカーレット（通称エルザ）が現れる。エルザからマカロフの言葉を聞いた２人は正気を取り戻した。そこにウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）に助けられたジュビア・ロクサー（通称ジュビア）とルーシィが現れナツとグレイの無事を確かめる。そのまま重症のナツ達は気絶してしまう。  

第60巻

 気を失っているナツ・ドラグニル（通称ナツ）達をフェアリーテイル顧問薬剤師のポーリュシカの元へ連れてきたルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）達。突然ナツから白い煙のようなものが上がり、それと同時にナツの体温が下がり始める。ナツは自身の心の中で黒魔導士ゼレフやナツと同じく竜に育てられた滅竜魔導士達によって失った記憶を取り戻してゆく。現実世界では体温低下が止まらないナツをルーシィとハッピーは必死に温めていた。育ての親であるイグニールがナツの心の中に現れ、ナツの中にある竜の種とENDとして目覚めた悪魔の種が融合し始めており、それが原因で死に向かっているという。

一方、ナツ達をルーシィに託しエルザ・スカーレット（通称エルザ）とウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）はスプリガン12の内の1人アイリーン・ベルセリオン（通称アイリーン）と戦闘になっていた。アイリーンは自分がエルザの母親であり、400年前の過去と滅竜魔法の生みの親であると話す。戦闘の最中、滅竜魔導士であるウェンディが育ての親の天竜グランディーネにより竜化を防がれていたことを知ったアイリーンは不公平だと激怒する。娘であるエルザへの全人格付加（エンチャント）の失敗が相性であると気づいたアイリーンは自身と同じ滅竜魔導士で、付加術士のウェンディへ全人格付加に成功し身体を乗っ取った。しかし、ウェンディもアイリーンの身体に全人格付加を行い、魔力が高いアイリーンの身体を使っているウェンディに人格を引き剥がされてお互い元の身体に戻った。傷を負ったウェンディは倒れてしまう。徐々に追い詰められ我を失っていくアイリーンは、賢竜の姿になってエルザを追い詰めていく。

第61巻

スプリガン12の中の1人アイリーン・ベルセリオン（通称アイリーン）と戦闘中のエルザ・スカーレット（通称エルザ）とウェンディ・マーベル（通称ウェンディ）。追い詰められたアイリーンの攻撃を死に物狂いで打ち破ったエルザだったが、ついに力尽きてしまう。アイリーンはそんなエルザにとどめを刺そうとした。刃を向けた先のエルザの笑顔に過去の記憶が蘇る。娘であるエルザを愛していたことを思い出したアイリーンは剣を自らに突き刺し自害した。同時に彼女が使っていた「ユニバースワン」という世界再構築魔法も解除され、バラバラになっていたフィオーレ王国全土の地形、人や建物の場所も元に戻った。

敵との戦いで力を使い果たし、気を失っているナツ・ドラグニル（通称ナツ）。夢の中に育ての親であるイグニールが現れてナツに問いかけた。「自分は悪魔か竜かどちらかを選べ」と。ナツは自分が人間であるという答えを出した。悪魔の種と竜の種は消滅した。イグニールに自分で前に進むと約束し夢から目覚めた。

街が元に戻りフェアリーテイルメンバーは再び行動を開始する。そこにスプリガン12最後の1人オーガストがフェアリーテイルのギルダーツ・クライブ（通称ギルダーツ）とカナ・アルベローナ（通称カナ）と戦闘になる。強力な魔法を使うオーガストの苦戦するギルダーツ達。しかしギルダーツはオーガストの魔法を見破って弱点を発見し、一撃を与えた。オーガストは自身の命と引き換えに一国を消滅させる禁呪を発動させ自身の最期を迎えようとするが、ある人物の姿を見て詠唱を止め消滅した。これで残るは黒魔導士ゼレフ一人となった。

一方、ギルドではグレイ・フルバスター（通称グレイ）がゼレフに消失絶対氷結（ロスト・アイスドシェル）を発動しようとしていた。

それはグレイの命・存在・記憶を全ての魔力に変換し、従来の数百倍の威力に魔力を上げた絶対氷結魔法だ。さらに消失（ロスト）属性を加え、その代償に自分の存在を世界中の人間の記憶から消して魔法だった。そこにナツが現れグレイの魔法を止め、生きるように説得。ナツはゼレフと戦闘になる。

第62巻

エルザ・スカーレット（通称エルザ）、ジェラール・フェルナンデス（通称ジェラール）は、魔導爆撃艇クリスティーナ・天で、持ち主である青い天馬（ブルーペガサス）メンバーと行動を共にしていた。ついに動き出した漆黒の竜アクノロギアを封じ込める為だ。

魔法が効かないアクノロギアを誰も存在することの出来ない時の狭間へ封じ込める為行動をするが、何者かに時の狭間を閉じられてしまい一気にピンチに陥る。

一方、ナツ・ドラグニル（通称ナツ）は黒魔導士ゼレフと戦闘中だった。そこにメイビス・ヴァーミリオン（通称メイビス）が現れゼレフを救う方法を思いついたと説得しようとするが、逆に永久魔法・妖精の心臓（フェアリーハート）をゼレフに奪われてしまった。そして時の狭間の魔力と妖精の心臓であるネオ・エクリプスを発動させようとする。ネオ・エクリプスは不老不死となる前の自分に戻り、人生をやり直す魔法であった。なんとか阻止しようとゼレフに立ち向かうナツだったが、時と空間尽きることのない魔力を手に入れたゼレフに全く刃が立たず倒れてしまう。ゼレフと時の狭間を開け新しい世界へ踏み出そうとするのだった。ナツのENDの書を託されたルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）とグレイ・フルバスター（通称グレイ）はENDの書を開封し、弾け飛んだ部分に文字を再び書き直していく。アクノロギアとの戦闘中、時の狭間が開かれたことを察知。ジェラールがアクノロギアを時の狭間へ無理矢理ぶつけようと奮闘する。そこへ魔導爆撃艇クリスティーナ・天に乗った一夜＝ヴァンダレイ＝寿（通称一夜）達が突っ込みアクノロギアを時の狭間へ封じ込めることに成功した。ENDの書が修正されたことにより復活したナツはネオ・エクリプスの扉を潜ろうとしているゼレフへ再び挑む。お互いの感情と力が激しくぶつかり合うのだった。 

第63巻

メイビス・ヴァーミリオン（通称メイビス）と黒魔導士ゼレフ、2人の物語が終焉を迎えた。不老不死となってしまった2人の最期は一なる魔法、愛であった。すべてが終わったと思われたその時、空に亀裂が入る。そこから漆黒の竜アクノロギアが再び現れたのだ。時の狭間から現れたアクノロギアは時の魔力を得て、制御しきれない程の魔力を得ていた。世界を破壊しようと暴れまわるアクノロギア。制御できない強力な力を得たアクノロギアは肉体と精神に分離。肉体は竜の姿でこの世界で暴れまわり、精神は時の狭間で人間の姿で滅竜魔導士達と戦っていた。時の狭間ではナツ・ドラグニル（通称ナツ）達滅竜魔導士が束になって戦うもアクノロギアには全く効かず追い詰められていく。現実世界では、魔法が効かないアクノロギア（竜の姿）を倒す方法を思いついたルーシィ・ハートフィリア（通称ルーシィ）が仲間と共に討伐作戦を開始する。それは過去にアクノロギアが唯一壊せなかった絶対防御魔法・妖精の球（フェアリースフィア）を発動させ、その中にアクノロギアを封じ込めることであった。暴走し、無差別に攻撃してくるアクノロギア。ルーシィは魔力を追う習性を利用し、魔力を使ってアクノロギアの誘導に成功、妖精の球を発動させた。しかし、魔力が足りず破られそうになってしまう。そこにメルディによって大陸中の魔導師から魔力が集められた。そして、全魔導士の力を解放したのだ。妖精の球に閉じ込められたアクノロギア（竜の姿）は、時の狭間にも影響を及ぼす。時の狭間のアクノロギアは妖精の球によって動きが封じられる。そこに全滅竜魔導士の魔力を付加したナツがアクノロギアを倒した。同時に妖精の球のアクノロギアが消滅し、滅竜魔導士達は時の狭間から生還した。